छत्रपती शिवाजी महाराजांचे आजोळ असलेल्या सिंदखेड राजा येथे नीळकंठेश्वराचे प्राचीन व प्रसिद्ध मंदिर आहे. या मंदिरात प्राचीन शिवलिंगासह हरिहराच्या अकराव्या शतकातील दुर्मिळ मूर्तीचे दर्शन घडते. देवगिरीच्या यादव राजवंशातील राज्यकर्त्यांच्या काळात हेमांडपंती स्थापत्यशैलीत बांधलेल्या या मूळ मंदिराचा सतराव्या शतकात राजमाता जिजाऊंचे बंधू राघोजी जाधव यांनी जीर्णोद्धार केला. वाड्यासारखी रचना असलेल्या या पूर्वाभिमुख मंदिरातील हरिहराच्या मूर्तीवर वर्षातील काही दिवस सूर्यकिरणे पडतील, अशा पद्धतीने या मंदिराचे स्थापत्य साकारले आहे. सिंदखेडचे जाधवपूर्वकालीन प्राचीनत्व या मंदिरामुळे अधोरेखित होते.
‘सिंदखेड’ हे गाव सिदुराम नावाच्या राजाने वसवले असे मानले जाते आणि त्याच्या नावावरूनच हे ग्रामनाम प्राप्त झाल्याची धारणा आहे. अन्य एका व्युत्पत्तीनुसार ‘सिद्धक्षेत्र’ म्हणजेच ‘सिद्धांचे गाव’ यावरून हे नाव पडल्याचे सांगण्यात येते. तसेच पूर्वी या भागात सिंदी नावाची झाडे मोठ्या प्रमाणावर असल्यामुळे ‘सिंदखेड’ हे नाव पडल्याचाही तर्क मांडला जातो. ‘सिंदखेड’चे मूळ नाव ‘आलापूर’ होते, असे जाधवरावांच्या बखरीत नमूद आहे. 
गवळीराज सिंदुराज याने पुढे वस्ती केल्याने आलापूरचे नाव ‘सिंदखेड’ पडल्याचा उल्लेख त्यात सापडतो; मात्र सिंदुराजाच्या राजवटीचा कोणताही ठोस पुरावा आढळत नाही. ‘सिंदखेड’चे मूळ नाव ‘सिद्धपूर’ किंवा ‘सिद्धक्षेत्र’ असावे, असे अन्य काही पुराव्यांवरून स्पष्ट होते. येथील नीळकंठेश्वर मंदिरातील एका शिलालेखात ‘परगणे सिद्धपूर’ असा उल्लेख आढळतो. सिंदखेडचे प्रसिद्ध संतकवी गोसावीनंदन यांच्या एका ओवीबद्ध चरित्रात ‘सिंदखेड स्थळ सिद्धाचे केवळ। देखोनी तात्काळ वास केला।’ असे म्हटलेले आढळते. यावरून सिंदखेडचे मूळ नाव ‘सिद्धक्षेत्र’ असावे आणि त्याचेच रूपांतर ‘सिंदखेड’ मध्ये झाले असावे, असे ‘सेंट्रल प्रॉव्हिन्सेस अँड बेरार डिस्ट्रिक्ट गॅझेटियर्स – अकोला डिस्ट्रिक्ट, व्हॉल्यूम ए’ (१९१०) मध्ये स्पष्ट करण्यात आले आहे.
इ.स. १४४० मध्ये सिंदखेड हा परगणा शहराच्या काझीला जहागिरी म्हणून देण्यात आला. त्यानंतर एका शतकाने हा परगणा जिजाऊंचे वडील राजे लखुजीराव जाधव यांच्या कुटुंबाकडे हस्तांतरित झाला. राजे लखुजीराव जाधव यांना अहमदनगरच्या निजामशाहीची दहा हजार घोड्यांची मनसबदारी प्राप्त होती; मात्र नंतरच्या काळात त्यांनी मुघलांच्या दरबारातील शाही सैन्यातील १५ हजार घोडेस्वारांची मनसबदारी स्वीकारली. 
