आधुनिक मुंबईचे धार्मिक आणि सांस्कृतिक चरित्र या मंदिराच्या उल्लेखाशिवाय पूर्ण होऊ शकणार नाही. हे धर्मस्थळ म्हणजे प्रभादेवी येथील सिद्धिविनायक मंदिर होय. हे मंदिर गणेशाच्या अष्टविनायक क्षेत्रांप्रमाणेच सुप्रसिद्ध आणि मुंबईतील सर्वांत लोकप्रिय गणेशपीठ आहे. हे मंदिर सर्वसामान्य नागरिकांपासून ते विविध मान्यवरांपर्यंत लक्षावधी लोकांचे श्रद्धास्थान आहे. या मंदिराला सव्वादोनशे वर्षांचा ज्ञात इतिहास आहे. मंदिरात उजव्या सोंडेची प्राचीन गणेशमूर्ती विराजमान असल्यामुळे हे स्थान सिद्धपीठ मानले जाते. येथील सिद्धिविनायक केवळ ‘दर्शनमात्रे मनकामनापूर्ती’ करणारा आहे, अशी भाविकांची गाढ श्रद्धा आहे. दर मंगळवारी या मंदिरात दर्शनासाठी दीड ते दोन लाख भाविक येतात.
सिद्धिविनायकाच्या येथील आद्य स्थानाचा इतिहास अज्ञात आहे. मुंबई बेटांवरील गणेश उपासनेचा इतिहास किमान सहाव्या शतकापासूनचा आहे. ठाणे, रायगड आणि मुंबई बेटांचा समावेश असलेल्या अपरान्त भागावर कलचुरी घराण्याची सत्ता होती. या घराण्याच्या शाखेचा संस्थापक कृष्णराज (इ.स. ५५० ते ५७०) हा होय. त्याची चांदीची नाणी ‘कृष्णराज-रूपक’ म्हणून ओळखली जात. या नाण्यांपैकी काही नाणी मुंबईच्या काळबादेवी-ठाकुरद्वार परिसरात सापडली होती. यावरून या बेटांवर त्याची सत्ता असल्याचे सिद्ध होते. या कलचुरींच्या काळात मुंबईनजीक असलेल्या घारापुरी बेटावरील ‘शिवसृष्टी’ उभारण्यात आली. तेथे शिवपुत्र गणेशाचे मोठे शिल्प कोरलेले आहे. कोकणपट्टीत शिलाहारांनी सुमारे ४०० वर्षे राज्य केले. त्यांच्या काळातील म्हणजेच इ.स. १००० ते १२०० दरम्यानची एक गणेशमूर्ती ठाणे म्हणजेच प्राचीन श्रीस्थानक येथे सापडली आहे. ही ३७ सेंटीमीटर उंचीची गणेशमूर्ती सध्या मुंबईतील छत्रपती शिवाजी महाराज वस्तू संग्रहालयात आहे. 
या ऐतिहासिक पुराव्यावरून मुंबई आणि परिसरात प्राचीन काळापासून गणेश पूजा केली जात असल्याचे स्पष्ट होते. त्यामुळेच सिद्धिविनायकाचे येथील स्थान प्राचीन असावे, असा तर्क इतिहासकार मांडतात.
ज्ञात इतिहासानुसार, सिद्धिविनायकाच्या येथील मूळ जुन्या मंदिराची स्थापना दुर्मुख संवत्सर, कार्तिक शुद्ध चतुर्दशी, शके १७२३ म्हणजेच गुरुवार, १९ नोव्हेंबर १८०१ रोजी झाली. कृष्णराव रघुनाथजी नवलकर उर्फ के. रघुनाथजी यांनी सन १८९५ मध्ये प्रसिद्ध केलेल्या ‘द हिंदू टेम्पल्स ऑफ बॉम्बे’ या पुस्तकात या मंदिराची माहिती दिली आहे. या नोंदीनुसार या मंदिराची उभारणी लक्ष्मण विठू पटेल (पाटील) यांनी केली. लक्ष्मण पाटील हे बांधकाम कंत्राटदार होते. त्यांनी आगरी समाजातील एका सधन महिला देऊबाई पाटील यांच्या आर्थिक पाठबळावर हे मंदिर उभारले, असाही एक प्रवाद आहे. देऊबाई पाटील यांनी अपत्यप्राप्तीसाठी गणेशाला मंदिर बांधण्याचा नवस केला होता. मात्र अपत्य होण्यापूर्वीच त्यांच्या पतीचे निधन झाले. अशा परिस्थितीतही देऊबाईंनी मंदिर उभारण्याचा आपला संकल्प पूर्ण केला.
