‘श्रीस्थानक’ या नावाने ओळखले जाणारे ठाणे हे प्राचीन शहर एके काळी मंदिरांची नगरी होती. मात्र पोर्तुगीज आक्रमकांनी त्यांच्या सत्ताकाळात येथील अनेक मंदिरे उद्‌ध्वस्त केली. धार्मिक अतिरेकी असलेल्या या पोर्तुगिजांचे पारिपत्य श्रीमंत चिमाजी अप्पा यांच्या नेतृत्त्वाखालील मराठी सैन्याने केले. त्यानंतर येथे अनेक मंदिरे उभी राहिली. ठाण्याचे ग्रामदैवत असलेल्या कौपिनेश्वर मंदिराचा जीर्णोद्धार झाला. पेशव्यांच्या सत्ताकाळात येथे नव्याने उभे राहिलेले एक मंदिर म्हणजे कौपिनेश्वर मंदिराजवळील विठ्ठल मंदिर होय.
हे मंदिर ठाण्याचे तत्कालीन उपाध्ये असलेल्या पंडित कुटुंबीयांच्या मालकीचे आहे. ऐतिहासिक माहितीनुसार, पोर्तुगिजांच्या धर्मछळाला कंटाळून ठाण्यातील अनेकांनी स्थलांतर केले होते. त्यात ठाण्याचे तत्कालिन उपाध्ये असलेल्या पंडित कुटुंबाचाही समावेश होता. पोर्तुगिजांच्या या क्रूर सत्तेविरोधात श्रीमंत चिमाजी अप्पा यांच्या नेतृत्त्वाखाली वसईची मोहिम
काढण्यात आली. इ.स. १७३९ मध्ये पेशव्यांच्या फौजेने वसई, कल्याण, ठाणे आदी परिसर काबीज करून पोर्तुगिजांना तेथून हुसकावून दिले. तेव्हा बाहेर गेलेल्या अनेक लोकांप्रमाणेच पंडित कुटुंबियही येथे परतले. त्यावेळी, म्हणजे १७४० ते १७५१ या काळात पेशवे कुटुंबाशी निकटचा ऋणानुबंध असलेले मुत्सद्दी वासुदेव जोशी (मुरुडकर) हे कल्याणचे सुभेदार होते. ठाणे हा कल्याण सुभ्याचाच भाग होता. त्यांच्या काळात, इ.स. १७४८ मध्ये पंडित कुटुंबास त्यांचे उपाध्येपद बहाल करण्यात आले.
येथील तलाव पाळीजवळ या कुटुंबियांच्या मालकीची जागा होती. तेथे विठ्ठल मंदिर उभारावे, अशी या कुटुंबियांची इच्छा होती. त्यासाठी ते सातत्याने प्रयत्नशील होते. अखेर मुंबईत राहणाऱ्या त्यांच्या एका यजमानाच्या साह्याने १८१८ साली ठाण्यातील हे पहिले विठ्ठल मंदिर उभे राहिले. तेव्हा मुख्य उपाध्ये असलेल्या विश्वनाथ विनायक पंडित यांनी या मंदिरातील मूर्तींच्या प्राणप्रतिष्ठापनेसाठी त्रंबकेश्वर आणि वाई येथून ब्रम्हवृंदाला पाचारण केले होते. मंत्रांच्या उद्‌घोषात विठ्ठल आणि रखुमाईची येथे विधिवत स्थापना झाली. विठ्ठल रखुमाईच्या मूर्तीसोबतच मंदिरात रामेश्वर लिंग आणि गणपतीची मूर्तीदेखील विराजमान झाली. कालांतराने झालेल्या जीर्णोद्धारातून सध्याची मंदिर वास्तू उभी राहिलेली आहे.
