इंग्रज, पोर्तुगीज, डच आणि सिद्दी या आक्रमक सत्तांच्या आरमारी ताकदीला शह देण्यासाठी छत्रपती शिवाजी महाराजांनी जलदुर्ग आणि आरमार उभारले. सभासदाची बखर सांगते की ‘पाणियांतील म्हणजे केवळ जंजिरे असें करून गड जाहाजें मेळवून दर्यास पालाण राजियांनीं घातलें.’ सागरास पालाण घालण्याचे हे कार्य हिंदुस्थानच्या इतिहासास ललामभूत असेच होते. महाराजांनी उभारलेल्या जलदुर्गांतील एक अभेद्य असा किल्ला म्हणजे सिंधुदुर्ग. स्वतः छत्रपती शिवरायांचे पावन हस्त ज्या किल्ल्याच्या कामास लागले, त्या या सिंधुदुर्गावर शिवरायांचे महाराष्ट्रातील पहिले मंदिर स्थित आहे.
सिंधुदुर्ग किल्ल्याची ऐतिहासिक कथा अशी आहे की कुडाळ हस्तगत केल्यानंतर नोव्हेंबर १६६४ मध्ये शिवाजीराजे मालवणला आले. त्यावेळी सिद्दीच्या जंजिऱ्यासारखा अजिंक्य जंजिरा म्हणजे समुद्री किल्ला बांधावा असे शिवरायांच्या मनी होते. याविषयी ‘श्री छत्रपतींचे सप्तप्रकरणात्मक चरित्र’ या मल्हार रामराव चिटणीस विरचित बखरीमध्ये अशी आख्यायिका देण्यात आली आहे की ‘ते समयीं जंजिरेयासारखी जागा आपणांस असावी म्हणून बहूत चिंता करून श्रीस प्रार्थना केली असता दृष्टांत जाला कीं, जंजिरा या कालीं साध्य नाहीं. सातशें वर्षांचा मुहूर्त दिल्हा आहे. तूं समुद्रापाशीं स्थळ मागावें.’ याजवरून तीन उपोषणें केलीं असतां समुद्रानीं दृष्टांत दिल्हा कीं, मालवण म्हणोन कोळियाचें बेट गलबतें उभीं करण्याचें लाहान आहे तें तुला दिल्हे. तेथें जागा करावी. त्याजवरून दुसरे दिवशी पाहविले तों समुद्राचें पाणी लांब जाऊन ते बेटावेरी जागा विस्तीर्ण जाली.’
हेच ते मालवणच्या किनाऱ्याजवळील कुरटे नावाचे बेट. चित्रगुप्तविरचित ‘छत्रपती शिवाजी महाराजांची बखर’ या बखरीमध्ये असे म्हटले आहे की ती जागा ‘पाहून महाराजांस संतोष झाला. चौऱ्यांशी बंदरी ऐसी जागा नाही.’ 
यानंतर महाराजांनी मालवणमधील तानाजी, मानाजी, गंगाजी, सावजी कोळी यांना ‘तो जागा पाहून मार्ग कोणे प्रकारचा याचे ठिकाण पाहून यावे’, अशी आज्ञा केली. त्यांनी ती जागा नीट निरखून, पारखून घेतली. या बेटावर गोडे पाणी होते, तसेच तेथे जाण्याचा मार्ग कठीण, सर्पाकार, शत्रूच्या तरांड्यांना तेथे जाणे दुष्कर, असा होता. त्या कोळ्यांनी जीवाची तमा न धरता तो मार्ग पाहून महाराजांना कळविल्यावर महाराजांनी त्यांना सोन्याची कडी, मंदील, पैठणी, पासोड्या, किनखापी तुंबे (तुमान), तसेच प्रत्येकी सुमारे १०० पादशाही होन व चौघांना गाव इनाम दिले. त्यानंतर तेथे उत्तम मुहूर्त पाहून गणेशपूजन व समुद्रपूजन केले. पाचशे पाथरवट, दोन लोहार आदी तीन हजार माणसे या किल्ल्याच्या बांधकामास नेमली. २५ नोव्हेंबर १६६४ रोजी या किल्ल्याचा पाया घालण्यात आला. या कामावर देखरेखीसाठी कुंभार जुवेचे सुभेदार गोविंद विश्वनाथ प्रभू यांना नेमले होते. विशेष म्हणजे, ‘चित्रगुप्ताच्या बखरी’नुसार ‘बांधायाची सारी युक्ती महाराजांनी सांगितली’ होती. ४८ एकर परिसरावर पसरलेल्या, २९-३० फूट उंच आणि १२ फूट जाडीची दोन मैल घेराची तटबंदी, त्यात ३२ बुरूज असलेल्या या जलदुर्गाच्या बांधकामास सुमारे एक कोटी होन व तीन वर्षे लागली. याबाबत चित्रगुप्ताने असे म्हटले आहे की ‘चौऱ्यांशी बंदरात हा जंजिरा मोठा अठरा टोपिकरांचे उरावर शिवलंका अंजिक जागा निर्माण केला.’ चित्रगुप्ताने या किल्ल्यास ‘महाराजांचे हृदयकमल’ असे गौरविले आहे.
