पंढरीचा पांडुरंग म्हणजे महाराष्ट्र, कर्नाटक, आंध्र प्रदेशाप्रमाणेच गोव्यातील असंख्य वारकऱ्यांचे आराध्यदैवत. ते गोव्यातील राणे सरदेसाई घराण्याचे कुलदैवतही आहे. गोव्यात सुमारे आठ शतकांपासून विठ्ठलभक्तीची परंपरा तेवते आहे. याच परंपरेचे एक प्रतिक मडगावमध्ये हरि मंदिराच्या रूपाने उभे आहे. वारकरी मंडळी आपल्या लाडक्या दैवताचा ‘जयहरि विठ्ठल’ असा नामघोष करीत असतात. एक शतकाहून अधिक काळापूर्वी येथे उभ्या राहिलेल्या या मंदिरात याच हरिच्या म्हणजे भगवान विष्णूच्या रूपात विठ्ठलाची मूर्ती रखुमाईसोबत विराजमान आहे.
गोव्यातील वारकरी परंपरेचा इतिहास असा आहे की मध्ययुगात (१२वे-१५वे शतक) गोवा हा कदंब, विजयनगर आणि बहमनी साम्राज्यांचा भाग होता. या काळात पंढरपूरहून गोव्यात येणाऱ्या भक्तांनी आणि वारकरी कीर्तनकारांनी विठ्ठलाच्या भक्तीची बीजे पेरली. गोव्यातील राणे कुटुंबांसह इतर काही कुटुंबांनी विठ्ठलाला आपले दैवत म्हणून स्वीकारले. इ.स. १५१० मध्ये पोर्तुगीजांच्या आगमनानंतर गोव्यात धर्मांतराचा कहर सुरू झाला. 
हिंदूंच्या उपासना पद्धतीवर कठोर निर्बंध लादण्यात आले. पोर्तुगीजांनी या काळात अनेक मंदिरे नष्ट केली. असे असले तरी गोव्यातील खेड्यांमध्ये, विशेषतः दक्षिण गोव्यात, विठ्ठलभक्ती घराघरांतून आणि मंदिरांतून टिकून राहिली. १९व्या शतकात धार्मिक दडपशाही कमी झाल्यावर गोव्यात हिंदू मंदिरांचे पुनर्निर्माण सुरू झाले. याच दरम्यान पाजीफोंड येथील हरिमंदिरासारखी मंदिरे उभारली गेली.
या मंदिराच्या उभारणीची कथा अशी की मडगाव हे पूर्वीपासून एक महत्त्वाचे व्यापारी शहर होते. विसाव्या शतकाच्या प्रारंभीच्या काळात गोव्याबाहेरून काही व्यापारी येऊन येथे स्थायिक झाले होते. दिवसभरात कामधंदा आटोपल्यानंतर रात्री ते एकत्र जमून गप्पागोष्टी करीत. त्यात अनेकदा वादविवादाचे प्रसंग घडत. तेव्हा गोपाळशेठ नामक एका मारवाडी व्यापाऱ्याने असे सुचवले की आपण सगळे मिळून रात्री भजन व नामस्मरण करू या. सर्वांनाच ही कल्पना पसंत पडली. येथील लोटलीकर चाळीतील एका खोलीमध्ये विठ्ठल-रुक्मिणीची तसबीर ठेवून त्यांनी भजनाच्या कार्यक्रमास प्रारंभ केला. तो काळ पोर्तुगीजांच्या सत्तेचा होता. गोव्यातून बाहेर पडण्यासाठी तेव्हा पारपत्राची (पासपोर्ट) आवश्यकता भासे. शिवाय राज्याबाहेर जाण्यावर अनेक निर्बंध होते. 
त्यामुळे अनेक वारकऱ्यांना पंढरीच्या यात्रेस जाता येत नसे. तेव्हा मडगावातील या व्यापारी भाविकांनी विठ्ठल मंदिर उभारण्याचा निर्णय घेतला आणि त्यानुसार १९०९ साली लोटलीकर चाळीत हरिमंदिर उभे राहिले. नंतर २०१८ मध्ये हे मंदिर सध्याच्या, आदर्श वनिता विद्यालयासमोरील देवस्थानच्या स्वतःच्या जागेत स्थलांतरित करण्यात आले. शके १९४० विलंबनाम संवत्सर वैशाख शुद्ध पंचमी, सकाळी ८.४६च्या मुहुर्तावर (शुक्रवार, २० एप्रिल २०१८) मडगावमधील चिन्मय मिशनचे स्वामी निखिलानंद सरस्वती यांच्या हस्ते या मंदिराचे उद्घाटन व मूर्तींचा प्राणप्रतिष्ठापना सोहळा पार पडला.
