महाराष्ट्रात छत्रपती शिवाजी महाराजांनी स्वराज्याचा जो डाव मांडला, त्यासाठी लोकांच्या मनांची मशागत करण्याचे काम एकनाथ महाराज यांच्या वाङ्मयाने व विचारांनी केले होते. अशा या राष्ट्रउद्धारक भगवद्‌भक्त संतकवी एकनाथ महाराज यांचे समाधी मंदिर तसेच त्यांचा राहता वाडा छत्रपती संभाजीनगर जिल्ह्यातील पैठण शहरामध्ये आहे. हल्लीचे पैठण म्हणजे पूर्वीचे ‘प्रतिष्ठान’ हे महाराष्ट्रातील एक प्राचीन नागरी केंद्र होते. त्याला दक्षिण काशी म्हणून गौरविले जाते. इतिहासकारांनी केलेल्या संशोधनातून तसेच उत्खननातून या नगरीचा मोठा इतिहास समोर आला आहे.
आंतरराष्ट्रीय कीर्तीचे ज्येष्ठ इतिहास संशोधक डॉ. रा. श्री. मोरवंचीकर यांच्या मते, यमुना खोऱ्यात एक ‘प्रतिष्ठान’ असून त्याचा उल्लेख ऋग्वेदात आहे. याच प्रतिष्ठानच्या एका स्थलांतरित आर्य टोळीने गोदाकाठी स्थीर झाल्यावर ही नगरी उभारली असल्याची शक्यता आहे. नागरीकरणानंतर येथे मूलक हे जनपद निर्माण झाले. प्रतिष्ठान या जनपदाची राजधानी होती. ही नगरी सातवाहनांचे जन्मस्थान होती. स्वाभाविकच ती त्यांची राजधानीही बनली. प्राचीन काळी ग्रीसपर्यंत व्यापार चालणारे हे शहर विद्या व कलेचीही नगरी होती. गणितज्ञ भास्कराचार्य, गागाभट्ट, निर्णयसिंधूचे लेखक कमलाकर भट्ट, संत भानुदास, मुक्तेश्वर अशा विद्वान, गुणी व संतजनांची कर्मभूमी असलेले प्रतिष्ठान ही संत एकनाथ महाराजांचीही जन्मभूमी आणि कर्मभूमी आहे.
एकनाथांच्या काळी पैठण हे शहर निजामशाहीत होते व तेव्हा बुऱ्हान निजामशहा हा सत्तेवर होता.
येथे इ. स. १५३२च्या सुमारास संत भानुदासांच्या कुळामध्ये देशस्थ ऋग्वेदी आश्वलायन ब्राह्मण कुटुंबात एकनाथांचा जन्म झाला. एकनाथ महाराजांनी त्यांच्या ग्रंथांतून नमनप्रसंगाने आपल्या तीन पिढ्यांची माहिती सांगितली आहे. त्यांना माता–पित्याचे सुख लाभले नाही. आजी–आजोबांची छत्रछाया मात्र लाभली. त्यांचे बालपण सुखस्वास्थ्यात निघून गेले. बालवयातच त्यांच्यावर अध्यात्मविचारांचा ठसा उमटला व खऱ्या गुरूच्या शोधाकडे त्यांचे लक्ष वळले. पैठणजवळच देवगिरी येथे त्यावेळी जनार्दनस्वामी हे साक्षात्कारी सत्पुरुष म्हणून प्रसिद्ध होते. ते दत्तभक्त होते. देवगिरीचे किल्लेदार म्हणूनही ते काम पाहत असत. एकनाथ वयाच्या १२व्या वर्षी त्यांच्या आश्रयास गेले. गुरूंची त्यांनी मनोभावे सेवा केली. अशी कथा सांगितली जाते की एकदा हिशेबाची वही तपासत असताना एका अडक्याची (पैशाची) चूक शोधून काढण्यासाठी ते रात्री बराच वेळ जागत बसले होते. त्यांची जागरूकता व दक्षता यातून दिसते. तसेच एका कथेनुसार, एकदा देवगिरीवर शत्रूची धाड आली होती. त्यावेळी किल्लेदार असलेले जनार्दनस्वामी समाधीत मग्न होते. त्या वेळी स्वतः एकनाथांनी आपल्या गुरूचा पोशाख अंगावर चढवून शत्रूशी लढाई केली व ती धाड पिटाळून लावली. शांतिब्रह्म म्हणून ओळखले जाणारे एकनाथ महाराज हे शस्त्रनिपुण व वीर योद्धेही होते, हे या कथेतून स्पष्ट होते. गुरूंजवळ त्यांनी ब्रह्मविद्यार्जन केले. त्यांच्या सेवेने प्रसन्न झालेल्या जनार्दनस्वामींनी त्यांना शुलिभंजन पर्वतावर पहिले दत्तदर्शन घडविले. पुढे त्यांनी तीर्थयात्रा केली व ते पैठणला परतले.
