पश्चिम सीमेच्या रक्षणासाठी बलशाली नौदलाची आवश्यकता आहे, हे ओळखणारे पहिले राजे म्हणून छत्रपती शिवाजी महाराज यांचे नाव घेतले जाते. आरमारास बळकटीकरणाची गरज ओळखून महाराजांनी अलिबागजवळील समुद्रात नवघर या खडकाळ बेटावर किल्ला बांधण्याचा संकल्प केला. शिवाजी महाराजांच्या अखेरच्या काळात प्रारंभ व त्यांच्या निधनानंतर पूर्ण, असा या कुलाबा किल्ल्याचा कालखंड (मार्च १६८० ते जून १६८१) आहे. पर्यटक व इतिहासप्रेमींच्या आकर्षणाचा भाग असलेला हा किल्ला सध्या डागडुजीअभावी जीर्ण झाला असला तरी येथे असलेले गणेश मंदिर मात्र सुस्थितीत व भक्कम उभे आहे.
रियासतकार गो. स. सरदेसाई यांच्या मते, जंजिऱ्याचे हबशी आणि 
पोर्तुगीजांवर वचक राहावा म्हणून शिवाजी महाराजांनी अलिबागजवळील समुद्रात असलेल्या खडकावर किल्ला बांधून त्यास कुलाबा हे नाव दिले. सतराव्या–अठराव्या शतकातील सुप्रसिद्ध मुसलमान इतिहासकार खाफीखान याने त्याच्या ‘मुन्तखबुल्लुबाब’ या ग्रंथातही कुलाबा किल्ला शिवाजी महाराजांनी बांधल्याचा उल्लेख केला आहे. पुढे हा किल्ला मराठ्यांच्या आरमाराचे उत्तर कोकणातील मुख्य ठाणे बनला. संभाजी महाराजांच्या कारकिर्दीत कुलाबा किल्ल्याचे हवालदार म्हणून जानोजी फर्जंद व नागोजी यांची तसेच मुजुमदार म्हणून अंताजी भास्कर यांची नेमणूक झाली होती.
सतराव्या शतकाच्या अखेरीस आंग्र्यांच्या काळात या किल्ल्याला विशेष महत्त्व प्राप्त झाले होते. आंग्र्यांचे मूळ पुरुष असलेले तुकोजी संकपाळ यांना शिवाजी महाराजांनी मोठ्या आरमारी हुद्द्यावर नेमले होते. त्यांच्याच वंशातील कान्होजी आंग्रे हे उत्तम दर्यावर्दी व पराक्रमी वीर म्हणून ख्यातकीर्त आहेत. त्यांनी कुलाबा, सुवर्णदुर्ग व विजयदुर्ग ही मराठ्यांची मुख्य आरमारी ठाणी बनवून मुंबईपासून गोव्यापर्यंत सागरी वर्चस्व तयार केले. 
कान्होजी आंग्रे यांनी १६९७ मध्ये कुलाबा हे आपले मुख्य ठाणे बनवले. सिद्दी जौहर याने १६९८ मध्ये, तसेच १७०१ मध्ये कुलाबा किल्ल्यावर हल्ला केला होता; परंतु कान्होजी यांनी तो हाणून पाडला. त्याच प्रमाणे १७ जून १७१८ रोजी इंग्रजांनी कुलाब्यावर स्वारी केली होती. त्यानंतर १७२० मध्ये त्यांनी पोर्तुगीजांशी युती करून कुलाब्यावर हल्ला चढवला होता; परंतु या दोन्ही आरमारी युद्धांत कान्होजींनी इंग्रज व पोर्तुगीजांचा दारुण पराभव केला.
कुलाबा किल्ला अलिबागजवळ मुख्य भूमीपासून सुमारे एक किलोमीटर अंतरावरील खडकावर बांधण्यात आला आहे. किल्ल्याच्या तटाची उंची बाहेरून सुमारे नऊ मीटर आहे व त्यात १७ बुरूज आहेत. किल्ल्याचा मुख्य दरवाजा ईशान्येस, तर लहान दरवाजा दक्षिणेस आहे. या किल्ल्यात पाण्याच्या व्यवस्थेसाठी ३५ बाय ३२ मीटर आकाराची पुष्करणी आहे. तिच्या पश्चिमेकडे 
थोरले रघुजी आंग्रे यांच्या कार्यकाळात इ.स. १७४९ मध्ये गणेश मंदिराची स्थापना करण्यात आली. ते गणेश पंचायतन वा सिद्धिविनायक मंदिर म्हणून प्रसिद्ध आहे. दगडी तटबंदीत असलेली ही मंदिराची वास्तू मुस्लिम स्थापत्यशैलीनुसार बांधण्यात आली आहे. दगडी चिऱ्यांचा वापर करून बांधण्यात आलेले हे मंदिर जमिनीपासून काहीसे उंचीवर आहे.
तटबंदीतील प्रवेशद्वारातून मंदिरात जाण्यासाठी सहा दगडी पायऱ्या चढून जावे लागते. या पायऱ्यांच्या दोन्ही बाजूंकडील भिंतीवर दगडांवर कोरलेली नक्षीदार किनार आहे. 