अशा या बेलाग किल्ल्यामध्ये शिवछत्रपतींचे जगातील पहिले मंदिर उभे आहे. ‘इतिहास संग्रह’ या दत्तात्रय बळवंत पारसनीस संपादित मासिकाच्या पहिल्याच, ऑगस्ट १९०८च्या अंकात इतिहासाचार्य वि. का. राजवाडे यांचा ऐतिहासिक स्फूट लेख प्रसिद्ध झाला आहे. त्यात त्यांनी असे म्हटले आहे की शिवाजी महाराजांचे ‘हे मंदिर मूळ राजाराम महाराजांनी बांधले व त्याला सभामंडप अलीकडे कोल्हापूरकरांनी जोडला’. भारतीय पुरातत्त्व सर्वेक्षण विभागानुसार हे मंदिर इ.स. १६९५ च्या सुमारास बांधण्यात आले. 
या काळात छत्रपती राजाराम महाराज हे जिंजीत होते, स्वराज्यात मोगलांची धामधूम सुरू होती. राजाराम महाराजांनी रामचंद्रपंत अमात्य यांना ‘हुकूमतपनाह’ हे बिरूद बहाल केले होते व ते १६८९ ते १६९७ या काळात स्वराज्याचा कारभार पाहात होते. या काळात राजाराम महाराजांनी हे मंदिर उभारले, असे सांगण्यात येते. या मंदिराचा प्रशस्त सभामंडप १९०६-१९०७ या काळात कोल्हापूरकर शाहूछत्रपती महाराज यांनी तेव्हाचे ३८५० रुपये खर्चून बांधलेला आहे.
सिंधुदुर्गाच्या महादरवाजातून किल्ल्यात प्रवेश करताच समोर जरीमरीची घुमटी आहे. त्या मंदिरापासून पुढे काही अंतर जाताच शिवराजेश्वराचे पांढरेशुभ्र मंदिर नजरेस पडते. काही फूट उंच असलेल्या जगतीवर हे मंदिर उभे आहे. सभामंडप, अंतराळ आणि गर्भगृह अशी या मंदिराची संरचना आहे. मंदिराचे अंतराळ व गर्भगृहावर उंच शिखर आहे. अंतराळावर गजपृष्ठाकार आकाराची तीन बसकी शिखरे आहेत व त्यावर आमलक व कलश आहे. पाच पायऱ्या उंचावर मंदिराचा दुमजली सभामंडप आहे. सभामंडपाच्या वर नौबतखाना आहे. मोठ्या आकाराचे चौरसाकृती स्तंभ आणि त्यावर भव्य; परंतु कोणतेही कोरीवकाम, नक्षी नसलेली कमान अशा साध्या व खुल्या स्वरूपाच्या या मंडपातून अंतराळात प्रवेश होतो. अंतराळ बंदिस्त प्रकारचे आहे. तेथे बसक्या, परंतु आकाराने रुंद अशा खांबांवर महिरपी कमानी आहेत. मंदिराच्या दगडी प्राचीन गर्भगृहात उंच सिंहासनावर शिवरायांची अत्यंत आगळीवेगळी अशी मूर्ती आहे. मूर्तीवर शिवराजेश्वराचा पितळी मुखवटा आहे व त्यावर जिरेटोप घातलेला आहे. मूर्तीच्या समोर लांबधोप तलवार आहे. या सिंहासनावर बाजूलाच येथील मूळ मूर्तीची तसबीर लावण्यात आलेली आहे.
इतिहासाचार्य राजवाडे यांनी असे म्हटले आहे की ही शिवाजी महाराजांची हुबेहूब प्रतिमा आहे. हिच्या पायात तोडे व तुमान आहे.