पैठण येथेच त्यांनी गुरूंच्या आज्ञेने गृहस्थाश्रमात प्रवेश केला. गिरिजाबाई असे त्यांच्या पत्नीचे नाव होते. त्यांना गोदा, हरिपंडित व गंगा अशी तीन अपत्ये झाली. या काळात त्यांनी संस्कृतमधील ज्ञान सर्वसामान्यांना कळावे या हेतूने मराठीत सांगण्यास सुरुवात केली. त्यांनी अनेक ग्रंथांची तसेच भारुडांची रचना केली. एकनाथकृत भावार्थरामायण हे आजही लोकांच्या नित्यपठणात आहे. श्रीएकनाथी भागवत हा ग्रंथ वारकऱ्यांच्या प्रमुख तीन ग्रंथांपैकी एक आहे. याच प्रमाणे त्यांनी रुक्मिणीस्वयंवर या आख्यानकाव्याचीही रचना केली. 
चतुःश्लोकी भागवत, शुकाष्टक, हस्तामलक, स्वात्मसुख, आनंद लहरी, हरिपाठ, ब्रिदावली या त्यांच्या रचना प्रसिद्ध आहेत. एकनाथ महाराज यांनी जी अध्यात्माची शिकवण दिली, तीच त्यांनी जन्मभर आचरणातही आणली. त्यांच्याविषयी उन्हात तडफडणाऱ्या गाढवास गंगाजल पाजणे, महाराच्या चुकलेल्या पोरास कडेवर घेऊन त्यास त्याच्या घरी पोहचविणे, अशा अनेक कथा सांगितल्या जातात.
त्यांच्या देहावसनाबद्दल अशी कथा सांगितली जाते की एक दिवस सर्वसामान्य वृद्ध गृहस्थांप्रमाणे वयाच्या ६७व्या वर्षी त्यांचे निधन झाले. त्यावर लोक म्हणू लागले की नाथ हे सर्वसामान्यांप्रमाणेच गेले, तर त्यांच्यात आणि आमच्यात फरक तो काय? त्यावर एकनाथ महाराज ताटीवर उठून बसले व ‘नंतर कधी तरी जाईन’ असे म्हणाले. काही दिवसांनी त्यांनी जलसमाधी घेण्याचे ठरवले व त्याकरीता फाल्गुन वद्य षष्ठी ही तिथी निश्चित केली. औरंगाबाद गॅझेटियरमध्ये त्यांच्या जलसमाधीची इ.स. १५९८ व १५९९ अशी दोन वर्षे नमूद केली आहेत. त्या दिवशी हजारो भाविकांच्या उपस्थितीत त्यांनी लक्ष्मीतीर्थावर अखेरचे कीर्तन केले व नंतर नाभीपर्यंत पाण्यात जाऊन आत्मा ब्रह्मांडात विलीन केला. 
त्यांच्या पार्थिव देहास हरिपंडितांनी अग्नी दिला. अशी आख्यायिका सांगितली जाते की दुसऱ्या दिवशी लोक येथे येऊन पाहतात तर येथील राखेवर तुळशी व पिंपळाचे रोप उगवले होते. त्यावरच हरिपंडितांनी नाथांच्या चरणपादुकांची स्थापना केली. येथेच आता नाथांचे समाधी मंदिर उभे आहे.
या मंदिराकडे जाण्याच्या मार्गावर दोन्ही बाजूला दुमजली इमारती बांधण्यात आल्या आहेत. त्यात खाली पूजा साहित्य विक्रीची व पुस्तकांची दुकाने आहेत. वरच्या मजल्यावर भक्त निवास आहे. येथून पुढे गेल्यानंतर समोरच मंदिराची दगडी तटबंदी आणि दुमजली प्रवेशद्वार दिसते. प्रवेशद्वाराच्यावर नगारखाना आहे. द्वाराच्या दोन्ही बाजूंना द्वारपालांच्या प्रतिमा असून प्रवेशद्वाराच्या ललाटबिंबावर गणेशप्रतिमा आहे. मंदिराची मुख्य तटबंदी पुण्यश्लोक अहिल्याबाई होळकर यांनी बांधली आहे.
