बाराव्या शतकानंतर हिंदू धर्मात बदलांचे वारे वाहू लागले. संत ज्ञानेश्वरांनी स्थापन केलेला वारकरी संप्रदाय, बसवप्पा यांचा लिंगायत समाज, महानुभाव पंथ, मच्छिंद्रनाथांनी स्थापन केलेला नाथ संप्रदाय, गिरी, पुरी, गोसावी असे अनेक पंथ व संप्रदायांचा उदय झाला. हीच परंपरा पुढे सुरू राहिली व विसाव्या शतकाच्या पूर्वार्धात नगर जिल्ह्यातील शिर्डीच्या साईबाबाने जाती व धर्माच्या पलीकडे जाऊन माणसाला माणूस म्हणून जगण्याचा मंत्र दिला. आज देशात साईबाबांची शेकडो मंदिरे आहेत. त्यापैकीच एक महत्त्वाचे व प्रसिद्ध मंदिर म्हापसा शहरात आहे. येथे साईबाबांचे दर्शन घेतल्यास आत्मिक ऊर्जा मिळते, अशी भाविकांची श्रद्धा आहे.
या मंदिराच्या उभारणीचा इतिहास रंजक आहे. या टेकडीवर नियमित फिरायला जाणाऱ्या काही भाविकांना येथे साईबाबांचा वास असल्याचा दृष्टांत होऊ लागला होता. त्यानंतर टेकडीवरील एका पाषाणात साईबाबांचे रूप दिसू लागले तेव्हा काही भाविकांनी साईबाबांची पूजा सुरू केली. या पाषाणाच्या भोवती छोटेखानी कच्चे मंदिर उभारण्यात आले. १९८८ साली याच जागेवर पक्के मंदिर बांधण्यात आले व मंदिरात साईबाबांची तसबीर स्थापित करण्यात आली. २१ एप्रिल १९९२ साली गगनबावडा येथील गगनगिरी महाराज यांच्या हस्ते नव्या मंदिराची कोनशिला उभारून भव्य मंदिर उभारण्याचा संकल्प करण्यात आला व २००२ पर्यंत मंदिराचे काम पूर्ण करण्यात आले. एप्रिल २००३ मध्ये मंदिरात राजस्थानी मकराना दगडातून घडवलेल्या साईबाबांच्या भव्य मूर्तीची प्राण प्रतिष्ठापना करण्यात आली. आज प्रतिशिर्डी म्हणून हे मंदिर संपूर्ण गोव्यात प्रसिद्ध आहे. 
गोव्यातील ज्या भाविकांना शिर्डीला जाणे शक्य होत नाही ते या मंदिरात येऊन साईबाबांच्या चरणी नतमस्तक होतात.
साईबाबांचा जन्म कुठे झाला किंवा त्याचे मातापिता कोण होते याबद्दलची माहिती उपलब्ध नाही. भक्तांच्या उद्धारासाठी ते शिर्डीत प्रकट झाले व शिर्डीतील एका पडक्या मशिदीत ते राहत असत. आपल्या आयुष्यात त्यांनी अनेक चमत्कार केले. आजारी माणसांचे आजार दूर केले. संकटात सापडलेल्या जीवांना संकट मुक्त केले. त्यांनी जातीभेदाविरुद्ध कार्य करून मानवतेला महत्व दिले. xत्यामुळे दिवसेंदिवस त्यांचे अनुयायी वाढत गेले. १५ ऑक्टोबर १९१८ रोजी त्यांनी शिर्डीत समाधी घेतली. त्याचे समाधी मंदिर लाखो भक्तांचे श्रद्धास्थान आहे.
म्हापसा शहरातील हे मंदिर बस स्थानकापासून दोन किलोमीटर अंतरावर एका उंच टेकडीवर आहे. टेकडीच्या पायथ्यापासून मंदिरापर्यंत येण्यासाठी सुमारे दीडशे पायऱ्या आहेत. सुमारे पंधरा फूट रुंद पायरीमार्गाच्या दोन्ही बाजूला सुरक्षा कठडे आहेत. थेट मंदिरापर्यंत जाण्यासाठी पक्का रस्ताही आहे. टेकडीच्या पायथ्याशी व टेकडीवर वाहनतळ आहेत. मंदिराभोवती तटबंदी असून या तटबंदीत दोन प्रवेशद्वारे आहेत.