रस्त्यापासून उंच ठिकाणी हरि मंदिराची ही वास्तू स्थित आहे. काही पायऱ्या चढून मंदिराच्या प्रांगणात प्रवेश होतो. मंदिर उंच जगतीवर उभे आहे. गोमंतकातील पारंपरिक मंदिर स्थापत्यशैलीतील परंतु छोटेखानी स्वरूपाचे हे कौलारू मंदिर आहे. मुखमंडप, सभामंडप आणि तीन स्वतंत्र गर्भगृहे अशी मंदिराची संरचना आहे. मंदिराचा सभामंडप प्रशस्त आहे. त्यात कोरीव काम असलेले स्तंभ आहेत. सभामंडपात संत ज्ञानेश्वरांची मूर्ती विराजमान आहे. मुख्य गर्भगृहात वज्रपिठावर काळ्या पाषाणातील विठ्ठल-रखुमाईच्या मूर्ती प्रतिष्ठापित आहेत. या मूर्तींच्या समोर गणपती, विठ्ठल-रुक्मिणी व हनुमान यांच्या पितळी उत्सवमूर्ती आहेत. मुख्य गर्भगृहाच्या उजवीकडील उपगर्भगृहात संकटमोचन हनुमानाची, तर डावीकडील गर्भगृहात गणेशाची मूर्ती आहे. येथील गर्भगृहांवर घुमटाकार शिखरे आहेत.
या मंदिरात आषाढी आणि कार्तिकी एकादशी, तसेच दत्त जयंती, गणेश चतुर्थी यांसारखे उत्सव मोठ्या उत्साहाने साजरे केले जातात. कार्तिक अष्टमी ते चतुर्दशी या काळात चालणारा या देवस्थानचा भव्य दिंडी महोत्सव हे मडगावचे धार्मिक भूषण मानले जाते. त्याची गणना गोव्यातील एका महत्त्वाच्या उत्सवात केली जाते. या दिंडी महोत्सवाचा प्रारंभ १९०९ मध्येच झाला होता. त्या वर्षी सर्वप्रथम आषाढी त्रयोदशीच्या दिवशी हरिनामाच्या घोषात आणि टाळमृदुंगाच्या गजरात विठ्ठल-रखुमाईची पालखी हरिमंदिरातून निघून दामोदार साळ मंदिरात नेण्यात आली. तेथून ती केसरकर वाड्यातील विठ्ठल मंदिरात जाऊन दुसऱ्या दिवशी परत हरिमंदिरात आणण्यात आली. तेव्हापासून या दिंडीची परंपरा सुरू झाली आहे. मात्र आषाढातील चिंब पावसाने उत्सवात व्यत्यय येऊ नये, यासाठी आषाढी ऐवजी आता कार्तिकी त्रयोदशीला मुख्य दिंडी उत्सव साजरा केला जातो. यात आता दामबाब चौकामध्ये दिंडीचे रिंगणही होते.
मुख्य दिंडी उत्सव त्रयोदशीला साजरा करण्यामागील कारण असे सांगण्यात येते की एकदा येथील काही वारकरी पंढरपूरच्या आषाढी वारीस निघाले असता पोर्तुगीज अधिकाऱ्यांनी त्यांना सीमेवरच अडवले. ते तेथून परतले तो दिवस त्रयोदशीचा होता. म्हणून दिंडी उत्सवासाठी तोच दिवस निवडण्यात आला. या महोत्सवात विविध धार्मिक आणि सांस्कृतिक कार्यक्रम साजरे केले जातात. गोवा सरकारच्या पर्यटन विभागाने राज्यातील ११ मंदिरांची पर्यटन प्रसारासाठी निवड केली आहे. त्यात या मंदिराचाही समावेश आहे. याच प्रमाणे येथील दिंडी महोत्सवाला राज्य सरकारने राज्य दिंडी महोत्सव म्हणून जाहीर केले आहे. यामुळे या महोत्सवात हजारो भाविकांप्रमाणेच मोठ्या प्रमाणावर पर्यटकही सहभागी होत असतात. दररोज दुपारी १२.३० व रात्री ८.१५ वाजता मंदिरात आरती होते. सकाळी ६ ते दुपारी १ व सायंकाळी ४ ते रात्री ९ वाजेपर्यंत भाविकांना या मंदिरात देवाचे दर्शन घेता येते.
