गोव्यातील असंख्य भाविकांची आराध्यदेवता, तसेच कऱ्हाडे आणि पद्ये ब्राह्मण समाजाची कुलदेवता असलेली महालसा देवी ही भगवान विष्णुचा मोहिनी अवतार असल्याची मान्यता आहे. एका आख्यायिकेनुसार, पूर्वी वरण्यपुरम किंवा वरुणपूर या नावाने ओळखले जाणारे वेर्णा हे स्थान या देवीला आवडल्याने तिने येथे निवास केला. परकीय आक्रमकांच्या भीतीमुळे येथील देवीची मूळ मूर्ती फोंडा तालुक्यातील म्हार्दोळ येथे हलविण्यात आली होती. वेर्णा-वरेण्यपुरीतील या मूळ स्थानी असलेले देवीचे प्रशस्त मंदिर हे आज हजारो भाविकांचे श्रद्धास्थान बनले आहे.
महालसा देवी ही गोव्यातील महत्त्वाच्या आणि प्राचीन देवतांपैकी एक मानली जाते. तिचे मंदिर मूलतः वेर्णा येथील सोनसडा पठारावर उभारण्यात आले होते. हे त्या काळी गोव्यातील सर्वांत मोठ्या मंदिरांपैकी एक मानले जाई. ‘फॉर द लव्ह ऑफ मांडवी’ या डॉ. मोहन पै यांनी लिहिलेल्या पुस्तकात, वरेण्यपुरम या क्षेत्री वसलेले हे मंदिर गोव्यातील सर्वांत मोठे मंदिर होते, असा उल्लेख आहे. त्या काळी वरुणापूर हे एक मोठे व्यापारी केंद्र होते. हे मंदिरही गोव्यातील एक महत्वाचे सामाजिक आणि सांस्कृतिक केंद्र बनले होते. पोर्तुगीज आक्रमकांनी सोळाव्या शतकात गोव्यातील सारी मंदिरे नष्ट करण्याची मोहीम राबवली होती. त्यावेळी देवीच्या भक्तांनी या मंदिरातील मूर्ती सुरक्षितरित्या येथून फोंडा तालुक्यातील म्हार्दोळ येथे हलविली होती.
मंदिराशी संबंधित अनेक आख्यायिका सांगितल्या जातात. त्यापैकी एक महालसा देवीच्या अवतारासंदर्भात आहे. त्यानुसार समुद्रमंथनातून निघालेल्या अमृताचे वाटप करण्यासाठी विष्णूने मोहिनी अवतार घेतला. कपटाने देवांच्या वेशात आलेल्या स्वरभानू नावाच्या असूराने देवांच्या रांगेत बसून अमृत प्राशन करण्याचा प्रयत्न केला. त्यावेळी विष्णूने सुदर्शन चक्राने त्याचे दोन भाग केले. त्या दोन भागांना राहू आणि केतू असे म्हटले गेले. मोहिनीने राहूचा पाठलाग करून महालसा नावाच्या टेकडीवर त्याचा वध केला आणि त्यावर ती उभी राहिली. म्हणूनच तिला राहू मर्दिनी किंवा महालसा नारायणी असे म्हटले जाऊ लागले.
दुसऱ्या एका आख्यायिकेनुसार, देवी वायूरूपाने गोमंतकात आली होती. निवासासाठी योग्य ठिकाण शोधत ती वरेण्यापुरात पोहोचली. तेथील नागरिकांनी तिथे असलेल्या पाण्याच्या टंचाईचे गाऱ्हाणे तिच्यासमोर मांडले. त्यांच्यासाठी देवीने आपल्या पायाच्या अंगठ्याने जमिनीवर दाब देताच तेथून पाण्याची धार उसळली. देवीच्या मंदिरापासून काही अंतरावर हे ठिकाण असल्याचे सांगण्यात येते. त्याला नूपूर तीर्थ या नावाने ओळखले जाते. तेथे साळ नदीचा उगम असल्याचे सांगितले जाते.. देवीच्या मंदिराजवळच जांभ्या दगडात बांधलेली एक सुंदर पुष्करणी आहे. या दोन्ही जलसाठ्यांमागे देवीचा आशीर्वाद असल्याने या दोन्ही ठिकाणचे पाणी कधीच आटत नाही, अशी भाविकांची श्रद्धा आहे.
एका कथेनुसार, एका गवळ्याला सोनसडा पठारावर एका पाषाणात देवीचे दर्शन झाले. त्याने आपल्या मालकास बोलावून त्यालाही ते दाखवले. देवी तेथे प्रकट झाल्याचे पाहून त्यांनी आपल्या सहकाऱ्यांच्या मदतीने तेथे आधी छोटे मंदिर उभारले. त्याचे रुपांतर नंतर मोठ्या मंदिरात करण्यात आले होते. काही इतिहास अभ्यासकांनुसार, महालसा देवीची मूळ मूर्ती नेपाळमधील गंडकी नदीत आढळणाऱ्या शाळीग्राम शिळेपासून घडवण्यात आलेली आहे. नेपाळमधून ती प्रथम महाराष्ट्रातील अहिल्यानगर जिल्ह्यातील नेवासे येथे नेण्यात आली. मात्र तेथील मुस्लिम राजवटीतील त्रासामुळे ही मूर्ती तेथून गोव्यातील डिचोली येथे आणण्यात आली व कालांतराने ती वेर्णा येथे आणण्यात आली.