हे लहानसे मंदिर मोठ्या वृक्षराजी असलेल्या परिसरात वसले होते. मंदिराच्या समोर एक तळे होते. मंदिराचे एकूण बांधीव क्षेत्र सुमारे १२ बाय १२ फूट होते. मंदिराच्या १८ इंच जाडीच्या भिंतींवर चारही बाजूंनी उंच कठडा म्हणजेच पॅरापेट वॉल होती. तसेच मध्यभागी विटांनी बांधलेला गोल घुमट होता. या कठड्याच्या चारही किनाऱ्यांवर मनोऱ्यासारखे उंच कळस उभारले होते. मंदिराच्या घुमटाकार शिखरावर आमलक आणि त्यावर तीन स्तरीय कळस होता. मंदिराच्या बाजूला उतरत्या छपराच्या पडव्या बांधल्या होत्या. मंदिराच्या समोर दोन बाजूंनी उतरत्या छपराचा साधा व खुल्या पद्धतीचा मंडप होता. त्या मंडपासमोर दोन किंवा तीन दीपस्तंभ उभारले होते. मंदिराच्या समोरच मारूतीचे एक छोटे मंदिर होते. गर्भगृहात काळ्या पाषाणातून घडवलेली सिद्धिविनायकाची मूर्ती प्रतिष्ठापित होती. के. रघुनाथजी यांनी केलेल्या नोंदीनुसार मूर्तीच्या बाजूला हनुमानाच्या दोन लहान-मोठ्या मूर्ती होत्या. या मूर्ती देखील काळ्या पाषाणातून घडवलेल्या होत्या. सन १८९५ च्या काळात या मंदिराचे व्यवस्थापन लक्ष्मण पाटील यांचे वारसदार सखाराम पाटील पाहत होते. येथे रोज सकाळी देवाची नियमित आरती होत असे. 
त्याकरिता एका पुरोहिताची नियुक्ती करण्यात आली होती आणि त्यांना वेतन दिले जाई. या मंदिरात मार्गशीर्ष, चैत्र आणि भाद्रपद महिन्यांत गणेश चतुर्थीचा उत्सव साजरा होत असे. या उत्सवाच्या निमित्ताने मंदिरात कथा, पुराणे आणि संगीत कार्यक्रमांचे आयोजन केले जाई. उत्सव काळात गणेशाच्या मस्तकावर फेटा बांधला जाई आणि मारुतीच्या मूर्तीवर टोपी घातली जात असे.
के. रघुनाथजी यांच्या माहितीनुसार, त्या काळात या मंदिरात रोज सरासरी आठ ते नऊ भाविक दर्शनासाठी येत असत. विशेष सण किंवा उत्सवाच्या काळात भाविकांची ही संख्या १०० ते १२५ पर्यंत जात असे. यावरून हे मंदिर त्या काळी फारसे प्रसिद्ध नव्हते हे स्पष्ट होते. गोविंद नारायण माडगांवकर यांच्या ‘मुंबईचें वर्णन’ (१८६३), सन १९०० मधील जे. गेर्सन दा कुन्हा यांच्या ‘द ओरिजिन ऑफ बॉम्बे’ आणि लेडी फॉकलंड यांनी १८५७ मध्ये प्रसिद्ध केलेले ‘चाव चाव : बीईंग सिलेक्शन्स FROM ए जर्नल केप्ट इन इंडिया, इजिप्त अँड सीरिया’ या पुस्तकांमध्ये तत्कालीन मुंबईतील महत्त्वाच्या मंदिरांचे उल्लेख आढळतात. परंतु या ग्रंथांमध्ये सिद्धिविनायक मंदिराची कोणतीही नोंद आढळत नाही. तसेच सन १९८१ मध्ये मुंबई महापालिकेतर्फे प्रसिद्ध करण्यात आलेल्या ‘बॉम्बे : ए फोटोरॅमा’ या पुस्तकात सन १६६१ ते १९३१ या काळातील मुंबई शहराची छायाचित्रे दिली आहेत. 