आत प्रवेश करताच समोरच नाथांच्या समाधीचे काष्ठमंदिर दिसते. लाकडाचा मोठ्या प्रमाणावर वापर करून हे मंदिर बांधण्यात आले आहे. सद्यस्थितीतील मंदिराचे लाकडी गर्भगृह एकनाथांचे ११वे वंशज श्री भानुदास महाराज गोसावी यांनी बांधलेले आहे. नाथांच्या समाधीच्या उजव्या बाजूस त्यांच्या पूर्वजांच्या व डाव्या बाजूस त्यांच्या वंशजांच्या समाध्या आहेत. नाथशिष्य उद्धव तसेच गावोबा यांच्या समाध्याही येथे आहेत. उद्धव यांची समाधी प्रदक्षिणा मार्गावर तर गावोबा यांची समाधी उत्तर दरवाजाजवळ आहे.
समाधी मंदिरास मुख्य द्वाराखेरीज अन्य दोन दरवाजे आहेत. त्यातील एक द्वार गोदावरी महाद्वार तर दुसरे दत्तात्रय महाद्वार म्हणून ओळखले जाते. समाधी मंदिराच्या मागे उत्तरेकडून दक्षिण दिशेकडे वाहणाऱ्या गोदावरीचे विशाल पात्र असून तेथे घाट बांधण्यात आला आहे. दत्तात्रय महाद्वारातून बाहेर पडल्यानंतर समोरच दत्तात्रयांचे मंदिर आहे. या ठिकाणी प्रसादालयाची इमारत आहे.
एकनाथ महाराजांच्या समाधी मंदिरात पहाटे ५.३० वाजता काकड आरती होते. त्यानंतर सकाळी ६.४५ वाजता आरती होते. दुपारी १२ वाजता समाधीस नैवेद्य दाखवला जातो. त्यानंतर सूर्यास्ताच्यावेळी गंगा व समाधीपूजन तसेच आरती केली जाते. रात्री ९.३० वाजता शेजारती होते. याशिवाय प्रत्येक द्वादशीस येथे महापूजा करण्यात येते. एकनाथ षष्ठीचा महोत्सव येथे मोठ्या प्रमाणावर साजरा केला जातो. त्या दिवशी येथे मोठी यात्रा भरते. शांतिब्रह्म श्री एकनाथ महाराज मिशनतर्फे देण्यात आलेल्या माहितीनुसार, पंढरीच्या आषाढी वारीनंतर वारकरी संप्रदायाची दुसऱ्या क्रमांकाची वारी येथे भरते. या वारीसाठी सुमारे ५०० दिंड्या येथे येतात. फाल्गुन वद्य षष्ठी ते अष्टमी असा तीन दिवसांचा हा उत्सव भजन, कीर्तन, भारुड यांनी साजरा केला जातो. काल्याचे कीर्तन व महाप्रसादाने उत्सवाची सांगता होते. भाविकांना दररोज पहाटे ५.३० ते रात्री ९.३० वाजेपर्यंत या मंदिरात जाऊन नाथांच्या समाधीचे दर्शन घेता येते.
संत एकनाथ महाराजांच्या जीवनाशी अत्यंत निगडित असे पैठणमधील स्थान म्हणजे त्यांचे निवासस्थान. गावातील नाथमंदिर म्हणून हे स्थान ओळखले जात असले तरी गावातील लोक मात्र यास नाथमहाराजांचा वाडा असेच म्हणतात. या वाड्यात एकनाथ महाराज यांचे अनेक वर्षे वास्तव्य होते. वाड्याचा मुख्य दरवाजा नेहमीच्या घरांसारखाच लहान आहे. त्याच्या एका बाजूस भिंतीवर नमनमुद्रेतील गरुडाची तसेच श्रीदत्ताची प्रतिमा आहे.
प्रवेशद्वारातून आत आल्यावर येथे वाड्याची ओवरी, त्यातील जुने खांब आणि समोरच असलेले नाथांचे देवघर यांचे दर्शन होते. मूळचे लाकडी व चांदीकाम केलेल्या या देवघरात नाथांचे नित्यपूजेतील सर्व देव आहेत. त्यात दीड फूट उंच आणि अडीच किलो वजनाची पंचधातूची विजयी पांडुरंगाची मुकुटधारी मूर्ती आहे. या मूर्तीचे वैशिष्ट्य म्हणजे पंढरीच्या पांडुरंगाप्रमाणेच या मूर्तीचे दोन्ही हात कमरेवर आहेत; परंतु तिच्या उजव्या हाताचा उघडा तळवा समोरच्या बाजूस दिसतो. म्हणूनच या मूर्तीस विजयी पांडुरंग असे म्हणतात. 
असे सांगितले जाते की ही मूर्ती नाथ महाराजांना एका सावकाराने भेटस्वरूपात दिली होती.