तुमानीचा अगदी शेवटचा भाग थोडासा फिरवून टाकला आहे. कमरेस कटिभूषण आहे. ते कमरपट्ट्यासारखे दिसते. प्रसंगी शस्त्रास्त्रे अडकविण्याचा तो पट्टा असावा. हातात कडीतोडे आहेत. दंडावर भुजबंद आहे व कटीच्यावरील अंग उघडे आहे. डोकीला नावाड्यासारखी कोकणी कोळ्याची टोरी आहे. सामान्य कोळ्यांची जी टोपी असते, तिच्याहून या असामान्य नावाड्याच्या बंदरी टोपीचा ऊर्फ बंदरी मुगुटाचा आकार किंचित निराळा आहे. या मूर्तीचा चेहरा सन्मुख दाखविलेला आहे. तो प्रमाणबद्ध आहे; परंतु खालील हस्तपादादी अवयव जितके प्रमाणात असावेत तितके नाहीत. मूर्ती ठेंगणी व धष्टपुष्ट आहे. असे वर्णन केल्यानंतर इतिहासाचार्यांनी असे म्हटले आहे की ‘सारांश, कोळ्यांचा व नावाड्यांचा राजा या नात्याने मालवण येथील शिवाजी महाराजांच्या मूर्तीकडे पाहावयाचे आहे.’
या मंदिरात रोज पहाटे ५ व सायंकाळी ७ वाजता सनई-चौघडा वाजवला जातो. येथील मुस्लिम व दलित सेवेकरी मंदिरात नौबतसेवा रुजू करीत असतात. नौबत झडत असताना गर्भगृहातील शिवराजेश्वरांच्या मूर्तीस मोरपंखांनी वारा घालण्यात येतो. मंदिरात दर सोमवारी मोठ्या उत्साहात व पारंपरिक पद्धतीने शिवपालखी काढण्यात येते. करवीर छत्रपतींच्या वतीने मंदिरास दरवर्षी जिरेटोप व वस्त्रे अर्पण केली जातात.
या मंदिराचे आणखी वैशिष्ट्ये म्हणजे, छत्रपती शिवाजी महाराजांनी हिंदवी स्वराज्याच्या स्थापनेत सर्वधर्मसमभावाचे जे धोरण अंगिकारले होते, तीच परंपरा येथे चालवली जाते. या मंदिराच्या सभामंडपात दरवर्षी मोहरमचा ताजिया बसवला जातो. असे सांगण्यात येते की किल्ल्यात असलेल्या मुस्लिम सैनिकांसाठी शिवरायांच्या काळातच किल्ल्यात मोहरम साजरा करण्यास सुरुवात करण्यात आली होती. त्या प्रथेनुसारच मालवणमधील मोहरम साजरा केला जातो. प्रथम शिवराजेश्वर मंदिरात ताबूत आणण्यात येतात. तेथे प्रार्थना करण्यात येते. मंदिरासभोवती ताबूत मिरवणूक काढण्यात येते. नंतर दुपारी होडीतून शहरातील मेढा-पिराची भाटी येथे ताबूत नेण्यात येते.
सायंकाळी शहरात ताबुतांची मिरवणूक काढण्यात येते. हिंदू व मुस्लिम बांधव मिळून हा उत्सव साजरा करतात.
सिंधुदुर्ग किल्ल्यात शिवराजेश्वर मंदिरातील शिवमूर्तीप्रमाणेच किल्ल्याच्या कोटाच्या पश्चिम बाजूस भिंतीमध्ये दगडावर शिवाजी महाराजांच्या तळहाताची निशाणी व त्यापासून काही अंतरावर महाराजांच्या पादुका कोरलेल्या आहेत. त्यावर छोटीशी देवळी बांधलेली आहे. काचेतूनच त्यांचे दर्शन घ्यावे लागते. या किल्ल्यात अमृतेश्वर मंदिर, भवानी मंदिर, महादेव मंदिर आणि जरीमरी मंदिरही आहे. किल्ल्याच्या महादरवाजातच दक्षिणमुखी मारुतीची छोटी देवळी आहे.
किल्ल्यातील महादेव मंदिराची रचना वैशिष्ट्यपूर्ण आहे. यात भूतलावर चार पाखी कौलारू चौकोनी इमारत आहे. मात्र हा मंदिराचा वरचा भाग आहे. त्याचा खालचा भाग हा भूतलाच्या खाली आहे. तेथे काही पायऱ्या उतरून जावे लागते. या मंदिरात मध्यभागी दगडी चिऱ्यांनी बांधलेली एक विहीर आहे. तिला कठडे असून मंदिराच्या मागील भिंतीकडे भूतलावर छोटे शिवलिंग आहे. त्यापुढे छोटा दगडी नंदी आहे. या मंदिराबाबत अशी दंतकथा आहे की या मंदिरातून भुयारी मार्ग असून घोड्यावर बसून जाता येईल एवढा तो मोठा आहे. हे भुयार समुद्राखालून निघून मालवणनजीकच्या ओझर येथील ब्रह्मानंद स्वामींच्या समाधीस्थानानजीकच्या गुहेत निघते अशीही काहींची श्रद्धा आहे.