या पुस्तकातही मंदिराचे कोणतेही छायाचित्र नाही. या मंदिराला विसाव्या शतकाच्या उत्तरार्धात खऱ्या अर्थाने लोकप्रियता प्राप्त झाली. भारतात प्रजासत्ताक पद्धती लागू झाल्यानंतर म्हणजेच सन १९५२ नंतर येथे भाविकांची गर्दी हळूहळू वाढू लागली.
स्वामी समर्थ संप्रदायातील परंपरेनुसार या मंदिराला वैभव प्राप्त होण्याबाबत एक आख्यायिका सांगितली जाते. या संप्रदायात रामकृष्ण महाराज जांभेकर नावाचे एक सत्पुरुष होऊन गेले. त्यांचा जन्म सन १८९८ मध्ये गिरगाव येथील गोरेगावकर बिल्डिंगमध्ये राहणारे त्यांचे मामा श्रीराम बोरवणकर यांच्या घरी झाला. त्यांचे मामा एका कापड गिरणीत कामाला होते आणि सेवानिवृत्तीनंतर ते सुरत येथे स्थायिक झाले. पुढे सुरत येथे रामकृष्ण महाराज यांना पोस्टमन म्हणून नोकरी मिळाली आणि तेथेच त्यांचा विवाह झाला. रामकृष्ण महाराज लहानपणापासून गायत्री मंत्राचे उपासक आणि धार्मिक प्रवृत्तीचे होते. सुरत येथे त्यांना एका मुस्लिम अवलियाने अनुग्रह दिला.
या अवलियाकडून त्यांना काही सिद्धी प्राप्त झाल्या होत्या. या काळात मुंबईत आलेल्या जांभेकर महाराजांची स्वामी समर्थांशी भेट झाली. सन १९३० च्या सुमारास ते सुरत सोडून प्रभादेवी येथे राहण्यास आले. या भागात त्यांचे सुमारे एक दशक वास्तव्य होते. ते कधीकधी स्त्रीवेश धारण करत, रमजानचे रोजे पाळत तर नवरात्रात देवीमातेसमोर घागरी फुंकत असत. आपल्या सिद्धीच्या जोरावर ते भक्तांच्या समस्या दूर करत असल्यामुळे ते सर्वदूर प्रसिद्ध झाले. १० जानेवारी १९४० रोजी त्यांचे देहावसान झाले आणि दादर चौपाटीजवळ त्यांचा मठ स्थापन करण्यात आला. स्वामी समर्थांचे महानिर्वाण सन १८७८ मध्ये झाले असले तरी रामकृष्ण महाराज त्यांच्याशी आध्यात्मिक संवाद साधत असत असा त्यांच्या भक्तांचा दावा आहे. अशाच एका संवादादरम्यान स्वामींनी त्यांना विचारले, “तुला काय हवे?” त्यावर रामकृष्ण महाराज म्हणाले, “मला स्वतःसाठी काही नको, परंतु माझ्या सिद्धिविनायकाला वैभव द्या.” तेव्हा स्वामींनी सांगितले, “त्या मंदिराच्या आवारात मंदार वृक्षाचे रोपटे लाव. तो वृक्ष जसजसा वाढत जाईल, तसतसे सिद्धिविनायकाचे वैभव वाढत जाईल.” या श्रद्धेनुसार स्वामी समर्थांच्या कृपेमुळे सिद्धिविनायक मंदिराला मोठे वैभव प्राप्त झाले. जांभेकर महाराजांच्या शिफारशीवरून सन १९३६ पासून या मंदिरातील पूजाअर्चा आणि इतर व्यवस्था पुरोहित गोविंद चिंतामण फाटक यांच्याकडे सोपवण्यात आली होती. मराठी विश्वकोशातील नोंदीनुसार, ३१ डिसेंबर १९७३ रोजी वयोमानपरत्वे त्यांनी या सेवेतून निवृत्ती घेतली.