पुढे जिजाऊंचा विवाह शहाजीराजे भोसलेंशी झाला. असे असले तरी, हे कौटुंबिक संबंध बाजूला ठेवून, केवळ एका वेळेचा अपवाद वगळता लखुजीराव हे कायम मराठा व मुघलांच्या लढाईत बादशहाच्या बाजूनेच लढले. जिजामातांच्या जन्मस्थानामुळे या गावाला महाराष्ट्रातील ऐतिहासिक पावन क्षेत्राचे स्थान प्राप्त झाल्याचेही सरकारी गॅझेटियरमध्ये म्हटले गेले आहे.
नीळकंठेश्वर मंदिरातील एका दगडी खांबावर अकरा ओळींचा शिलालेख कोरलेला आहे. त्यावर ‘नीळ कंट श्री गणेशाय नमः साके १५०९ सार्वजित संवत्सरे श्रावण सुदि पाडवा जीर्णोद्धार हे देऊळ धबांळे राघोजी लखुजी जाधव श्रीदेशमुख परगणे सिद्धपूर!’ असे शब्द कोरलेले आहेत. त्यावरून या मंदिराचा जीर्णोद्धार जिजाऊंचे बंधू राघोजी यांनी केल्याचे सिद्ध होते.
शहरातील रंगमहाल रस्त्यावरून पुढे आल्यावर या मंदिराच्या तटबंदीत असलेल्या प्रवेशद्वारातून मंदिराच्या प्रांगणात प्रवेश होतो. या मंदिराला लागूनच एक मोठी बारव आहे आणि या बारवेच्या काठावर तीन शिवलिंगे आहेत. पूर्वी या शिवलिंगांची संख्या पंधरा होती, असे सांगण्यात येते. लखुजीराजेंचे खापरपणतू राव जगदेवराव यांनी ही बारव बांधल्याचे म्हटले जाते. 
या चौरसाकृती बारवेचा आकार ३४ बाय ३४ मीटर आहे आणि तिच्या चारही बाजूंनी घाट बांधण्यात आला आहे. या बारवेच्या उत्तरेकडील भिंतीवर उमामहेश्वराची मूर्ती आहे. सुमारे नऊ मीटर खोली असलेल्या या बारवेच्या उत्तर तटावर, मंदिराच्या चौथऱ्याच्या कडेला भैरवाची मूर्ती व येथून काही पावलांवरच शनीदेवाचे मंदिर आहे. या मंदिरातील शिळेवर शनीदेवाची काळ्या पाषाणात घडवलेली सुंदर मूर्ती आहे. बारव परिसरात काही जुन्या मूर्तीही आहेत. मंदिराच्या आवारात दगडी फरसबंदी असल्याने मंदिराच्या प्रवेशद्वाराच्या समोरच मोठे तुळशीवृंदावन आहे. प्रवेशद्वारापासून काही अंतरावर दगडात कोरलेली पावले आहेत.
सभामंडप, दोन अंतराळ आणि दोन गर्भगृहे अशी या मंदिराची संरचना आहे. मंदिराच्या मुख्य प्रवेशद्वारातून सभामंडपात प्रवेश होतो. येथे एका देवकोष्ठकात गणपतीची प्राचीन मूर्ती विराजमान आहे. सभामंडपात कोरीव काम केलेले काही दगडी स्तंभ आहेत आणि येथील वितानावर सुंदर कोरीव काम आहे. डावीकडील गर्भगृहात हरिहराची काळ्या पाषाणात घडवलेली प्राचीन मूर्ती आहे. दहाव्या किंवा अकराव्या शतकातील या हरिहर मूर्तीची उंची ९० सेंटीमीटर आहे. मूर्तीचे उजवे अंग शिवशंकराचे तर डावे अंग विष्णूचे आहे. 
मूर्तीच्या उजव्या चरणाजवळ नंदी आणि डाव्या चरणाजवळ गरुड कोरलेला आहे. असे सांगितले जाते की या चतुर्भुज मूर्तीच्या कपाळावर पूर्वी हिरा होता. परकीय आक्रमणादरम्यान हा हिरा चोरण्यात आला आणि तो काढण्याच्या प्रयत्नात ही मूर्ती थोडी खंडित झाली. त्यामुळे तिच्या कपाळावर लहानसा खड्डा पडल्याचेही सांगण्यात येते.