काही जाणकारांच्या म्हणण्यानुसार वेर्णा येथील हे मूळ मंदिर चालुक्य काळात उभारण्यात आले होते. काही वर्षांपूर्वी झालेल्या जिर्णोद्धारानंतर मंदिराला सध्याचे भव्य स्वरुप प्राप्त झालेले आहे. या मंदिर परिसरात अनेक वास्तु आहेत. यात प्रशस्त असा सभामंडप लाभलेले मुख्य मंदिर, पुष्करणी, सुंदर उद्याने, शाळा, कार्यालये, पुरोहित निवास, भक्तनिवास, बहु उपयोगी सभागृहे आणि कल्याणमंडप यांचा समावेश आहे. मंदिराचा परिसर काही एकरांमध्ये पसरलेला आहे. मंदिराच्या मुख्य प्रवेशद्वारासमोर पुष्करणी आहे. मंदिराच्या उजवीकडे अष्टकोनी पिठावर उभी आठ स्तरीय दीपमाळ आहे. या दीपमाळेच्या प्रत्येक स्तरावर दीपकोष्टके व वरील बाजुला मेघडंबरीसदृश्य रचना केलेली आहे.
मुखमंडप, भव्य सभामंडप आणि गर्भगृह अशी मंदिराची संरचना आहे.
जमिनीपासून उंच अधिष्ठानावर असलेल्या या मंदिराच्या सभामंडपात प्रवेश करण्यासाठी मुखमंडपातून सात पायऱ्या चढून यावे लागते. स्तंभशाखा असलेल्या प्रवेशद्वारातून मंदिराच्या बंदिस्त सभामंडपात प्रवेश होतो. या सभामंडपात आणि गर्भगृहाच्या शेजारी असलेल्या उपगर्भगृहांत काही देवता स्थापित आहेत. त्यामध्ये गणपती, नागदेवता, सातेरी, महालक्ष्मी, चंद्रमौलेश्वर, आदि शंकराचार्य, शारदा देवी यांचा समावेश आहे. या प्रत्येक उपगर्भगृहाला प्रदक्षिणा मार्ग आहे. मुख्य गर्भगृहाच्या भिंती दगडी आहेत. गर्भगृहाच्या प्रवेशद्वाराच्या दोन्ही बाजुला असलेल्या देवकोष्टकांमध्ये रेखीव कोरीवकाम केलेल्या काळ्या शिळेमधील मूर्ती स्थापित आहेत. त्यापैकी एक आहे अर्धनारी नटेश्वराची जी भगवान शिव आणि देवी पार्वतीचे संयुक्त रुप मानले जाते. दुसऱ्या बाजुला असलेली मूर्ती आहे हरिहराची जे भगवान शिव आणि विष्णूचे संयुक्त रुप मानले जाते. द्वारचौकटीच्या वर कीर्तीमुख आहे. गर्भगृहात वज्रपिठावर महालसा नारायणी देवी स्थित आहे. देवीची ही चतुर्भूज मूर्ती नेपाळमधील गंडकी पाषाणापासून घडविण्यात आल्याचे सांगण्यात येते. 
देवीने आपल्या चार हातांत त्रिशूल, तलवार, असुराचे शीर आणि पात्र धारण केलेले आहे. ती एका असुरावर उभी असून तिने यज्ञोपवीत (जानवे) धारण केलेले आहे. यज्ञोपवित सामान्यतः पुरुष वापरतात. अपवाद म्हणून ते देवी पार्वतीच्या काही अवतारांमध्ये धारण केलेले दिसते.या मंदिरावर सभामंडप व मुख्य गर्भगृहावर असलेल्या शिखरांव्यतिरिक्त उपगर्भगृहांवरही शिखरे आहेत.
मुख्य मंदिराच्या बाहेर एक सुवर्णाकर्षण भैरवाचे मंदिर आहे. त्याचा शब्दशः अर्थ सुवर्णाला आकर्षित करणारा भैरव असा होतो. त्याच्या बाजूलाच चौसष्ठ योगिनी मंदिर आहे. या मंदिरात मध्यभागी संहार भैरव असून त्याच्या शेजारी अर्धगोलाकार आकारात चौसष्ठ योगीनींच्या मूर्ती आहेत. मंदिरापासून जवळच खंडोबा मंदिर आणि हनुमान मंदिर यांसारखी इतर मंदिरेही आहेत.
मंदिरात रोज सकाळी आणि सायंकाळी आरती होते. उत्सवकाळ वगळता या मंदिरात सकाळी ६ ते दुपारी १२.३० व संध्याकाळी ४ ते रात्री ८ या काळात भाविकांना दर्शन घेता येते. मंदिरात अनेक उत्सव साजरे केले जातात. नवरात्रोत्सव हा येथे साजरा केला जाणारा सर्वांत मोठा उत्सव आहे. या काळात येथे सुवासिनींची मोठी गर्दी असते. याशिवाय राम नवमीचा उत्सवही मोठ्या प्रमाणात साजरा केला जातो. या मंदिराचा वार्षिक उत्सव चैत्र महिन्यातील कृष्ण पक्षाच्या षष्ठी ते अष्टमी या काळात साजरा होतो. त्यावेळी येथे रथोत्सवदेखील होतो. या उत्सवात देवीची रथातून मिरवणूक काढली जाते. प्रत्येक रविवारी पालखी सेवा असते. त्यात फुलांनी सजलेल्या पालखीमधून देवी मंदिराभोवती संचार करते.
