निसर्ग सौंदर्याने नटलेल्या गोव्यात पोर्तुगीजांच्या आक्रमणापूर्वी अनेक सुंदर मंदिरे होती. परंतू धर्मांध सत्ताधाऱ्यांच्या काळात अनेक मंदिरांची पडझड झाली. काही मंदिरांतील मूर्ती स्थलांतरीत करण्यात आल्या. त्याच वेळी गोव्याचा पेडणे हा भाग सावंतवाडीच्या भोसले राजांच्या सुरक्षित छत्रछायेखाली असल्याने येथील मंदिरे सुरक्षित राहिली. पेडणे तालुक्यातील मालपे येथील प्राचीन व प्रसिद्ध मूळवीर महादेव मंदिर त्यापैकीच एक. या मंदिराच्या भिंतीवरील पुरातन चित्रकला आजही अभ्यासकांचे लक्ष वेधून घेते.
मंदिराची अख्यायिका अशी की प्राचीन काळी या भागात घनदाट अरण्य होते. आसपासच्या परिसरातील गुराखी आपली गुरे या रानात चरायला घेऊन येत. यातील अनेक गायी आलटून पालटून एका विशिष्ट ठिकाणी पान्हा सोडत असल्याचे गुराख्यांच्या लक्षात आले, तेव्हा त्यांनी ही बाब आपल्या मुळराज नावाच्या राजापर्यंत पोहोचवली. राजाने याची शहानिशा करण्यासाठी त्या ठिकाणी जमीन खोदून पहिली असता स्वयंभू शिवपिंडी प्रकट झाली. हा देवाचा दृष्टांत आहे असे समजून राजाने त्या ठिकाणी मंदिर बांधले. मूळराज नावाच्या राजाने या ठिकाणी मंदिर उभारले, त्यामुळे हे मंदिर मूळवीर देवस्थान नावाने ओळखले जाऊ लागले.
गावापासून मंदिराकडे येणाऱ्या रस्त्यावर मंदिराची स्वागतकमान आहे. रस्त्याच्या दोन्ही बाजूला दोन स्तंभांवर प्रतिहारी द्वारपाल शिल्पे व स्तंभांवरील आडव्या सज्जावर सहा मेघडंबरीत विविध देवतांच्या मूर्ती आहेत. मेघडंबरीच्या शीर्षभागी कळस आहेत. गावापासून जवळ तरीही गावाबाहेर असलेल्या या मंदिरापर्यंत पक्का रस्ता आहे. मंदिरापासून काही अंतरावर असलेल्या वाहनतळापासून मंदिरापर्यंत येण्यासाठी पायवाट आहे. गर्द हिरवाईच्या निसर्गसमृद्ध परिसरात हे मंदिर स्थित आहे.
मंदिराभोवती असलेल्या भक्कम तटबंदीत मंदिराचे प्रवेशद्वार आहे. मंदिराच्या फरसबंदी प्रांगणात तुलसी वृंदावन व दीपमाळ आहे. प्रांगणात मंदिरास लागून असलेल्या तलावात गोमुख आहे. या गोमुखातून पाण्याचा अखंड नैसर्गिक स्त्रोत वाहता आहे. या तलावाच्या पाण्यात औषधी गुणधर्म असून येथे स्नान केल्याने त्वचारोग बरे होतात, अशी भाविकांची श्रद्धा आहे. तलावाच्या भिंती व पायऱ्या कोरीव पाषाणात बांधलेल्या आहेत. येथे शुचिर्भूत होऊन मंदिरात दर्शनाला जाण्याची प्रथा आहे.
सभामंडप, अंतराळ व गर्भगृह अशी मंदिराची संरचना आहे. सभामंडप अर्धखुल्या स्वरूपाचा आहे. या सभामंडपातील वितानावर माती व चिखलातून साकारलेली उठवशैलीतील चित्रे लक्ष वेधून घेतात. यात पद्मफुल, चक्र व इतर कलात्मक रचना आहेत. पुढे गर्भगृहासमोर मेजावर पद्मपादुका आहेत. गर्दीच्या वेळी भाविकांना येथूनच महादेवाचे दर्शन घ्यावे लागते. पुढे गर्भगृहाचे प्रवेशद्वार आहे. गर्भगृहात जमिनीवर मध्यभागी स्वयंभू शिवपिंडी आहे. या शिवपिंडीवर छत्र धरलेला पितळी नाग व जलधारा धरलेले तांब्याचे अभिषेक पात्र छताला टांगलेले आहे. शिवपिंडीच्या दोन्ही बाजूला लामणदिवे लावले आहेत. 
शिवपिंडीच्या मागील बाजूस चांदीची नक्षीदार प्रभावळ आहे.
गर्भगृहाच्या बाह्य बाजूने अर्धप्रदक्षिणा मार्ग आहे. गर्भगृहाच्या बाह्य भिंतींवर प्राचीन चित्रे रंगवलेली आहेत. नैसर्गिक रंगात चितारलेली ही चित्रे ऐतिहासिक दृष्ट्या महत्त्वाची समजली जातात. यापैकी काही उठाव शैलीतील चित्रे माती व चिखलाचा वापर करून साकारली गेली आहेत. यातील अनेक चित्रे कालौघात नाहीशी झाली असून काही अस्पष्ट झाली आहेत. हल्ली पाहता येण्याजोग्या चित्रांमध्ये श्रीकृष्ण लीला, पौराणिक प्रसंग व इतर काही चित्रांचा समावेश होतो. यातील एका चित्रात देव आणि दानवांनी मिळून केलेले ‘समुद्र मंथन’ व त्यातून बाहेर पडलेली चौदा रत्ने अगदी विस्ताराने चितारली आहेत. दुसऱ्या चित्रात गोवर्धन पर्वत उचललेला श्रीकृष्ण व इतर गोपाल चितारले आहेत. इतर चित्रांमध्ये महिषासुरमर्दिनी, वेणुगोपाल, महाभारताचे महायुद्ध, राजदरबार, दशावतार इत्यादी चित्रे विशेष उल्लेखनीय आहेत. या मंदिराच्या सभामंडप व गर्भगृहावर कौलारू छत आहे.
मंदिरासमोर तलावाच्या बाजूला एक लहान मंदिर आहे. या मंदिरात स्थानिक देवतेचे स्वयंभू पाषाण आहे. मंदिराच्या छतावर चोहोबाजूंनी सुरक्षा कठडा व मध्यभागी घुमटाकार शिखर आहे. शिखराच्या शीर्षभागी आमलक व कळस आहे. मंदिराच्या प्रांगणात वटवृक्षाच्या पारावर आणखी एक प्राचीन शिवपिंडी आहे. महाशिवरात्री हा येथील मुख्य वार्षिक उत्सव मोठ्या उत्साहाने साजरा केला जातो. श्रावणातील सर्व सोमवारी मंदिरात दर्शनाला येणाऱ्या भाविकांची गर्दी होते. चैत्र पाडवा, होळी, कार्तिक पौर्णिमा, कोजागिरी पौर्णिमा, दसरा, दिवाळी आदी वर्षभरातील सर्व सण व उत्सव मंदिरात साजरे केले जातात.
