आदिम लोकसमूहात निसर्गातील विविध तत्त्वांना, पंचमहाभूतांना दैवत्व बहाल करून त्यांची पूजा केली जात असे. विविध रोगराईच्या साथी या दैवी प्रकोपामुळे येतात, अशी सामान्य जनांची श्रद्धा असे. त्यातून या रोगांच्या देवता कल्पून त्यांना संतुष्ट करण्याचे विधी निर्माण झाले. पूर्वी प्रत्येक गावामध्ये एक ग्रामसंरक्षक देवता असे, त्याचप्रमाणे ग्रामसीमेवर रोगांच्या देवींचीही स्थापना करण्यात येत असे. माटुंग्याची ग्रामदेवता मरूबाई ही या गावाची संरक्षक देवता मानली जाते. ती भक्तांचे आजारपण दूर करणारी देवी असल्याची लोकश्रद्धा आहे. या देवीचे सुंदर मंदिर माटुंग्याच्या पूर्व भागात किंग्ज सर्कलजवळ स्थित आहे.
येथील अनेक कुटुंबांची आराध्यदेवता असलेल्या मरूबाईचा इतिहास माटुंग्याच्या विकासाशी निगडित आहे. एकोणिसाव्या शतकाच्या उत्तरार्धापर्यंत माटुंगा परिसर म्हणजे एक ओसाड रान होते. देवगिरीच्या रामदेवराव यादवाचा चौथा पुत्र असलेला राजा बिंबदेव ऊर्फ भीमदेव यादव हा तेराव्या शतकात येथे राज्य करीत होता. इ.स. १२९५ मध्ये त्याने माहीम (बिंबस्थान) येथे आपली राजधानी स्थापन केली. असे सांगण्यात येते की माटुंग्याच्या परिसरात या राजाची मोठी गजशाळा होती. 
संस्कृतमध्ये हत्तीला मातंग असेही म्हटले जाते. यावरून या भागास मातंगालय असे म्हटले जाऊ लागले. त्याचा मातंगा, माटुंगा असा अपभ्रंश होत माटुंगा हे नाव पडले असावे. काहींच्या मते, येथील हत्तींच्या देखभालीसाठी बिंब राजाच्या काळात येथे मातंग समाजाची वस्ती होती. त्यामुळे या भागास माटुंगा हे नाव पडले असावे.
पौराणिक आख्यायिकेनुसार या परिसरात मातंग ऋषींचे निवासस्थान होते. त्यावरून माटुंगा हे नाव आले, असेही सांगण्यात येते. या परिसरात पूर्वी मिठागरे असत. काही ठिकाणी धान्याची शेती होत असे. मात्र मोठा भाग हा दलदलीचा असे. एकंदरच मुंबईच्या बेटांवर मोठ्या प्रमाणावर रोगराई असे. १६९२ मध्ये मुंबईत आलेल्या महामारीने येथील इंग्रजांचे ‘बहुतेक लष्कर जाया झाले’ अशी नोंद आहे. त्या काळात येथे आलेल्या डॉ. जॉन फ्रेयर यांनी असे म्हटले आहे की फ्लू, जलोदर, स्कर्वी, बद्धकोष्ठ, ताप आणि मेडिशिन (मुडशी) या आजारांनी मुंबई बेटावरचे लोक त्या काळी त्रस्त झाले होते. इ.स. १७२० ते १७२८ या काळात ब्रिटिशांनी वरळीचा बांध बांधल्यानंतर या परिस्थितीत काहीशी सुधारणा झाली. एकोणिसाव्या शतकाच्या आरंभी माटुंगा परिसर ब्रिटिश तोफखान्याचे ठाणे म्हणून उदयाला आला. 