या मूर्तीबाबत अशी आख्यायिका आहे की कर्नाटकातील एका सावकाराने ही मूर्ती तयार करवून घेतली होती. तो मूर्तीची प्राणप्रतिष्ठा करणार एवढ्यात त्याला पांडुरंगाचा दृष्टान्त झाला की येथे मूर्ती स्थापन केली तरी मी येथे राहणार नाही. हट्टाग्रहाने प्राणप्रतिष्ठा केली तर तुझा निर्वंश होईल. ही मूर्ती पैठणच्या नाथ महाराजांना नेऊन दे. त्यानुसार त्याने ही मूर्ती नाथ महाराजांना भेट दिली. त्यावर नाथ महाराज पांडुरंगास म्हणाले की या सावकाराच्या घरात जशी पंचपक्वान्ने मिळतील तशी येथे मिळणार नाहीत. त्यावर मूर्तीच्या पायाखालील विटेवर ‘दास जेवू घाल वा न’ असे शब्द उमटले. ते शब्द अजूनही त्या विटेवर आहेत, असे सांगण्यात येते. त्यावेळी नाथांनी मूर्तीस पाहुणचार म्हणून चांदीच्या वाटीत लोणी दिले. त्यावेळी विठ्ठलाने कमरेवरचा उजवा हात काढून लोणी घेतले. नंतर तो हात उष्टावला असल्याने मनगट कमरेस टेकवून तो तळहात बाहेरच्या बाजूने उघडा ठेवला.
या देवघरासमोर नाथकालीन दोन प्राचीन खांब जतन करून ठेवलेले आहेत. असे सांगितले जाते की यातील एका खांबास टेकून एकनाथ महाराज प्रवचन करीत असत, तर दुसऱ्या खांबामध्ये प्रत्यक्ष विठ्ठल उद्धव स्वरूपात अंतर्धान पावले. त्यामुळे त्यास उद्धव खांब असे म्हटले जाते.
येथे अशीही कथा सांगितली जाते की विठ्ठलाने श्रीखंड्याचे रूप धारण करून या नाथवाड्यात बारा वर्षे पाणी भरले होते. ज्या रांजणात त्याने पाणी भरले तो आजही मंदिरात बंदिस्त स्वरूपात ठेवण्यात आलेला आहे. हा दगडी रांजण नेहमीसारखा नसून तो २१ फूट खोल आणि दीड फूट रुंद आहे. तो जमिनीत असून त्याच्या बुडामध्ये गोमुख आहे. 
या रांजणातील पाणी त्या गोमुखातून गोदावरीला जाऊन मिळते. रांजणातील पूर्वेकडच्या भिंतीमध्ये एक कोनाडा असून त्यात विठ्ठल–रुक्मिणीच्या मूर्ती आहेत. येथे फाल्गुन वद्य द्वितीयेपासून नाथषष्ठीच्या उत्सवास प्रारंभ केला जातो. त्यावेळी प्रथमतः हा रांजण कोरडा करून त्यास धूप देऊन त्याची पूजा केली जाते. हा रांजण या उत्सवकाळात कधी तरी भरतो. ज्यांच्या हाताने तो भरतो त्याची श्रीखंड्या म्हणून पूजा केली जाते.
एकनाथ महाराजांची पुण्यतिथी म्हणजेच नाथषष्ठी हा नाथवाड्यातील सर्वांत मोठा सोहळा असतो. या दिवशी नाथांशी संबंधित पाच महत्त्वाच्या घटना घडल्याने नाथषष्ठी हे पंचपर्व मानले जाते. या घटना अशा १. नाथांचे गुरू जनार्दनस्वामी यांचा जन्म नाथषष्ठीस झाला, २. संत जनार्दनस्वामींना प्रथम दत्तदर्शन झाले, ३. नाथांना स्वामींनी प्रथम दर्शन दिले, ४. संत जनार्दनस्वामी यांची पुण्यतिथी व ५. एकनाथ महाराज यांची जलसमाधी. अष्टमीला होणाऱ्या गोपाळकाल्याने या सोहळ्याची सांगता होते. या निमित्ताने लाखो भाविक येथे जमतात. पैठणहून नाथांची पालखी पंढरपूरला नेली जाते. ज्येष्ठ वद्य सप्तमीला गावातील नाथ मंदिरातून ‘भानुदास एकनाथ’च्या गजरात दिंडी प्रस्थान करते व आषाढ शुद्ध दशमीला पालखी पंढरीत दाखल होते. पंढरपुरात जाताना पालखीस तिसऱ्या क्रमांकाचा मान दिला जातो.
