विष्णूच्या चोवीस अवतारांहून भिन्न म्हणून ज्यास संतांनी ‘चोविसांवेगळा’ म्हटलेले आहे, त्या ‘बापरखुमादेवीवरू’ विठ्ठलाची राजधानी म्हणजे पंढरपूर. अठ्ठावीस युगांपासून तेथे कटेवर हात ठेवून संतांची ही विठोबा माऊली उभी आहे. तेथील मंदिराचे आणि गोमंतकाचे घट्ट नाते निर्माण झाले आहे, ते सांखळी येथील विठ्ठल मंदिरामुळे. एका आख्यायिकेनुसार, या मंदिरामध्ये पंढरपूरच्या मंदिरात एकेकाळी असलेली उत्सवमूर्ती विराजमान आहे. राणे सरदेसाई घराण्याचे कुलदैवत असलेल्या विठोबाच्या या मंदिरास गोव्यात प्रतिपंढरपूर मानले जाते. या मंदिराचे वैशिष्ट्य म्हणजे येथे एकाच गाभाऱ्यात विठ्ठलासमवेत राही व रखुमाईच्या मूर्ती आहेत.
या मंदिराच्या स्थापनेची आख्यायिका अशी की गोमंतकात विजयनगर साम्राज्याची सत्ता असतानाच्या काळात येथील राणे सरदेसाई घराण्यात दुलबा राणे नावाचे एक सत्पुरूष होऊन गेले. ते पंढरीच्या विठ्ठलाचे भक्त होते. दरवर्षी नेमाने ते पंढरीची वारी करीत असत. वृद्धापकाळाने त्यांचा देह थकला. वारीस जाणे कठीण होऊ लागले. एकदा पंढरीस गेले असताना, त्यांनी विठ्ठलाच्या मूर्तीसमोर करूणा भाकली. देवाचा अखेरचा निरोप घेतला. त्याच रात्री त्यांना स्वप्नदृष्टान्त झाला. पांडुरंगाने त्यांना सांगितले की ‘माझा वियोग तुला सहन करावा लागू नये, यासाठी मी तुझ्यासोबत येण्यास सिद्ध आहे. तू पहाटेस माझी उत्सवमूर्ती घेऊन येथून सत्वर प्रयाण कर.’ दुलबा राणे यांनी त्या दृष्टांतानुसार रात्रीच्या काळोखातच विठ्ठल मंदिराकडे धाव घेतली.
पाहतात तो मंदिराचे दरवाजे सताड उघडे होते. त्यांनी आत जाऊन देवाच्या उत्सवमूर्तींना दंडवत घातले. आणि राही-रखुमाईसह विठ्ठलाची उत्सवमूर्ती घेऊन त्यांनी तेथून प्रयाण केले. त्यांच्या वृद्ध शरीरात अमाप उत्साह संचारला होता. त्या भरात त्यांनी अल्पावधीत बरेच दूरचे अंतर कापले. इकडे पहाटे मंदिरातील उत्सवमूर्ती नाहिशा झाल्याचे समजताच बडव्यांनी शोध सुरू केला. ते सत्पुरूष उत्तरेचे असल्याने त्यांचा संशय येऊन बडव्यांनी पंढरपूरच्या उत्तरेकडे माणसे पाठवली. 
पण दरम्यान, दुलबा राणे यांना गोव्याच्या सांखळी महालातील काही यात्रेकरू भेटले आणि त्यांनी त्यांच्या समवेत दक्षिणेकडे प्रवास सुरू केला. बेळगाव चोर्ल घाट मार्गे ते काही दिवसांनी सांखळीत आले. इतिहासाचार्य विनायक नारायण शेणवी धुमे यांच्या ‘देवभूमी गोमंतक’ (१९८८) या पुस्तकात ही आख्यायिका देण्यात आली आहे. या पुस्तकातील माहितीनुसार, सांखळीत आल्यानंतर काही वर्षे या मूर्ती रानावनातच राहिल्या. पुढे इ.स. १४८८ मध्ये येथील एका किल्लासदृश जागेत विठ्ठलाचे छोटेसे मंदिर बांधण्यात आले.
यानंतर काही काळाने येथील देवालयाचा विस्तार करण्यात आला. त्याविषयीची आख्यायिका अशी की या भागात परब उपनामाचे एक व्यापारी होते. त्यांचे जहाज वादळामुळे समुद्रात अडकले होते. त्यावेळी त्यांनी विठ्ठलाची करुणा भाकली आणि जहाज किनाऱ्यावर सुखरूप पोचल्यास येथे मोठे मंदिर बांधेन, असा नवस केला. ते जहाज सुखरूप आल्यानंतर त्या व्यापाऱ्याने राणे घराण्यातील तत्कालिन कारभाऱ्यांची भेट घेतली व मंदिर बांधणीसाठी धनदान केले. या मंदिरात चैत्र शुक्ल दशमीच्या मुहूर्तावर मूर्तींची स्थापना करण्यात आली. या मंदिराचा आणि ग्वाल्हेरच्या शिंदे घराण्याचाही निकटचा संबंध आहे.