सभामंडप व गर्भगृह अशी मंदिराची रचना आहे. येथील सभामंडप षटकोनी व गर्भगृह अष्टकोनी आहेत. सभामंडपावर मुस्लिम वास्तुशिल्पाप्रमाणे घुमट आहे. सभामंडपाच्या मध्यभागी कासवाची मूर्ती आहे व पुढील बाजूस प्रदक्षिणा मार्ग सोडून गर्भगृह आहे. येथील गर्भगृहाचे प्रवेशद्वार हेमाडपंती मंदिरशैलीप्रमाणे कोरीव आहे. प्रवेशद्वाराच्या खाली कीर्तिमुख व दोन बाजूला व्याघ्रमुखे आहेत. या प्रवेशद्वारावरील द्वारपट्ट्या एकात एक गुंफलेल्या भासतात. यातील आतील बाजूच्या पट्टीवर फुलांच्या माळा कोरलेल्या आहेत, तर त्याला लागूनच असलेल्या मध्यपट्टीवर डाव्या बाजूस कार्तिकस्वामी व उजव्या बाजूस गणपती यांच्या प्रतिमा आहेत. त्याखाली फुलांची नक्षी व त्याहीखाली द्वारपाल आहेत. येथील ललाटबिंबावर गणेशाची मूर्ती आहे व त्यावरील भागात वैशिष्ट्यपूर्ण असे बारीक तोरणांचे कोरीव काम आहे.
अष्टकोनी गर्भगृहात एका वज्रपीठावर मध्यभागी गणपती व दोन्ही बाजूस सांब व विष्णू यांच्या मूर्ती आहेत. मागील बाजूस सूर्य आणि देवी अशा एकूण पाच मूर्ती आहेत. गर्भगृहातील गणेशाची संगमरवरी मुख्यमूर्ती ही दोन फूट उंचीची व उजव्या सोंडेची आहे. सिंहासनाधिष्ठीत व दोन्ही पाय जवळ घेऊन पद्मासनात बसलेली अशी ही मूर्ती आहे. शिरावर जरीटोप, हातांत अक्षमाला, कमळ, परळ व मोदक आहेत. दोन्ही बाजूंस रिद्धी–सिद्धी व सिंहासनाजवळ मूषकराज आहे. मूर्तीसमोर दोन पादुका आहेत. गणेशमूर्तीच्या समोर उजव्या बाजूस अक्षमाला, नाग, डमरू धारण केलेली शिवमूर्ती, तर मागील बाजूस कमळे धारण केलेली चतुर्भुज सूर्यमूर्ती आहे. गणेशमूर्तीच्या डाव्या बाजूस महिषासुरमर्दिनीची अष्टभुजा मूर्ती आहे. परळ, त्रिशूल, चाप, तलवार, ढाल, 
नाग, पेला धारण केलेल्या देवीने एका हाताने दैत्याची शेंडी पकडलेली आहे. गणेशमूर्तीच्या डाव्या बाजूला विष्णूची मूर्ती आहे.
मंदिराच्या दोन्ही घुमटांवर साधू–संतांच्या मूर्ती आहेत. येथील बंदिस्त आवार प्रशस्त आहे. आवारात पूर्वाभिमुख तीन मंदिरे आहेत. मधले गणेशाचे, डावीकडील राघवेश्वर महादेवाचे, तर उजवीकडील हनुमंताचे आहे. या मंदिरातील हनुमानाची मूर्ती ९० सेंमी उंचीची आहे. चैत्र पौर्णिमेला (हनुमान जयंती) येथे मोठी यात्रा असते. गणपती व महादेव मंदिरांसमोर खाली गायमुख असलेले दगडी तुळशी वृंदावन आहे. मंदिरांसमोर पुष्करणी आहे. किल्ल्यावरील हा सर्वात मोठा गोड्या पाण्याचा साठा आहे. सर्व बाजूंनी खाऱ्या पाण्याने वेढले असताना या पुष्करणीत मुबलक गोडे पाणी उपलब्ध असते.
कुलाबा किल्ला हा पाण्यामध्ये असल्यामुळे भरती ओहोटीच्या वेळेनुसार येथे व सिद्धिविनायकाच्या दर्शनासाठी येता येते. किल्ल्यावरील या मंदिरात दर्शनासाठी तिथीनुसार वेगवेगळ्या वेळा आहेत, त्या पुढीलप्रमाणे : प्रतिपदा (दुपारी ३.४५ ते सायंकाळी ६.४५), द्वितीया (सायंकाळी ४.३० ते ७.३०), तृतीया (सकाळी ५.१५ ते ८.१५), चतुर्थी (सकाळी ६ ते रात्री ९), पंचमी (सकाळी ६.४५ ते ९.४५), सप्तमी (सकाळी ८.१५ ते ११.१५), अष्टमी (सकाळी ९ ते दुपारी १२), नवमी (सकाळी ९.४५ ते दुपारी १२.४५), दशमी (सकाळी १०.३० ते दुपारी १.३०), एकादशी (सकाळी ११.१५ ते दुपारी २.१५), द्वादशी (दुपारी १२ ते ३), त्रयोदशी (दुपारी १२.४५ ते ३.४५), चतुर्दशी (दुपारी १.३० ते सायंकाळी ४.३०), अमावस्या / पौर्णिमा (दुपारी २.१५ ते सायंकाळी ५.१५) या वेळेत किनाऱ्यापासून साधारणतः १५ मिनिटे चालून भाविकांना कुलाबा किल्ल्यातील या मंदिरात येता येते. प्रत्येक मंगळवारी व संकष्टी चतुर्थीला या मंदिरात गणेशाचे दर्शन घेण्यासाठी भाविकांची गर्दी असते.
या मंदिराशिवाय किल्ल्यात पद्मावती देवीचे मंदिर आहे. त्यात ४० सेंमी उंच पद्मावती देवीची मूर्ती आहे. या मंदिराच्या दक्षिणेला गुळबाई म्हणजेच महिषासूरमर्दिनी देवीचे मंदिर आहे. त्यातील मूर्ती सुमारे एक मीटर उंचीची आहे. हिला गोळावती देवी असेही म्हणतात.