सन १९७१ चे बांगलादेश स्वातंत्र्ययुद्ध आणि सन १९७२ चा दुष्काळ यामुळे देशाच्या अर्थव्यवस्थेवर मोठा ताण पडला. या काळात महागाई व बेरोजगारी वाढली, तरीही मंदिरात येत असलेल्या भाविकांची संख्या झपाट्याने वाढत गेली. संकष्टी चतुर्थी, गणेश चतुर्थी आणि अंगारकी चतुर्थी या विशेष दिवशी मंदिराला भेट देणाऱ्यांची संख्या दीड ते दोन लाखांपर्यंत पोहोचली. त्यामुळे मंदिर परिसरातील गल्ल्यांमध्ये भाविकांच्या लांबच लांब रांगा लागू लागल्या. त्याच वेळी मंदिराच्या मूळ मालकाने मंदिराच्या भूखंडाचे तुकडे करून ते वेगवेगळ्या घटकांना भाड्याने दिले होते. यामुळे जुन्या मंदिराभोवतीची जागा कमी झाली आणि गर्दीचे नियोजन करण्यात तसेच भाविकांना सोयी-सुविधा देण्यात अडचणी येऊ लागल्या. अखेर ५ जुलै १९८० च्या न्यायालयीन निर्णयाद्वारे मंदिराचे अभिरक्षक विश्वस्त म्हणून ‘महाराष्ट्र एक्झिक्युटर अँड ट्रस्टी कंपनी लिमिटेड’ या कंपनीची नियुक्ती करण्यात आली. या निर्णयाविरोधात काही घटक न्यायालयात गेले. सततच्या न्यायालयीन वादांमुळे अखेर राज्य सरकारने या विश्वस्त व्यवस्थेची पुनर्रचना केली. सरकारने या संदर्भात स्वतंत्र कायदा करून ही विश्वस्त व्यवस्था थेट शासकीय देखरेखीखाली आणली. सध्या या मंदिराचा कारभार ‘श्री सिद्धिविनायक गणपती मंदिर विश्वस्त व्यवस्थापन समिती’ तर्फे पाहिला जातो. या ट्रस्टच्या स्थापनेनंतर मंदिराचे नूतनीकरण करण्याचा आणि मंदिर परिसर अधिक प्रशस्त करण्याचा निर्णय घेण्यात आला. याकरिता अत्यंत अनुभवी वास्तुविशारद, अभियंता आणि पायाभरणी तज्ज्ञांची मदत घेण्यात आली.
मुंबईतील वालुकेश्वर देवस्थानची स्थापना करणाऱ्या शिलाहार राजा छित्तरानेच अंबरनाथमधील सुप्रसिद्ध शिवमंदिर बांधले होते. ते ऐतिहासिक शिवमंदिर आजही उत्तम स्थितीत उभे आहे. सिद्धिविनायकाचे नवीन मंदिर बांधताना अंबरनाथच्या त्या शिवमंदिराची वास्तुरचना आदर्श म्हणून समोर ठेवली होती. या नवीन आराखड्याला अरुण डहाणूकर, शशी मेहता, बाबुराव शेटे आणि शशी प्रभू यांच्या प्रकल्प समितीने मान्यता दिली. यानंतर ७ एप्रिल १९९० रोजी अक्षय्य तृतीयेच्या शुभ मुहूर्तावर तत्कालीन मुख्यमंत्री शरद पवार यांच्या हस्ते मंदिराच्या प्रस्तावित वास्तूचे भूमिपूजन करण्यात आले. सन १९९४ मध्ये मंदिराचे बांधकाम पूर्ण झाले. या नवीन वास्तूच्या कळस प्रतिष्ठापनेचा सोहळा अतिशय भव्य प्रमाणात साजरा करण्यात आला. वैशाख वद्य एकादशी शके १९१६, शनिवार, ४ जून १९९४ रोजी मुख्यमंत्री शरद पवार यांच्या हस्ते या सोहळ्याचा शुभारंभ झाला. ज्येष्ठ शुद्ध चतुर्थी शके १९१६, सोमवार, १३ जून १९९४ रोजी शारदापीठ शृंगेरीचे शंकराचार्य भारतीतीर्थ स्वामी यांच्या हस्ते मंदिराचा कलश प्रतिष्ठापना सोहळा संपन्न झाला. मंदिराच्या अधिकृत संकेतस्थळावरील माहितीनुसार, सुमारे तीन कोटी रुपये खर्च करून या वास्तूचे बांधकाम पूर्ण करण्यात आले.