गोव्यातील सत्तरी भागात प्रभावशाली असलेल्या राणे सरदेसाई घराण्यातील सत्रोजीराव विठ्ठलराव राणे यांच्या कन्या साळुबाई यांचा विवाह ग्वाल्हेरचे संस्थानिक महाराज माधवराव शिंदे (पहिले) (कार्यकाळ १८७६ ते १९२५) यांच्याशी झाला. महाराणी गजराराजे या नावाने त्या ओळखल्या जात. त्यांची आपल्या माहेरच्या घराण्याच्या कुलदैवतावर श्रद्धा होती आणि त्या श्रद्धेतून त्यांनी १९३०-३५ च्या सुमारास सांखळीतील विठ्ठल मंदिराचा जीर्णोद्धार केला. गोव्याचे माजी मुख्यमंत्री प्रतापसिंह राणे यांच्या त्या आत्या, तर ग्वाल्हेरचे अखेरचे राजे जिवाजीराव शिंदे यांच्या त्या माता होत. १३ जानेवारी १९४३ रोजी त्यांचे मुंबई येथे निधन झाले. प्रतापसिंह राणे यांच्या पत्नी विजयादेवी राणे यांनी २०२४ मध्ये ‘मेकर्स ऑफ मॉडर्न गोवा : अनटोल्ड स्टोरी ऑफ प्रतापसिंह राणे’ या शीर्षकाचे पुस्तक प्रकाशित केले. त्यांनी दिलेल्या माहितीनुसार, ‘गजराराजे या ग्वाल्हेरच्या राजमाता असताना त्यांनी सांखळी येथील विठ्ठल मंदिराची पुनर्उभारणी केली. त्याकरीता त्यांनी ग्वाल्हेर येथून वास्तुविशारद आणि स्थापत्यतज्ञ पाठवले होते.’ यामुळे गोमंतकातील खास स्थापत्यशैलीऐवजी या मंदिरावर उत्तर हिंदुस्थानी स्थापत्यशैलीचा प्रभाव आहे.
गोमंतकातील हे अशा शैलीतील एकमेव मंदिर मानले जाते. गजराराजे शिंदे यांनी त्यावेळी येथील पांडुरंगासाठी सुवर्ण-रौप्यजडीत पालखी, अब्दागिरी, छत्रचामरे अर्पण केली होती. यात सोन्याच्या धाग्यांनी शिवलेले आणि शिंदे राजघराण्याचे राजचिन्ह असलेले कापड पाठवले होते. आजही उत्सवकाळात विठ्ठलाच्या पालखीत हे कापड ठेवले जाते.
सांखळी गावात जाणाऱ्या हमरस्त्याशेजारी उंच टेकडीसारख्या ठिकाणी विस्तिर्ण प्रांगणात हे मंदिर उभे आहे. नौबतखाना, अर्धमंडप, महामंडप आणि गर्भगृह अशी या मंदिराची रचना आहे. मंदिरासमोर काही अंतरावर मोठे तुलसीवृंदावन आहे. त्याचप्रमाणे येथे गरुड, हनुमंत आणि महादेवाच्या देवळ्या आहेत. दुमजली नौबतखान्यास असलेल्या महिरपी प्रवेशद्वारातून मंदिरवास्तूत प्रवेश होतो. या प्रवेशद्वाराच्या वरच्या बाजूस अर्धवर्तुळाकार छत असलेला तीन खिडक्यांचा लक्षवेधक सज्जा आहे. छतावरील आडव्या लंबवर्तुळाकार रचनेवर तीन कलश आहेत. मंदिराचा महामंडपही दुमजली आहे. महामंडपात खालच्या बाजूला चौकोनाकार आणि वर अष्टकोनाकार स्तंभ आहेत. रंगीत नक्षीने सजलेल्या या स्तंभांनी पेललेल्या सज्जास लाकडी कठडे आहेत. छतावर मोठमोठ्या पितळी घंटा, काचेच्या हंड्या, तसेच बिलोरी काचांची झुंबरे टांगलेली आहेत. महामंडपात मध्यभागी गोमंतकीय मंदिरांचे वैशिष्ट्य असलेली काचबंद समई ठेवलेली आहे.
