देशभरात पर्वतशिखरांवर, गुहांमध्ये, घनदाट अरण्यात, बेटांवर, नदीकाठी, समुद्रतिरी अनेक मंदिरे आहेत. त्याचप्रमाणे काही ठिकाणी जमिनीखाली भुयारातही मंदिरे आहेत. पैठण शहरातील सिद्धेश्वर महादेव मंदिराचे वैशिष्ट्य म्हणजे हे मंदिर गोदावरी नदीकाठी असून ते जमिनीत बारव असावी त्याप्रमाणे आहे. त्यामुळे गोदावरीस महापूर येत असे तेव्हा किंवा आता गंगासागर धरणातून जलसाठा मोठ्या प्रमाणावर सोडल्यानंतर हे मंदिर पाण्याखाली जाते. या मंदिराचे आणखी एक वैशिष्ट्य म्हणजे खुले आकाश हेच या मंदिराचे छत आहे.
सिद्धेश्वर महादेव मंदिर हे पैठण शहर व तालुक्याचे ग्रामदैवत मानले जाते. हे मंदिर मुख्य रस्त्याच्या खालच्या बाजूस नदीकाठावर आहे. मंदिराकडे जाण्याच्या मार्गावर मोठी वेस उभारण्यात आली आहे. 
तेथून २४ पायऱ्या खाली उतरल्यावर मंदिराच्या मोकळ्या सभामंडपात प्रवेश होतो. या मंडपामध्ये पेव्हरब्लॉकची फरसबंदी आहे. आयताकृती असलेल्या या खुल्या व लांब सभामंडपातून बारवेसारख्या आकाराच्या मंदिरात जाण्यासाठी मार्ग आहे. भाविकांच्या गर्दीचे नियोजन करण्यासाठी या मंडपाच्या मध्यभागी रेलिंग लावण्यात आलेले आहे व दोन बाजूला सुरक्षिततेसाठी तारेच्या जाळ्या बसविलेल्या आहेत. या मार्गावर एक धुनी आहे. सभामंडपातून मंदिराच्या गाभाऱ्यात जाण्यासाठी तीन मोठ्या पायऱ्या बांधण्यात आल्या आहेत. अखेरची पायरी ही मूळ मंदिराची जुनी दगडी पायरी आहे. तिच्यावर कीर्तिमुखे कोरलेली आहेत. येथून २९ दगडी पायऱ्या उतरल्यावर मंदिराच्या गर्भगृहात प्रवेश होतो. या गर्भगृहास छत वा शिखर नाही. ते खुल्या आकाशाखाली आहे. आत यज्ञकुंडाचा आकार असून त्यात शिवपिंडीचे दर्शन होते. ही शिवपिंडी स्वयंभू आहे. नदीच्या खडकात ती नैसर्गिकरीत्या आकारल्याचे दिसते.
या मंदिराविषयी विविध कथा सांगण्यात येतात. एका कथेनुसार, आळंदीमध्ये संत ज्ञानेश्वर आणि त्यांच्या भावंडांचा ‘संन्याशाची पोरे’ म्हणून सनातन्यांकडून छळ करण्यात येत होता.
तेव्हा शुद्धिपत्र आणण्यासाठी ते चौघेही पैठणला आले होते. पैठण हे तेव्हा दक्षिण काशी म्हणून ओळखले जात असे. येथील ब्रह्मवृंदाकडून शुद्धिपत्र मिळवण्याचा प्रयत्न करीत असताना ज्ञानेश्वर व त्यांच्या भावंडांनी या सिद्धेश्वर महादेव मंदिराचा आसरा घेतला होता. असेही सांगण्यात येते की महानुभाव पंथाचे संस्थापक श्री चक्रधर स्वामी हेही या मंदिरात दर्शनासाठी आले होते. श्रीमंत नारायणराव पेशवे यांनी या मंदिराचा जीर्णोद्धार केला होता. त्यानंतर काही वर्षांपूर्वी झालेल्या जीर्णोद्धारानंतर मंदिराला सध्याचे स्वरूप आलेले आहे.
मंदिरात दर सोमवारी दर्शनासाठी भाविकांची गर्दी होते. त्याचप्रमाणे महाशिवरात्रीस येथे यात्रा भरते. या यात्रेचे वैशिष्ट्य म्हणजे येथे मातीची मडकी मोठ्या प्रमाणावर विकण्यासाठी आणली जातात. पैठणच्या प्राचीन इतिहासानुसार, हे शहर फार पूर्वीपासून मातीच्या भांड्यांसाठी प्रसिद्ध होते. येथे ही मातीची गाडगी, मडकी, रांजण, तसेच अन्य पात्रे तयार करणाऱ्या कुंभारांची स्वतंत्र आळी होती व त्या काळातील कुंभार हे धनसंपन्न असत.
याबाबत अशी आख्यायिका सांगितली जाते की शालिवाहन राजा लहान असताना पैठणमधील कुंभारांच्या आळीत राहत असे व त्याने मातीचे हत्ती, घोडे, बैल व सैनिक बनविले होते.
पैठणमध्ये सिद्धेश्वर महादेव मंदिराशिवाय दोलेश्वर व गाढेश्वर ही महादेवाची दोन मंदिरेही प्रसिद्ध आहेत. संत एकनाथ महाराज बारा वर्षांचे असताना आपण आध्यात्मिक गुरू करावा, अशी ओढ त्यांच्या मनास लागली होती. त्यामुळे ते देवगिरीला आले आणि त्यांनी जनार्दनस्वामी यांचे शिष्यत्व पत्करले. असे सांगितले जाते की या जनार्दनस्वामींना गुरू करावे, असा दृष्टान्त त्यांना पैठणमधील या दोलेश्वर महादेव मंदिरात झाला होता. गाढेश्वर महादेव मंदिर हे संत एकनाथ महाराजांच्या गोदाकाठावर असलेल्या समाधी मंदिराजवळील टेकडीवर आहे. जुन्या स्थापत्यकलेचा सुंदर नमुना म्हणून या मंदिराकडे पाहिले जाते. या मंदिरात अखंड पाषाणातून कोरलेली शिवपिंडी व नंदीची सुंदर मूर्ती आहे. या मंदिरात एक भुयारही आहे. त्याबाबत असे सांगितले जाते की या भुयारातून थेट काशीला जाण्याचा रस्ता होता. श्रावणी सोमवार, महाशिवरात्र या दिवसांमध्ये येथे दर्शनासाठी अनेक भाविक येतात.