जाभळी नाक्यापासून ठाणे स्थानकाच्या दिशेने जाणाऱ्या रस्त्यावर कौपिनेश्वर मंदिराच्या अगदी जवळच हे २५० वर्षांचा इतिहास असलेले मंदिर उभे आहे. दुकानांच्या गर्दीत या मंदिराचा नामफलक असलेले प्रवेशद्वार दिसते. आत प्रशस्त मंदिर असेल असे बाहेरून जाणवत नाही, पण आत प्रवेश करताच या वास्तुचा विस्तार स्तिमित करतो. एका दुमजली इमारतीच्या तळमजल्यावर हे मंदिर आहे. मुख्य चिंचोळ्या दरवाजातून आत येताच मंदिराच्या सभामंडपाचा दरवाजा दिसतो. त्याच्या समोर उभे राहताच विठ्ठल–रखुमाईच्या प्रसन्न मूर्ती नजरेस पडतात. मंदिराच्या प्रवेशद्वारातूनच भक्तांना विठ्ठल रखुमाईचे दर्शन घडावे, ही कल्पना मूळ मंदिराच्या रचनेतही होती. जीर्णोद्धातही ती जपण्यात 
आली आहे.
सभामंडप आणि खुले गर्भगृह अशी या मंदिराची संरचना आहे. सभामंडपात छोटी कूर्ममूर्ती आहे. समोर दिसणाऱ्या गर्भगृहाच्या शेजारी गरुड आणि मारुतीच्या मूर्ती आहेत. डाव्या बाजूस रामेश्वर लिंग आहे. या शिवपिंडीवर रामेश्वराचा चांदीचा मुखवटा आहे. त्यामागे पार्वतीची प्रतिमा आहे. समोर नंदी विराजमान आहे. गर्भगृहाच्या उजव्या बाजूस सप्तश्रृंगी देवी आणि गणपतीची मूर्ती आहे. येथील सप्तश्रृंगीची मूर्ती वणीच्या मूळ मूर्तीची प्रतिकृती आहे. देवीच्या समोर सिंहमूर्ती आहे. मंदिराच्या खुल्या गर्भगृहात मध्यभागी विठ्ठल–रखुमाईच्या मूर्ती आहेत. पारंपरिक वस्त्रात नटलेल्या विठ्ठल–रखुमाईच्या या मूर्तींना आषाढी, तसेच कार्तिकी एकादशी व अन्य सणउत्सवांनुसार वेगवेगळ्या प्रकारे सजवले जाते.
मंदिराच्या वरच्या मजल्यावर दर्शनमंडप आहे. कीर्तन सुरु असताना महिलाना ते ऐकण्यासाठी ही दर्शनमंडपाची व्यवस्था करण्यात आली असल्याचे सांगण्यात येते. मंदिरासोबतच या वरच्या मजल्याचेही नूतनीकरण झाले आहे. १९०१ मध्ये स्थापन करण्यात आलेल्या ‘विश्वनाथ विनायक ट्रस्ट’च्या माध्यमातून या मंदिराची देखभाल केली जाते. मंदिरात अखंड हरिनाम सप्ताह, गीता सप्ताह, भागवत सप्ताह अशा विविध कार्यक्रमांचे आयोजन केले जाते. येथे एक विशेष महिला कीर्तन सप्ताहही होतो. कोरोना काळात या मंदिराच्या माध्यमातून गरजवंतांसाठी भोजनसेवा सुरु करण्यात आली होती. ती अद्यापही सुरु आहे.
मंदिराची दर्शन वेळ सकाळ साडेसहापासून सुरू होते. दुपारी साडेबारा ते चार हा अवकाश वगळता रात्री नऊ वाजेपर्यंत दर्शन घेता येते. मंदिरात संत नामदेव महाराज, संत सावता महाराज, संत सेना महाराज पुण्यतिथी तसेच संत ज्ञानेश्वर महाराज जन्मोत्सव तसेच संजीवन समाधी सोहळा, संत तुकाराम बीज, कृष्णजन्माष्टमी असे अनेक उपक्रम आयोजित केले जातात.