येथे लष्कराची मोठी छावणी उभारण्यात आली. परंतु १८३५ मध्ये येथे पुन्हा रोगराई पसरली. त्यातही पाण्यातून होणाऱ्या नारू रोगाच्या साथीमुळे येथील छावणी पुण्यास हलवण्यात आली आणि हा परिसर पूर्णतः ओसाड पडला. या छावण्यांमधील मजुरांच्या काही कुटुंबांचे पाडे तेवढे या भागात असत. असे सांगण्यात येते की एकदा या भागात अशीच जलजन्य रोगांची साथ पसरली असताना किंग्ज सर्कल येथील एका पिंपळाच्या झाडामध्ये मरूबाई प्रकट झाली. या परिसरातील रोगांचे, आपत्तींचे उच्चाटन व्हावे यासाठी लोक या देवीची पूजा करू लागले. मरीमातेप्रमाणेच ही देवी कांजिण्या, देवी आदी रोगांचे रुग्ण बरे करते, अशा श्रद्धेतून लोक तिला मरूबाई वा मरुमाता म्हणू लागले. तेथे देवीचे छोटे मंदिर बांधण्यात आले. मरुबाई ज्या झाडातून पहिल्यांदा प्रकट झाली ते झाड आजही महेश्वरी उद्यानात आहे, असे सांगण्यात येते.
पुढे १८९६ ते १९०६ या काळात मुंबईला ग्रंथिक सन्निपाताच्या म्हणजेच प्लेगच्या साथीने विळखा घातला. २ ऑक्टोबर १८९७ रोजी पालिका आयुक्त पी. सी. एच. स्नो यांनी सादर केलेल्या अहवालानुसार, ‘चुकीच्या पद्धतीने बांधलेल्या इमारती, तुंबलेल्या गटारी, ओलचट घरे, पूरग्रस्त भाग आणि गोदामांत सडत चाललेले धान्य यांतून प्लेगचे उंदीर फोफावले.’ 
ही साथ रोखण्यासाठी युद्धपातळीवर प्रयत्न करण्यात आले. त्याचाच एक भाग म्हणून १४ फेब्रुवारी १८९८ रोजी लॉर्ड सँडहर्स्ट यांनी ‘सिटी ऑफ बॉम्बे इम्प्रूव्हमेंट बिल’ सादर केले. त्यातून ९ नोव्हेंबर १८९८ रोजी ‘बॉम्बे सिटी इम्प्रूव्हमेंट ट्रस्ट’ची (बी.सी.आय.टी. वा बी.आय.टी.) स्थापना करण्यात आली. या अंतर्गत गलिच्छ व दाटीवाटीच्या वस्त्या हटवण्यात आल्या. माटुंगा फाइव्ह गार्डन्स, सायन येथील वस्त्यांचे नूतनीकरण झाले ते याच मोहिमेत. माटुंगा परिसराच्या पुनर्विकास योजनेत रस्ता रुंदीकरणासाठी किंग्ज सर्कल येथील देवीचे मंदिर हलवण्याचा निर्णय ब्रिटिश अधिकाऱ्यांनी घेतला. त्यावेळी मरुबाईचा कोप होईल या भावनेने स्थानिक नागरिकांनी त्यास विरोध केला. परंतु ब्रिटिशांनी लोकहिताच्या दृष्टिकोनातून मंदिरासाठी अन्यत्र जागा दिली व तेथे ते स्थलांतरित करण्यात आले. आज त्याच जागेवर हे मंदिर उभे आहे.
पूर्वी हे मंदिर साध्या स्वरूपाचे होते. मंदिरासमोर लाकडी खांब असलेली पत्र्याची पडवी होती. गर्भगृहावर घुमटाकार शिखर होते. पुढे माघ शुद्ध षष्ठी, शके १९२१, शुक्रवार, ता. ११ फेब्रुवारी २००० रोजी या मंदिराचा जीर्णोद्धार करण्यात आला. त्यावेळी कांची कामकोटी पीठाचे शंकराचार्य जगद्गुरू जयेंद्र सरस्वती व शंकर विजयेंद्र सरस्वती यांच्या हस्ते या नूतन मंदिराचा कुंभाभिषेक व कलश प्रतिष्ठापना करण्यात आली.