प्रामुख्याने संगमरवर आणि गुलाबी ग्रॅनाईट पाषाणाचा वापर करून नूतन मंदिराची बहुकोनीय, पाच मजली वास्तू साकारण्यात आली आहे. मंदिरात येण्यासाठी लांबलचक अशी दर्शनरांग तयार करण्यात आली आहे. मंदिराची सुरक्षा लक्षात घेऊन येथे विमानतळाप्रमाणे चोख सुरक्षा व्यवस्था ठेवण्यात आली आहे. या वास्तूच्या पहिल्या मजल्यावर श्रींचे मुख्य स्थान आहे. मंदिराचा सभामंडप प्रशस्त आणि उंच आहे. सभामंडपाच्या एका भागात भाविकांना बसण्यासाठी आणि ध्यान करण्यासाठी पायऱ्यांचे व्यासपीठ तयार केले आहे. येथून गणेशाच्या मूर्तीचे दर्शन घेता येते. सभामंडपात चांदीच्या दोन मूषकमूर्ती आहेत. हे मूषक सिद्धिविनायकाचे दूत मानले जातात. त्यामुळे येथे येथे येणारे अनेक भाविक या मूषकांच्या कानात आपल्या इच्छा व्यक्त करतात. येथे मारूतीची पाषाणात कोरलेली प्राचीन मूर्तीही आहे. ही मूर्ती एल्फिन्स्टन मार्गावरील दुरुस्तीकामाच्या वेळी सापडली होती. सन १९५२ मध्ये तत्कालीन पुजारी गोविंद फाटक यांनी येथे छोटी देवळी उभारून त्यात या मूर्तीची प्रतिष्ठापना केली.
सभामंडपाला एक पोटमजला म्हणजेच मॅझेनिन फ्लोअर आहे. या ठिकाणी दर्शन गॅलरी तसेच गणेश याग आणि सत्यनारायण पूजेसाठी स्वतंत्र जागा उपलब्ध आहे. येथे एका वेळी ३० व्यक्ती पूजेसाठी बसू शकतात. मंदिराचे गर्भगृह प्रशस्त आणि अष्टकोनी आकाराचे आहे. गर्भगृहाभोवती २१ नक्षीदार खांब आहेत. गर्भगृहाला पूर्व, ईशान्य आणि उत्तर या दिशांना सुमारे १३ फूट उंचीची भव्य प्रवेशद्वारे आहेत. या प्रवेशद्वारांच्या मोठ्या उंचीमुळे मुख्य सभागृहातून तसेच पोटमजल्यावरून एकाच वेळी सुमारे ३०० हून अधिक भाविकांना श्रींचे दर्शन घडते. येथून लाकडी दरवाजांवर कोरीव नक्षीकाम केलेला सुवर्ण पत्रा जडवला आहे. या दरवाजांवर गणेशाच्या विविध मुद्रा, नवदुर्गा, नवग्रह यांची शिल्पे कोरलेली आहेत. या सुवर्णजडित व घुमटाकार वितान असलेल्या गर्भगृहामध्ये उंच वेदीवर सोनेरी मखरामध्ये सिद्धिविनायकाची मूर्ती विराजमान आहे. येथे गणेशाची मूर्ती ईशान्याभिमुख आहे. ‘महागणपती सहस्त्रनामा’ मध्ये गणेशाचे एक नाव ‘ईशान’ असे दिले आहे, हे या संदर्भात लक्षणीय आहे. येथील सिद्धिविनायकाची मूर्ती काळ्या पाषाणाची आहे. या मूर्तीला शेंदूरचर्चन करण्यात आले आहे. ही मूर्तीशिला २ फूट ६ इंच उंच आणि २ फूट रुंद आहे. मूर्तीची सोंड उजवीकडे वळलेली आहे. ज्योतिष तज्ज्ञ दा. कृ. सोमण यांच्या मते, उजव्या सोंडेचा गणपती हा कडक असतो व त्याला अधिक सोवळे लागते हा केवळ गैरसमज आहे. गणपती कधीही ‘कडक’ नसतो, तर तो नेहमी क्षमाशील असतो. गाणपत्य संप्रदायात डाव्या सोंडेचा गणपती हा चंद्रनाडीचा म्हणजेच शीतल गुणांचा मानला जातो, तर उजव्या सोंडेचा गणपती बुद्धी व पराक्रमाची देवता म्हणून पूजला जातो. उजव्या सोंडेच्या गणपतीच्या स्वरुपाला सिद्धपीठ असेही म्हटले जाते. त्यामुळेच गणेशाच्या या रूपातील मंदिरांना ‘सिद्धिविनायक मंदिर’ असे म्हणतात. येथील सिद्धिविनायक पद्मासनात बसलेल्या स्थितीत आहे. श्रींच्या चतुर्भूज मूर्तीच्या वरच्या उजव्या हातात कमलपुष्प, तर डाव्या हातात परशू आहे. खालच्या उजव्या हातात जपमाळ आणि डाव्या हातात गणेशास अतिप्रिय असलेल्या मोदकांचे पात्र आहे. गळ्यामध्ये नागासारखे यज्ञोपवित आहे. मूर्तीच्या दंडात, मनगटांत, तसेच पायांमध्ये अलंकार आहेत. मस्तकी फेट्यासारख्या आकाराचा सोनेरी मुकूट आहे. या मूर्तीचे वैशिष्ट्य म्हणजे तिच्या भाळावर शंकराप्रमाणेच तिसरे नेत्र आहे. मूर्तीच्या चरणांजवळ छोटीशी मूषकमूर्ती कोरलेली आहे. मूर्तीच्या दोन्ही बाजूंना वस्त्रालंकारांनी शृंगारलेल्या रिद्धी आणि सिद्धीच्या मूर्ती आहेत. त्यांच्या एका हातात चवरी, तर दुसऱ्या हातात पात्र आहे. मखरात सिद्धिविनायक मूर्तीच्या डाव्या बाजूस शंकराची पिंड आहे, तर उजवीकडे गणेशाची चांदीची मूर्ती आहे. सिद्धिविनायक मूर्तीच्या वरच्या बाजूस शंकर-पार्वतीचे मोठे उठावशिल्प आहे.
या मंदिराच्या दुसऱ्या मजल्यावर श्रींच्या महानैवेद्यासाठीचे स्वयंपाकघर व पुरोहितांसाठी विश्रांतीगृह आहे. येथून मुख्य गर्भगृहात लिफ्टद्वारे म्हणजेच उद्वाहनाद्वारे नैवेद्य नेला जातो. या मजल्यावर पर्यवेक्षक आणि सहायक पर्यवेक्षक यांची प्रशासकीय कार्यालयेही आहेत. मंदिराची सुरक्षा आणि निगराणी येथून पाहिली जाते. तिसऱ्या मजल्यावर न्यासाचे अध्यक्ष, कोषाध्यक्ष, विश्वस्त यांची दालने आहेत. तसेच येथे अभ्यागत कक्ष, समितीचे सभागृह आणि दूरध्वनी कक्ष उभारण्यात आला आहे. चौथ्या मजल्यावर आधुनिक सोयीसुविधांनी सुसज्ज असे कार्यकारी अधिकारी कक्ष, प्रशासन विभाग, लेखा विभाग, रोख मोजणी दालन आणि दागदागिने मूल्यांकन विभाग आहेत. या मजल्यावर उप कार्यकारी अधिकारी वित्त -लेखा अधिकारी यांची दालने आहेत, तर पाचव्या मजल्यावर महाप्रसाद विभाग आहे.
मंदिराच्या सर्वोच्च भागात अत्यंत आकर्षक असा शिखर समूह साकारण्यात आला आहे. हिंदू मंदिर स्थापत्यशास्त्रानुसार मंदिरातील मुख्य मूर्ती आणि मंदिराचे शिखर एकाच रेषेत असणे आवश्यक असते. त्याच नियमांनुसार येथील शिखर बांधण्यात आले आहे. या शिखराचे केंद्र म्हणजेच वरील कलश आणि मुख्य मूर्तीच्या मस्तकावरील मुकुटाचे टोक एकाच सरळ रेषेत आहेत. शिखराच्या केंद्रातून एखादा प्रकाशकिरण सोडल्यास तो थेट श्रींच्या मूर्तीच्या मुकुटावर पडेल, अशी त्याची अचूक तांत्रिक रचना आहे. या आठ मीटर उंचीच्या शिखरामध्ये आठ अष्टकोनी स्तर आहेत. सन १३ जून १९९४ रोजी मंदिराची नवीन वास्तू पूर्ण झाली. त्या वेळी जुन्या मंदिराचा कळस सन्मानपूर्वक उतरवून तेथे नवीन कळस चढवण्यात आला. हा नवीन कळस १५०० किलो वजनाचा आहे. हा कळस पूर्णपणे सुवर्णवेष्टित करण्यात आला आहे.
