ऐतिहासिक, धार्मिक आणि सांस्कृतिकदृष्ट्या महत्त्वाच्या असलेल्या वेरूळ परिसरात घृष्णेश्वर ज्योतिर्लिंग मंदिर आहे. हे मंदिर बारा ज्योतिर्लिंगापैकी एक आहे. शिवपुराणात वर्णन केलेल्या बारा ज्योतिर्लिंगांतील अखेरचे म्हणजेच बारावे ज्योतिर्लिंग म्हणून हे मंदिर ओळखले जाते. शिवपुराणाप्रमाणेच स्कंदपुराण, रामायण आणि महाभारत या ग्रंथांमध्येही या मंदिराचा उल्लेख आढळतो. छत्रपती शिवाजी महाराजांच्या इतिहासाशीही ते निगडित आहे. तसेच जागतिक वारसास्थळ असलेल्या वेरूळ लेण्यांपासून एक किमी अंतरावर हे मंदिर आहे.
वेरूळ येथील महिषाद्री पर्वताच्या पायथ्याशी, येळगंगा नदीच्या काठावर, इलोपूर गावात असलेल्या या मंदिरास राष्ट्रकुट काळापासूनचा इतिहास आहे. राष्ट्रकुट नृपती कृष्णराजाने हे मूळ मंदिर बांधले होते. काळाच्या ओघात त्याची पडझड झाली. पुढे छत्रपती शिवाजी महाराजांचे आजोबा मालोजीराजे भोसले यांनी इ.स. १५९९ मध्ये या मंदिराचा आणि तेथील शिवालयतीर्थ या तलावाचा जीर्णोद्धार केला होता. मालोजीराजे भोसले हे अहमदनगरच्या निजामाचे पंचहजारी मनसबदार होते. निजाम मुर्तजा याने त्यांना राजा ही पदवी दिली होती. इतिहासाचार्य वि. का. राजवाडे यांनी ‘राधामाधवविलासचंपू’च्या प्रस्तावनेत दिलेल्या माहितीनुसार, ‘इ.स. १५९३ मध्ये वयाच्या ४३व्या वर्षी मालोजीराजे यांना भूमिगत धन सापडले, तसेच जगदंबेचा साक्षात्कार होऊन राज्यप्राप्तीचा वर मिळाला होता.’
मालोजीराजे हे शंकराचे निस्सीम भक्त होते. 
त्यामुळे त्यांनी सापडलेल्या धनातून शिखर शिंगणापूरच्या डोंगरपायथ्याशी तलाव बांधला, तसेच आपल्या पूर्वजांचे पाटीलकीचे वतन असलेल्या वेरूळमधील घृष्णेश्वर मंदिराचा जीर्णोद्धार केला. त्यानंतर निजामशाही आणि दिल्लीची मुघलशाही यांच्यातील लढायांमुळे या प्रदेशात माजलेल्या अंदाधुंदीत मंदिरासही हानी पोचली. औरंगजेबाने या मंदिराचा विध्वंस केला होता. इ.स. १७३० मध्ये सरदार मल्हारराव होळकर यांच्या पत्नी गौतमाबाई यांनी सध्याचे मंदिर बांधले. त्यानंतर ३९ वर्षांनी इ.स. १७६९ मध्ये पुण्यश्लोक अहिल्याबाई होळकर यांनी शिवालयतीर्थाची पुनर्बांधणी केली. भारत सरकारने धार्मिक पर्यटन आणि तीर्थक्षेत्रांच्या विकासासाठी सुरू केलेल्या ‘प्रसाद २’ या योजनेमध्ये घृष्णेश्वर मंदिराचा समावेश केलेला आहे.
