शेगावमधील पाच धामांपैकी एक असलेल्या हरिहर मंदिरात शिव आणि विष्णूंची प्रतिष्ठापना आहे. सावकार मोटे यांनी जीर्णोद्धार केल्यामुळे हे ‘मोटे यांचे पुरातन शिवमंदिर’ म्हणून ओळखले जाते. येथे गजानन महाराजांचे दीर्घकाळ वास्तव्य होते. याच ठिकाणी त्यांनी द्वाड गाय व घोडा शांत केला आणि गोविंदबुवांना ‘हंसगीता’ सांगितली. मंदिरात महाराजांचे मूळ छायाचित्र व पादुका आहेत. अलीकडेच याचा संगमरवरी पाषाणात जीर्णोद्धार झाला आहे. गजानन महाराजांचे दर्शन घेतल्यावर भाविक या स्थानाला आवर्जून भेट देतात.
शेगावचे मूळ नाव शिवगाव असे होते. येथील शिवशंकर गावचे ग्रामदैवत होते. या गावाचे नावही या शिवमंदिरावरून पडले होते. कालौघात ते शेगाव असे झाल्याचे सांगण्यात येते. संतकवी दासगणू महाराज लिखित ‘श्री गजानन विजय’ ग्रंथातील दहाव्या अध्यायात या मंदिराचा तसेच येथे घडलेल्या घटनांचा उल्लेख आहे. त्यानुसार, अकोला जिल्ह्यातील बार्शीटाकळी येथील रहिवासी असलेले त्या काळातील प्रख्यात कीर्तनकार गोविंदबुवा टाकळीकर हे एके दिवशी या शिवालयात उतरले होते. 
त्यांनी त्यांचा घोडा मंदिरासमोर बांधला. अतिद्वाड असलेला हा घोडा कोणी जवळ आल्यास त्याला लाथा मारत असे किंवा कुत्र्यासारखा चावा घेत असे. तो रात्रंदिवस खिंकाळत असे. त्याला बांधण्यासाठी असलेल्या लोखंडी साखळ्या आणायला गोविंदबुवा विसरले होते. त्यामुळे परिसरात मिळालेल्या चऱ्हाटाने (दोराने) त्यांनी त्या घोड्याला कसेबसे बांधले आणि ते झोपण्यासाठी निघून गेले. मध्यरात्री सहजपणे फिरता-फिरता येथे आलेले गजानन महाराज या घोड्याच्या चार पायांमधील जागेत झोपले. मुखाने ते ‘गणी गण गणांत बोते’ हा महामंत्र म्हणत होते. या घोड्याबाबत धास्ती वाटत असल्यामुळे गोविंदबुवा अर्धवट झोपेतून उठून येथे आले असता, घोडा शांतपणे उभा असल्याचे त्यांच्या निदर्शनास आले. त्यांनी आजवर हा घोडा एवढा शांतपणे उभा असलेला कधीही पाहिले नव्हता. त्यामुळे त्याला काही आजार झाला आहे का अशी शंका त्यांना आली. त्यांनी घोड्याजवळ जाऊन पाहिले असता, त्याच्या पायांमध्ये निजलेले गजानन महाराज दिसले. हा घोडा शांत होण्याचे कारण समजल्यानंतर त्यांनी महाराजांच्या चरणांवर डोके ठेवले तसेच त्यांचे सात्त्विक अष्टभाव दाटून आले. गोविंदबुवांनी त्या घोड्याबाबत सांगितल्यानंतर महाराजांनी त्या द्वाड घोड्याला शांत केले.
याच मंदिरात गजानन महाराजांनी आपले निस्सीम भक्त बंकटलाल यांना माळणीच्या घरातून झुणका-भाकर आणण्यास तसेच पितांबराला नाल्यातून तुंबा भरून पाणी आणण्यास सांगितले होते, अशीही आख्यायिका आहे. मोटे यांनी १८३३ मध्ये या मंदिराचा जीर्णोद्धार केला. तत्पूर्वी या मंदिराचे दोनदा जीर्णोद्धार करण्यात आले होते. गजानन महाराजांचा जुना मठ म्हणून ओळखले जाणारे हे देवालय मोटे यांच्या वंशजांनी २००० मध्ये शेगाव संस्थानमध्ये विलीन केले. त्यानंतर संस्थानाने पुन्हा जीर्णोद्धार केला. या जीर्णोद्धारादरम्यान संगमरवरी पाषाणाचा वापर करून उत्कृष्ट कलाकुसर असलेले भव्य मंदिर उभारण्यात आले. त्यावेळी येथे श्री विष्णूंच्या मूर्तीची प्राणप्रतिष्ठा करण्यात आली. गजानन महाराज मंदिराच्या मागील भागात हे मंदिर आहे. या मंदिराच्या बाजूलाच गजानन महाराजांचे प्रकट स्थानही आहे. मुखमंडप, दोन खुले सभामंडप आणि तीन गर्भगृह अशी या मंदिराची संरचना आहे. मंदिर परिसर संरक्षक भिंतीने बंदिस्त करण्यात आला आहे. येथील महिरपी कमानींनी जोडलेल्या स्तंभांवर तसेच वितानांवर कोरीव कलाकुसर आहे. मध्यभागी असलेल्या गर्भगृहात गजानन महाराजांचे मूळ छायाचित्र आहे. या गर्भगृहाच्या प्रवेशद्वाराच्या दोन्ही बाजूंनी जाळ्या कोरलेल्या आहेत. प्रवेशद्वाराच्या वरच्या बाजूस मध्यभागी असलेल्या ललाटबिंबावर गणेशमूर्ती आहे. गर्भगृहात असलेल्या गादीवर गजानन महाराजांचे मूळ छायाचित्र तसेच त्यांच्या पादुका आहेत. डावीकडील गर्भगृहात शिवलिंग आहे. 