या मंदिरात दर मंगळवारी, तसेच संकष्टी आणि अंगारकी चतुर्थीच्या दिवशी किमान दीड ते दोन लाख भाविक दर्शनास येतात. अंगारकी चतुर्थीच्या दिवशी सामूहिक दर्शन पहाटे २ वाजता सुरू होते आणि दुसऱ्या दिवशी मध्यरात्री १ वाजता थांबते. मंगळवारी सर्व पूजा आणि अभिषेक इत्यादी विधी पार पडल्यानंतर दुपारी १ वाजता पोटमजला भाविकांसाठी खुला केला जातो. हिंदू धर्मात पुजनीय देवतांमध्ये गणेश ही एकमेव अशी देवता आहे जिचे भाद्रपद चतुर्थी आणि माघी विनायकी चतुर्थी हे दोन जन्मदिन साजरे केले जातात. हे दोन्ही उत्सव येथे अत्यंत शिस्तीत आणि दर्शनार्थींच्या प्रचंड गर्दीत साजरे केले जातात. माघ महिन्यातील विनायकी चतुर्थीच्या ६ दिवस आधी येथे सिद्धिविनायकाच्या आणि हनुमानाच्या मूर्तींना शेंदूरलेपन केले जाते. या शेंदूरलेपन विधीच्या काळात मुख्य गर्भगृह भक्तांसाठी बंद राहतो. त्या काळात सिद्धिविनायकाची चांदीची मूर्ती विशेष प्राणप्रतिष्ठा विधी करून भक्तांच्या दर्शनासाठी बाहेर ठेवली जाते. माघ प्रतिपदेपासून ते रथसप्तमीपर्यंत सात दिवस येथे पहाटेपासून मध्यरात्रीपर्यंत विविध धार्मिक व सांस्कृतिक कार्यक्रमांचे आयोजन केले जाते. दुपारी १२.४० च्या सुमारास पाळणा विधीने गणेशाचा जन्मोत्सव साजरा होतो. त्यानंतर दुपारी दुग्धाभिषेक आणि आरतीसह महापूजा केली जाते. दुपारी ४ च्या सुमारास सिद्धिविनायकाच्या चांदीच्या मूर्तीची भव्य पालखी प्रभादेवी परिसरातून काढली जाते. भाद्रपदातील गणेशोत्सवात येथे सभामंडपात पार्थिव मूर्तीची प्रतिष्ठापना केली जाते. अनंत चतुर्दशीपर्यंत येथे होमहवन, ब्रह्मणस्पती सूक्त पठण यांसारखे विविध धार्मिक तसेच सांस्कृतिक कार्यक्रम आयोजित केले जातात. उत्सवाच्या दहाव्या दिवशी पार्थिव मूर्तीचे मिरवणुकीने सागरात विसर्जन केले जाते. या मंदिरात रामनवमी, हनुमान जयंती आणि गोकुळाष्टमी हे सण देखील साजरे केले जातात. ‘महागणपती सहस्त्रनामा’ मध्ये ६१२ क्रमांकावर गणेशाचे ‘लाडूप्रियाय’ असे एक नाव दिलेले आहे. यामुळे मंदिर ट्रस्टतर्फे भाविकांना शुद्ध तुपातील लाडू आणि नारळवडीचा महाप्रसाद दिला जातो. या मंदिरास भाविकांकडून दरवर्षी कोट्यवधी रुपयांचे दान मिळते. या निधीतून मंदिराद्वारे अनेक समाजोपयोगी कामे केली जातात. तसेच अनेक गरजू व्यक्तींना आणि गरीब विद्यार्थ्यांना आर्थिक मदत केली जाते. राज्यातील नैसर्गिक आपत्तींच्या वेळी सिद्धिविनायक मंदिर प्रशासनाने मोठी मदत केल्याची अनेक उदाहरणे आहेत. मंदिरातर्फे स्वतंत्र ग्रंथालय आणि अभ्यासिका देखील चालवली जाते. सुरक्षेच्या कारणास्तव या मंदिरात चित्रीकरण आणि छायाचित्रे काढण्यास पूर्णपणे मनाई आहे.