उजवीकडील मुख्य गर्भगृहाच्या प्रवेशद्वाराजवळ एका चौथऱ्यावर अखंड पाषाणातील नंदीची मूर्ती आहे. गर्भगृहासमोर असलेल्या अंतराळातून चार पायऱ्या उतरून गर्भगृहात प्रवेश होतो. या गर्भगृहाच्या द्वारपट्टीच्या मध्यभागी असलेल्या ललाटबिंबावर गणेशाचे शिल्प आहे. गर्भगृहात जमिनीवर मोठ्या शाळुंकेमध्ये शिवपिंडी आहे. शिवपिंडीवर पितळी नागाने छत्र धरले आहे व त्याच्या वरील बाजूस छताला अभिषेक पात्र टांगलेले आहे. या दगडी गर्भगृहाच्या वितानावर सुंदर शिल्पे कोरलेली आहेत. या गर्भगृहासमोर प्रांगणात असलेल्या चौथऱ्यावर नंदीची दगडी मूर्ती आहे. या मंदिरातील एका दगडी स्तंभावर शिलालेख आहे. येथील एका देवकोष्टकामध्ये गणेशाची शेंदूरचर्चित मूर्ती आहे.
या मंदिरासमोरील ओवरीवजा मंडप लक्षवेधी आहे. विटांचे बांधकाम असलेल्या मंडपात अनेक कमानी असून येथे काही देवकोष्ठकेही आहेत. त्यापैकी एका देवकोष्ठकात हनुमानाची प्राचीन मूर्ती आहे. प्रांगणातील तुळशीवृंदावनाच्या चारही बाजूंना हनुमानाच्या मूर्ती कोरलेल्या आहेत. नजीकच असलेल्या गणेशाच्या मूर्तीजवळ एक गुप्तमार्ग आहे.
या मंदिराच्या गर्भगृहावरील शिखराच्या खालील बाजूस चौकोनी स्तरामध्ये चारही बाजूंनी देवकोष्ठके कोरलेली आहेत आणि वर मिनारांसारखी रचना आहे. चौकोनी स्तराच्या वरच्या बाजूला आणखी एक चौकोनी स्तर आहे व तेथेही देवकोष्ठके कोरलेली आहेत. त्यावर स्तंभांची रचना दिसते आणि वरच्या बाजूस कमलपुष्पाची कलाकुसर आहे. त्यावर मोठा आमलक व कळस आहे. या मंदिराचा खालील भाग दगडी बांधकामाचा असून वरील भाग विटांनी बांधलेला आहे. मंदिराच्या मागील बाजूकडील प्रवेशद्वारावर सुंदर कोरीव काम आहे. मंदिराच्या प्रांगणात अनेक प्राचीन मूर्ती व शिल्पे आहेत.
महाशिवरात्री हा या मंदिरातील वर्षातील सर्वात मोठा आणि महत्त्वाचा उत्सव आहे. या दिवशी पहाटेपासूनच भगवान नीळकंठेश्वराचा जलाभिषेक आणि महापूजा सुरू होते. सिंदखेड राजा शहरासह संपूर्ण जिल्ह्यातून हजारो भाविक दर्शनासाठी येथे गर्दी करतात. या दिवशी मंदिरात विशेष भजन, कीर्तन आणि रात्री जागरणाचे कार्यक्रम आयोजित केले जातात. यावेळी मंदिराला विद्युत रोषणाईने सजवले जाते. याशिवाय प्रत्येक श्रावणी सोमवारी महादेवाची विशेष पूजा आणि आरती केली जाते. श्रावण महिन्यात अनेक शिवभक्त विविध नद्यांचे पवित्र जल कावडीतून आणून नीळकंठेश्वराला जलाभिषेक करतात. कार्तिक शुद्ध पौर्णिमा म्हणजेच त्रिपुरारी पौर्णिमेला या मंदिरात दीपोत्सव साजरा केला जातो. दरवर्षी १२ जानेवारी रोजी जिजाऊ जन्मोत्सवाच्या निमित्ताने मंदिरात विशेष प्रार्थना आणि अभिषेक आयोजित केले जातात.