मंदिराविषयी आख्यायिका अशी की शंकर आणि पार्वती हे नेहमी सारीपाट खेळत असत. त्यात पार्वती प्रत्येक वेळी जिंकत असे. एकदा अशाच प्रकारे हरल्यामुळे शंकरास राग आला. क्रोधित होऊन ते काम्यक वनाच्या दिशेने निघून गेले. त्यांना शोधत पार्वती आली. तिने तरुण भिल्लीणीच्या रूपात येऊन त्यांचे मन जिंकले. एके दिवशी पार्वतीस तहान लागली असता शंकराने जमिनीत त्रिशूळ खुपसून पाताळातील भोगावती नदीचे तीर्थ पार्वतीला दिले. तेच स्थान शिवालयतीर्थ म्हणून ओळखले जाते. या ठिकाणी एकदा पार्वती भांगात लावण्यासाठी पवित्र कुंकूम तयार करीत होती. डाव्या हातावर शेंदूर व केशर घेऊन त्यात शिवालयतीर्थ कुंडातील पाणी घेऊन उजव्या हाताने ती त्याचे मिश्रण तयार करीत होती. त्या वेळी घर्षणाने पार्वतीच्या हातातून अचानक तेजस्वी प्रकाश निर्माण झाला व त्यातून शिवलिंग अवतरले. घर्षणाने निर्माण झाल्यामुळे पार्वतीने त्यास घृष्णेश्वर असे नाव दिले. त्यास कुंकुमेश्वर असेही म्हणतात.
एका पौराणिक कथेनुसार, भारद्वाज कुळातील सुधर्मा नामक परम शिवभक्त आणि त्याची पत्नी सुदेहा हे ऐश्वर्यात राहात होते; परंतु अनेक उपासतापास, नवससायास करूनही त्यांना पुत्रप्राप्ती होत नव्हती.
त्यामुळे सुदेहाने सुधर्माला दुसरा विवाह करण्यास सांगितले. तिच्या आग्रहापुढे झुकून सुधर्मा त्यास तयार झाला. त्यानुसार सुदेहाने तिची बहीण घृष्णा हिच्याशी त्याचा विवाह लावून दिला. कालांतराने घृष्णेस पुत्र झाला. त्यामुळे सुधर्मा तिच्यासोबत अधिक काळ व्यतीत करू लागला. त्यामुळे सुदेहाच्या मनात सवतीमत्सर जागृत झाला. घृष्णा हीसुद्धा शंकराची परमभक्त होती. ती रोज एका तळ्याकाठी वालुकेचे शिवलिंग तयार करीत असे. पूजेनंतर ते तलावात विसर्जित करीत असे. एके दिवशी सुदेहाने संधी साधून घृष्णेच्या पुत्राची हत्या केली व त्याच्या देहाचे तुकडे करून त्या तळ्यात फेकून दिले. तेथे नित्यनेमाप्रमाणे घृष्णा शंकराची पूजा करीत होती. तिला पुत्रमृत्यूची वार्ता नव्हती. तिची भक्ती पाहून शंकराने तिच्यावर कोसळलेले संकट दूर केले. घृष्णा पूजा करीत असतानाच शंकर तेथे प्रकटले व त्यांनी घृष्णेच्या पुत्रास साद दिली. त्याबरोबर तो त्या तलावातून बाहेर आला. ते पाहून घृष्णेचे अश्रू अनावर झाले. तिने शंकराचे पाय धरले. शंकराने तिला वर मागायला सांगितले. त्यानुसार तिने शंकरास विनंती केली की जगाच्या कल्याणाकरीता या ठिकाणी आपण कायमचे वास्तव्य करावे. शंकराने तथास्तू म्हणत ज्योतिर्लिंगाचे स्वरूप धारण केले. तेच हे ज्योतिर्लिंग घृष्णेश्वर होय.
वेरूळमध्ये आल्यानंतर दुरूनच घृष्णेश्वर मंदिराच्या कळसाचे दर्शन होते. या मंदिराभोवती सुमारे १२ फूट उंचीची दगडी तटबंदी आहे. मध्ययुगीन दाक्षिणात्य वास्तुशास्त्राचे उत्तम उदाहरण असलेले हे मंदिर लालसर दगडाचा वापर करून बांधण्यात आले आहे. मंदिराच्या शिखरावर अनेक देवी–देवतांच्या तसेच नंदीच्या मूर्ती आहेत. शिखरावर सोन्याचा कळस आहे. मंदिरास तीन प्रवेशद्वारे असून मुख्य प्रवेशद्वार आकाराने लहान आहे. त्यासमोर हनुमानाचे पूर्वाभिमुख मंदिर आहे. सर्व प्रवेशद्वारांवर सुंदर नक्षीकाम केलेले आहे.