मंदिराच्या गर्भगृहाचे प्रवेशद्वार नक्षीदार रौप्यावरणाने सुशोभित केलेले आहे. द्वारचौकटीवर दोन्ही बाजूंना दशावतारांची उठावशिल्पे आहेत. ललाटबिंबस्थानी गणेशाची प्रतिमा, तर त्याच्या वरील उत्तरांग भागात कीर्तिमुख व अनेक शुभचिन्हे कोरलेली आहेत. प्रवेशद्वाराच्या दोन्ही बाजूंना वैष्णव द्वारपालांच्या मूर्ती आहेत. गर्भगृहाच्या दर्शनीभिंतीवरील देवळ्यांत गणेश आणि लक्ष्मीची मूर्ती विराजमान आहे. गर्भगृहात उंच संगमरवरी चौथऱ्यावर मध्यभागी शाळुंकेसारख्या पीठावर विठ्ठलाची काळ्या पाषाणात घडवलेली मूर्ती विराजमान आहे. येथील चौकोनी शाळुंकांचा संबंध शिवलिंगाशी नसून, अभिषेकजल वाहून जाण्यासाठीची व्यवस्था म्हणून त्यांची रचना केलेली आहे. 
ही विठ्ठलमूर्ती दोन्ही कर कटेवर असलेली आणि समपाद मुद्रेतील आहे. महाराष्ट्रातील पंढरपूर, तसेच माढा येथील विठ्ठलमूर्तीच्या मस्तकी उलट्या प्याल्यासारख्या आकाराचे शिरोभूषण आहे. येथील मूर्तीचा शिरोभाग चारी बाजूंनी वर निमुळता होत जाणारा आहे. हा शिरोभाग महाराष्ट्रातील टाकळीभान येथील चतुर्भूज विठ्ठलमूर्तीच्या शिरोभागाशी मिळताजुळता आहे. या विठ्ठलमूर्तीच्या दोन्ही बाजूंना राही आणि रखुमाईच्या पाषाणमूर्ती विराजमान आहेत. या सर्व मूर्तींना चांदीचे डोळे लावलेले आहेत. वस्त्रालंकारांनी आणि पुष्पमालांनी त्यांना शृंगारलेले आहे. येथे वेगवेगळ्या प्रसंगी विठ्ठलास वेगवेगळी शिरोभूषणे घातली जातात. त्यात कधी पगडी असते, तर कधी कोळ्यांच्या टोपीसारखी टोपी असते. या मूर्तींच्या मागे चांदीची मोठी प्रभावळ आहे. या प्रभावळीवर व्यालप्रतिमा, नागप्रतिमा तसेच कीर्तिमुख आहे. चौथऱ्यावर मूर्तींच्या समोरच्या भागात चांदीची उत्सवमूर्ती आहे. त्या बाजूस उंच नागफणा व चांदीची समई आहे. गर्भगृहावरील शिखराची रचना गोमंतकीय स्थापत्यशैलीतील आहे. खालच्या बाजुला अष्टकोनाकार व त्यावर घुमट आणि कलश असे हे शिखर आहे.
विठ्ठल मंदिराच्या प्रवेशद्वारापासून काही फूट अंतरावर एक मोठी दुमजली इमारत आहे. त्यात बालवाडीचे वर्ग भरतात. मंदिराच्या उजव्या बाजूला हनुमानाचे मंदिर आहे. त्याच्या मागच्या बाजूस खेटूनच मोठे रथगृह आहे. त्यात दोन मोठे रथ आहेत. यातील एक रथ तीन स्तरीय आहे. त्याच्या तिसऱ्या स्तरावर बाळकृष्णाची लाकडी मोठी मूर्ती विराजमान आहे. दुसऱ्या चार चाकी रथास लाकडाचे तीन मोठे व सुबक अश्व जोडलेले आहेत. रथातील सारथ्याच्या जागी भगवान श्रीकृष्णाची मूर्ती आहे.
गोव्याचे माजी मुख्यमंत्री प्रतापसिंह राणे सरदेसाई हे अध्यक्ष असलेल्या ‘श्री देव विठ्ठल पंचायतन संस्थान’तर्फे या मंदिराचा कारभार पाहिला जातो. मंदिरात वर्षभरात गुढीपाडवा, रामनवमी, घटस्थापना, हरीजागर, त्रिपुरी पौर्णिमा, गोपाळकाला आदी विविध उत्सव साजरे केले जातात. आषाढी एकादशीच्या दिवशी येथे पंचक्रोशीतून अनेक दिंड्या येतात. पंढरपूरला जाऊ न शकणारे असंख्य वारकरी या प्रतिपंढरपूरला येऊन विठोबाचे दर्शन घेतात. पहाटे चार वाजल्यापासून येथे धार्मिक विधी सुरू होतात. या मंदिरात चैत्र पौर्णिमेला मूर्तींची प्रतिष्ठापना झाली होती. त्यामुळे तो दिवस मंदिर स्थापना दिन म्हणून येथे मोठ्या उत्साहाने साजरा केला जातो. या काळात येथे भव्य यात्रा भरते. पालखी, भजन, कीर्तन, दशावतारी नाटके यांनी हा परिसर गजबजून जातो.