दुमजली मंदिराच्या तळमजल्यावर मंगल कार्यालय आहे. वरील मजल्यावर मुखमंडप, सभामंडप व गर्भगृह अशी मंदिराची रचना आहे. येथील मुखमंडपातून म्हापसा शहराचे विहंगम दृश्य दिसते. सभामंडपाच्या प्रवेशद्वाराच्या दोन्ही बाजूला नक्षीदार स्तंभ आहेत. बंदिस्त स्वरुपाचा हा सभामंडप प्रशस्त आहे. प्रकाश व हवा येण्यासाठी त्यात वातायने आहेत. सभामंडपात गर्भगृहाच्या प्रवेशद्वारासमोर चौथऱ्यावर नंदीची मूर्ती आहे. गर्भगृहाच्या द्वारशाखांवर उभ्या धारेची नक्षी आहे. प्रवेशद्वाराच्या मेजावर पद्मपादुका आहेत. उत्सवाच्या वेळी भाविकांना येथूनच दर्शन दिले जाते.
गर्भगृहात वज्रपिठावर साईबाबांची सिंहासनारूढ साईआसनात बसलेली पूर्णाकृती मूर्ती आहे. मूर्तीच्या डोक्यावर चांदीचा मुकूट व मागे चांदीची नक्षीदार प्रभावळ आहे. मूर्ती नक्षीदार मखरात विराजमान आहे. 
गर्भगृहात डाव्या व उजव्या बाजूला आणखी दोन दरवाजे आहेत. मुखमंडपाच्या छतावर घुमटाकार शिखर आहे. गर्भगृहाच्या छतावर चारही कोनांवर चार मेघडंबरी आहेत. मेघडंबरीच्या छतावर चौकोनी घुमटाकार शिखर व त्यावर कळस आहेत. गर्भगृहाच्या छतावर मध्यभागी गोलाकार वर निमुळते होत गेलेले शिखर आहे. शिखराच्या शीर्षभागी आमलक व आमलकावर कळस आहे. साईबाबा मंदिराच्या बाजूला गणपती मंदिर आहे. मंदिरासमोर प्रांगणात अखंड धुनी आहे. सभामंडप व गर्भगृह अशी गणपती मंदिराची रचना आहे. गर्भगृहात वज्रपीठावर गणेशाची मूर्ती व दोन्ही बाजूला साईबाबांच्या प्रतिमा आहेत. या मंदिराच्या बाजूला महादेवाचे मंदिर आहे.
दररोज सकाळी ७ ते दुपारी १ व सायंकाळी ३ वाजल्यापासून रात्री ९ वाजेपर्यंत भाविकांना या मंदिरात दर्शन घेता येते. शुक्रवार ते सोमवारी सायंकाळी ६.३० वाजता येथे आरती होते. गुरुवारच्या आरतीची वेळ सायंकाळी ७.३० अशी आहे. याशिवाय उत्सवकाळात सकाळी ५.१५ वाजता काकडआरती, दुपारी १२.३० वाजता मध्यान्हआरती, सायंकाळी ७.३० वाजता धुपारती व रात्री १० वाजता शेजारती होते. चैत्र शुद्ध अष्टमी हा मंदिराचा वर्धापन दिन येथे मोठ्या उत्साहाने साजरा केला जातो. दुसऱ्या दिवशी रामनवमीचा उत्सव देखील तितक्याच उत्साहात साजरा होतो. या सोबतच आषाढ पौर्णिमा अर्थात गुरु पौर्णिमा आणि दसरा या सणांच्या दिवशी साईबाबांची पालखी मिरवणूक काढण्यात येते. ढोल ताशांच्या गजरात गुलाल उधळीत संपूर्ण म्हापसा शहरातून पालखी मिरवणूक निघते. मंदिरात वर्षभरातील इतर सर्व सण व उत्सव साजरे केले जातात. सर्व उत्सवांच्या वेळी हजारो भाविक देवाच्या दर्शनासाठी व नवस फेडण्यासाठी मंदिरात येतात. दर गुरुवारी मंदिरात दर्शनाला येणाऱ्या भाविकांची गर्दी असते. दर गुरुवारी दुपारी महाप्रसादाचे वाटप केले जाते.