माटुंग्यातील मरुबाई गावदेवीच्या नावाने ओळखल्या जाणाऱ्या चौकामध्ये हे देवालय वसले आहे. मंदिरासमोरील छोट्याशा अंगणात भाविकांसाठी शेड आहे. सभामंडप आणि गर्भगृह अशी या पूर्ण संगमरवरात उभारलेल्या मंदिराची रचना आहे. सभामंडपावर पिरॅमिडच्या आकाराचे छोटे शिखर आहे. गर्भगृहावर संगमरवरी पाषाणात नागर शैलीत बांधलेले उरुशृंग प्रकारचे शिखर आहे. त्यावर चक्राकार आमलक आणि सोनेरी कळस आहे. मंदिरालगत मरूबाई गावदेवी ट्रस्टची चार मजली वास्तू उभी आहे. मंदिराचा सभामंडप आडव्या रुंद आकाराचा व अर्धखुल्या पद्धतीचा आहे. सभामंडपास कोरीव नक्षीकाम केलेले संगमरवरी स्तंभ असलेले प्रवेशद्वार आहे. त्याच्या दोन्ही बाजूंना दंडधारी द्वारसेवकांची शिल्पे आहेत. येथे एका बाजूस तिरुपती बालाजी तसेच मरूबाईची मोठी प्रतिमा लावलेली आहे. समोरच देवीचे गर्भगृह आहे. गर्भगृह उंच जगतीवर बांधलेले आहे. त्यास कोरीव स्तंभ व नक्षीदार मकरतोरण असलेले प्रवेशद्वार आहे. आत उंच संगमरवरी वेदीवर मोठे मखर आहे. या मखरास कोरीव नक्षीकाम केलेला सुवर्णपत्रा जडवलेला आहे. 
त्रिकुट पद्धतीच्या या मखरामध्ये मध्यभागी मरूबाई गावदेवीची दोन फूट उंचीची मूर्ती विराजमान आहे. मूर्तीस वस्त्र, अलंकार आणि पुष्पमालांनी शृंगारलेले आहे. देवीस पितळी मुखवटा आहे. नाकात नथ, मस्तकी मुकूट ल्यालेली देवी येथे पूर्वाभिमुख, शस्त्रधारिणी व प्रसन्नवदन आहे.
या मंदिरात पहाटे ४.३० ते दुपारी १२.३०, तसेच सायंकाळी ४ ते रात्री ९.३० या कालावधीत भाविक दर्शनाचा लाभ घेऊ शकतात. मंदिरात पहाटे ४.३० वाजता देवीस मंत्रजागरामध्ये विधिवत अभिषेक केला जातो. रोज सकाळी ६ वाजता, तसेच रात्री ८ वाजता देवीची आरती होते, तर सकाळी ९ वाजता सप्तशती नित्यपाठ केला जातो. मंदिराच्या ट्रस्टतर्फे येथे वर्षभर विविध धार्मिक आणि सामाजिक उपक्रम साजरे केले जातात. गुढीपाडवा, वटपौर्णिमा, नागपंचमी, गोकुलाष्टमी, गणेशजयंती, होलिकोत्सव, संक्रांत या सणांच्या वेळी येथे विशेष पूजा आयोजित केली जाते. त्याचप्रमाणे मंदिरात ‘आदि मासम; हा दक्षिण भारतीयांचा जुलै-ऑगस्टमध्ये येणारा उत्सवही साजरा केला जातो. या काळात येथे महिन्याच्या चारही शुक्रवारी दुर्गा अभिषेक केला जातो. नवरात्र हा या मंदिरातील सर्वांत मोठा उत्सव होय. या वेळी मंदिर परिसरात जत्रेचे स्वरूप प्राप्त होते. या सोहळ्यात माटुंग्यातील हजारो भाविक मोठ्या उत्साहाने सहभागी होतात.
