कोकणातील राजापूर शहराला प्राचीन काळापासून ऐतिहासिक व धार्मिक महत्त्व आहे. देवगिरीच्या यादव काळापासून राजापूर ही प्रसिद्ध व्यापारी पेठ होती. साधारणतः तीन वर्षांतून एकदा येणारी ‘राजापूरची गंगा’ ही संपूर्ण देशात प्रसिद्ध आहे. याशिवाय येथील धूतपापेश्वर मंदिर, पाण्यात असलेले मल्लिकार्जुन मंदिर व कनकादित्य मंदिर यांसारखी अनेक तीर्थस्थाने लाखो भाविकांची श्रद्धास्थाने आहेत. मंदिरांच्या या पंक्तीतील आणखी एक प्रसिद्ध मंदिर आहे, ते म्हणजे पेंडखळे येथील स्वयंभू व जागृत असलेले शंकरेश्वर मंदिर.
साधारणतः शंकराच्या मंदिरांची नावे ही त्या त्या गावाच्या नावावरून अथवा ते मंदिर कोणी बांधले त्याच्या नावापुढे ईश्वर जोडून तयार होतात; परंतु पेंडखळे येथील मंदिर हे शंकर अधिक ईश्वर असे ‘शंकरेश्वर’ या मूळ नावानेच आहे, हे येथील वैशिष्ट्य समजले जाते. या मंदिराचे आणखी एक वेगळेपण म्हणजे येथील गर्भगृहातून शिवपिंडीवर अभिषेक पात्रातून पाण्याची धार पडताना रायपाटण येथील संगनातेश्वर मंदिराप्रमाणे सिंहनाद (शिवनाद) होतो. 
प्राचीन असलेल्या या मंदिरात माघ वद्य दशमी ते अमावस्या या काळात भरणारी सहा दिवसांची यात्रा ही जिल्ह्यातील मोठ्या यात्रांपैकी एक मानली जाते. ऐतिहासिक नोंदींनुसार, इंग्रजांच्या काळात सातारच्या छत्रपतींकडून या देवस्थानाला वार्षिक दोन रुपये वर्षासन मिळत असे. आजही महाराष्ट्र सरकारकडून दरवर्षी हा निधी देवस्थानाला दिला जातो.
राजापूरपासून दोन किमी अंतरावर असलेल्या पेंडखळे गावात हे खास कोकणी पद्धतीचे मोठे कौलारू मंदिर आहे. या मंदिराच्या समोरील बाजूस एका चौथऱ्यावर सहा थर असलेल्या दोन जांभ्या दगडाच्या उंच दीपमाळा आहेत. या चौथऱ्यावर दीपमाळांच्या शेजारी तुलशी वृंदावन व मध्यभागी नंदीची मूर्ती आहे. यातील एका दीपमाळेच्या खालच्या बाजूला गणपतीची प्राचीन मूर्ती आहे. पुढे मंदिराच्या प्रवेशद्वारासमोर नंदीची कौलारू घुमटी आहे. त्यामध्ये एका चौथऱ्यावर अखंड काळ्या पाषाणातील नंदीची मूर्ती आहे. 
शंकरेश्वराचे मंदिर हे पाच फूट उंचीच्या जोत्यावर आहे. या जोत्यावरून पूर्ण मंदिराची प्रदक्षिणा करता येते. सभामंडप, अंतराळ व गर्भगृह अशी मंदिराची रचना आहे. सात पायऱ्या चढल्यावर मंदिराच्या सभामंडपात प्रवेश होतो. हा सभामंडप खुल्या रचनेचा असून भाविकांना बसण्यासाठी बाजूने कक्षासने (दगडी आसने) आहेत.
अंतराळाच्या प्रवेशद्वाराच्या दोन्ही बाजूला रक्षकांची चित्रे रेखाटली आहेत. अंतराळात प्रदक्षिणा मार्ग सोडून गर्भगृहाचे बांधकाम करण्यात आलेले आहे. गर्भगृहाच्या प्रवेशद्वाराजवळ उजवीकडे गणपती व डावीकडे दुर्गामाता यांच्या मूर्ती आहेत. द्वारपट्टीच्या ललाटबिंबावर सूर्यप्रतिमा आहे. साधारणतः महादेवाच्या मंदिराच्या गर्भगृहावरील ललाटबिंबात महादेवाची अथवा गणेशाची मूर्ती असते; परंतु येथे हे वेगळेपण आहे. याशिवाय द्वारपट्टीच्या वरील बाजूस असलेल्या तीन तुळयांवर फणा काढलेल्या नागांची शिल्पे आहेत.
गर्भगृहात जमिनीलगत अखंड काळ्या पाषाणातील स्वयंभू शिवलिंग आहे. या शिवलिंगावर कुऱ्हाडीची खूण दाखविली जाते. येथील शिवलिंगाची आख्यायिका अशी की मंदिरापासून २० ते २५ फूट मागील उंचवट्यावर एका ठिकाणी एक गाय जाऊन रोज पान्हा सोडत असे. तेथे खोदकाम करून पाहिले असता हे शिवलिंग सापडले. त्या गायीच्या मृत्यूनंतर कितीतरी वर्षे तिच्या शिंगांत पाणी घालून शिवलिंगावर अभिषेक केला जात असे. दुसऱ्या एका कथेनुसार, येथील दयाराम लिंगायत हे लहान असताना वडिलांसोबत रायपाटण येथील संगनातेश्वर मंदिरात दर्शनासाठी गेले होते. तेथे त्यांनी सिंहनाद ऐकला व वडिलांना प्रश्न केला की आपल्या मंदिरात असा सिंहनाद का होत नाही? परंतु वडिलांना त्याचे समाधानकारक उत्तर देता न आल्याने दयारामही हट्टाला पेटले. त्यांनी शिवसहस्र नाम घेऊन एक हजार बिल्वपत्रे वाहण्याचा संकल्प सोडला. शंकराचे नाव घेऊन बेल वाहायला सुरुवात केली. शिवपिंडीवर अभिषेक पात्रातून पाणी पडत होते, एकविसावे बिल्वपत्र देवाला वाहिल्यावर सिंहनाद ऐकू येऊ लागला. तेव्हापासून या मंदिराच्या गर्भगृहात कायम सिंहनाद होतो. येथे एक धार, अकरा धारा व शतधारा असलेली अशी तीन अभिषेक पात्रे आहेत.
मंदिराच्या आवारात लक्ष्मी–विष्णूचेही मंदिर आहे. त्यामध्ये रिद्धी–सिद्धीसह गणपती व विष्णू–लक्ष्मी यांच्या मूर्ती आहेत. लक्ष्मीला चार हात असून वरील दोन्ही हातात पात्र व कुंभ व खालील दोन्ही हातांत पानपात्र (पेला) धरलेले आहे. मंदिराशेजारी एक लहानसे कुंड आहे. बाराही महिने त्यात पाणी असते. याशिवाय येथे एक शिवकालीन तलवार असल्याचे सांगितले जाते. शिवरात्रीला सहा दिवस येथे मोठी यात्रा भरते. या काळात येथील देवांना मुखवटे व वस्त्रालंकारांनी सजविले जाते.