दर्शनमंडप, सभामंडप, अंतराळ व गर्भगृह अशी या मंदिराची रचना आहे. येथील सभामंडप हा अर्धमंडप स्वरूपाचा असून बाजूने त्याला कक्षासने आहेत. सभामंडपात तब्बल २४ दगडी खांब आहेत. या प्रत्येक खांबावर देवी–देवतांच्या प्रतिमा व धार्मिक प्रसंग कोरलेले आहेत. याशिवाय या खांबांवर प्राचीन शिलालेख आहेत. सभामंडपाच्या मध्यभागी अखंड दगडातील भव्य असा कोरीव नंदी आहे. त्यापुढे अंतराळ असून त्यापासून गर्भगृह काहीसे खाली आहे. अंतराळातून गर्भगृहात जाण्यासाठी पाच पायऱ्या उतराव्या लागतात. गर्भगृहाच्या प्रवेशद्वाराच्या द्वारपट्टीवर पाने, फुले, पशू–पक्षी व मनुष्यप्राण्यांच्या विविध भावमुद्रा कोरलेल्या आहेत. गर्भगृहात शिवलिंग प्रतिष्ठापित असून ते पूर्वाभिमुख आहे. शिवलिंगाभोवती धातूचा छोटासा कठडा बांधण्यात आला आहे. विशिष्ट प्रसंगी शिवलिंगावर फणा काढलेल्या नागाची मोठी पितळी मूर्ती ठेवण्यात येते. मंदिरानजीक पायऱ्या असलेले खोल जलकुंड आहे, त्याला शिवालय तीर्थ असे संबोधतात. त्यात आठ देवकोष्ठके आहेत. असे सांगितले जाते की प्रजापिता ब्रह्माने काशीतीर्थ, गयातीर्थ, गंगासंगम, विराजतीर्थ, विशालतीर्थ, त्र्यंबकतीर्थ, द्वारावती व रेवातीर्थ या अष्टतीर्थांना तेथे आमंत्रित केले होते.
मंदिरात पहाटेपासून पूजा, पाठ, अभिषेक, मंत्रोच्चार सुरू होतात. या मंदिरात प्रवेशासाठी पुरुषांकरीता खास वेशसंहिता आहे. कमरेच्या वरील भागात कोणतेही वस्त्र परिधान करण्यास मनाई आहे. येथे धोतर वा सोवळे परिधान करून ज्योतिर्लिंगाची पूजा करण्याचा परिपाठ आहे. महिलांसाठी कोणतीही वेषसंहिता नाही. महाशिवरात्र, शिवरात्री, तसेच दर सोमवारी घृष्णेश्वराची महापूजा केली जाते. या दिवशी तसेच श्रावणातील दर सोमवारी येथे भाविकांची मोठी गर्दी होते. एरवीही या मंदिरात दररोज हजारो भाविक दर्शनासाठी येतात.
मंदिरात शिवलिंगाची रोज पंचामृत अभिषेक पूजा केली जाते. या ठिकाणी भाविक पंचामृत पूजा, रुद्राभिषेक पूजा, श्रावणमासातील सर्व अभिषेक पूजा, ब्रह्मभोजनासह लघु रुद्राभिषेक तसेच अभिषेक पूजा करतात. त्यासाठी मंदिर संस्थानशी आधी संपर्क साधणे आवश्यक आहे. दररोज पहाटे पाच वाजल्यापासून ते रात्री आठ वाजेपर्यंत भाविकांना या मंदिरात जाऊन घृष्णेश्वराचे दर्शन घेता येते. या मंदिरापासून जवळच वेरूळची जागतिक वारसास्थळ असलेली लेणी, लक्षविनायक मंदिर तसेच मालोजीराजांची ऐतिहासिक गढी ही स्थळे आहेत.