या मंदिरासमोर सभामंडपात नंदीची संगमरवरी मूर्ती आहे. त्याखालील जागेत कासवमूर्ती आहे. गर्भगृहाच्या डाव्या बाजूस असलेल्या देवकोष्ठकात गणेशाची संगमरवरी मूर्ती आहे.
उजवीकडील देवकोष्ठकात अन्नपूर्णा देवीची संगमरवरी मूर्ती आहे. या बैठ्या स्थितीतील मूर्तीचा एक पाय खाली सोडलेला आहे आणि देवीच्या डाव्या हातात पळी तर उजव्या हातात अन्नपात्र आहे. गर्भगृहात पंचधातूचे आवरण असलेल्या मोठ्या शाळुंकेमध्ये शिवलिंग आहे. उजवीकडील गर्भगृहात श्री विष्णूंची उभी गदाधारी पाषाणात घडवलेली मूर्ती आहे. या गर्भगृहासमोर सभामंडपात श्री विष्णूंचे वाहन असलेल्या गरुडदेवाची संगमरवरी मूर्ती आहे. या गर्भगृहाच्या डाव्या आणि उजव्या बाजूला असलेल्या देवकोष्ठकांमध्ये जय आणि विजय यांच्या मूर्ती आहेत. शिवमंदिर आणि विष्णू मंदिर या दोन्ही गर्भगृहांच्या प्रवेशद्वारांच्या द्वारस्तंभांवर सुंदर कोरीव काम आहे. या प्रवेशद्वारांच्या मध्यभागी ललाटबिंबावर गणेशमूर्ती आहेत आणि प्रवेशद्वाराच्या पायथ्याशी दोन्ही बाजूंना राक्षसाची कीर्तिमुखे कोरलेली आहेत. या मंदिराबाहेर उजव्या बाजूस हनुमानाचे छोटे मंदिर आहे. 
येथे काचबंद पेटीत हनुमानाची शेंदूरचर्चित मूर्ती आहे. नजीकच जुन्या मंदिराची छायाचित्रे पाहायला मिळतात. मंदिरासमोर तपस्वी गर्गाचार्यांची समाधी आहे.
या मंदिराच्या सभामंडपांवर सुंदर शिखरे आहेत. छताच्या भागावर असलेल्या बाशिंगी कठड्यामध्ये वरच्या दिशेने आकाराने निमुळते होत जाणारे गोलाकार स्तर आहेत. त्यावर द्विस्तरीय आमलक व कळस आहेत. गर्भगृहांवर कोरीव कलाकुसर असलेली शिखरे आहेत आणि त्यावर लहान लहान शिखरांच्या प्रतिकृती आहेत. वरच्या बाजूस द्विस्तरीय आमलक व कळस आहेत. शिखरांसमोर सिंहाची शिल्पेही आहेत. मंदिराच्या बाह्यभिंतीवरील देवकोष्ठकांमध्ये देव-देवतांच्या मूर्ती आहेत.
या मंदिरात महाशिवरात्रीचा मुख्य उत्सव अत्यंत उत्साहात साजरा केला जातो. त्यावेळी महापूजा आणि हरिनामाच्या गजराने सर्व वातावरण शिवमय होते. श्रावण महिन्यातील प्रत्येक सोमवारी येथे रुद्राभिषेक आणि विशेष धार्मिक कार्यक्रम आयोजित केले जातात. गजानन महाराजांचा प्रकट दिन आणि पुण्यतिथीच्या वेळी येथे भक्तांची मोठी मांदियाळी असते. मंदिरात विष्णू आणि शिव अशा दोन्ही प्रतिमा असल्याने वैकुंठ चतुर्दशीला होणारा हरि-हर भेटीचा सोहळा वैशिष्ट्यपूर्ण असतो.
