बाराव्या शतकानंतर हिंदू धर्मात वैचारिक आणि सामाजिक परिवर्तनाची सुरुवात झाली. चक्रधरांचा महानुभाव पंथ, संत ज्ञानेश्वरांनी स्थापन केलेला भागवत संप्रदाय, मच्छिंद्रनाथांनी स्थापन केलेला नाथ संप्रदाय, बसवेश्वरांचा लिंगायत संप्रदाय आदी अनेक धर्मसंप्रदायांचा उदय झाला. याच परंपरेतील एक संत म्हणजे शिर्डीचे साईबाबा होत. जाती आणि धर्माच्या पलीकडे जाऊन माणसाला माणूस म्हणून जगण्याचा मंत्र देणाऱ्या साईबाबांची शेकडो मंदिरे आज देशभरात आहेत. त्यापैकीच एक प्रसिद्ध मंदिर ठाण्यातील वर्तकनगर येथे आहे. ‘प्रतिशिर्डी’ म्हणून ओळखल्या जाणाऱ्या या मंदिरात रोज शेकडो भक्त साईबाबांच्या दर्शनासाठी येतात.
‘सब का मालिक एक’ या परमसत्याचा प्रचार करून परधर्मसहिष्णुतेचा सद्विचार दृढ करणाऱ्या शिर्डीच्या साईबाबांवर हिंदू, मुस्लिम, पारशी, शीख, जैन अशा सर्वच धर्म आणि पंथांतील कोट्यवधी लोकांची श्रद्धा आहे. त्यांचा इतिहास असा सांगितला जातो की त्यांचा जन्म १८३८ साली परभणी जिल्ह्यातील पाथरी येथे झाला. स्वतः साईबाबांचा सहवास लाभलेले गोविंद रघुनाथ दाभोळकर यांच्या १९३० मध्ये प्रसिद्ध झालेल्या साई चरित्रातही ही बाब नमूद असल्याचे सांगण्यात येते. 
मात्र साईबाबांचे नेमके जन्मस्थळ, तसेच पूर्वायुष्य अज्ञात असल्याची शिर्डीच्या साई संस्थानची भूमिका आहे. पाथरी येथील अभ्यासकांच्या म्हणण्यानुसार, साईबाबांचे मूळ नाव हरिभाऊ भुसारी असे होते. त्यांच्या वडिलांनी त्यांना लहानपणीच एका फकिराच्या झोळीत टाकले होते. साईबाबांचे मोठे बंधूही एक फकीर होते. बाबांवर त्यांचा प्रभाव होता.
वयाच्या अठराव्या वर्षी साईबाबा शिर्डीमध्ये आले. शिर्डी हीच त्यांची कर्मभूमी होती. तेथील एका पडक्या मशिदीत ते वास्तव्य करत असत. त्यांच्या चरित्रग्रंथांतून चमत्कारकथांना महत्त्व देण्यात येत असले, तरी श्रद्धा आणि सबुरी, प्रेम आणि क्षमा, दया आणि आत्मशांती या तत्त्वांचा त्यांनी केलेला उपदेश अधिक महत्त्वाचा मानला जातो. सर्व धर्म हे अंतिमतः एकाच परमेश्वराकडे नेतात ही त्यांची शिकवण आजही त्यांचे खरे भक्त मनापासून अंगीकारतात. त्यांनी १५ ऑक्टोबर १९१८ रोजी शिर्डीत समाधी घेतली. यानंतर कविलगाव (ता. कुडाळ, जि. सिंधुदुर्ग) येथील रामचंद्र माड्येबुवा यांनी १९२२ मध्ये प्रथम तेथे साईबाबांची मूर्ती प्रतिष्ठापित केली. त्यानंतर १९५४ मध्ये शिर्डीतील साईबाबांच्या समाधी मंदिरात, आजही तेथे विराजमान असलेल्या बाबांच्या मूर्तीची प्रतिष्ठापना करण्यात आली. यानंतर साईबाबांच्या मूर्ती अनेक ठिकाणी प्रतिष्ठापित करून त्यांची मंदिरे उभारण्यात आली.
वर्तकनगर येथील साईबाबांचे मंदिर हे त्यांपैकीच एक.
या मंदिराचा इतिहास साधारण १९८० च्या दशकापासून सुरू होतो. स्वातंत्र्यानंतरच्या पहिल्या दोन दशकांतच ठाण्याचे एक उपनगर म्हणून वर्तकनगरची वसाहत आकारास येऊ लागली. कोकण हाऊसिंग बोर्डाच्या इमारतींनी अनेक ठाणेकरांना त्या काळी उच्चभ्रू राहणीमानाचा अनुभव दिला. ऐंशीच्या दशकात येथील लोकसंख्येत मोठी वाढ झाली. त्या काळात परिसरातील काही साईभक्तांनी एकत्र येत येथे साईबाबांचे एक लहानसे पूजास्थळ उभारले. सुरुवातीला जेमतेम एक गुंठा जागेत असलेले हे छोटेसे स्थळ हळूहळू भव्य मंदिराच्या स्वरूपात विकसित झाले. साईबाबांवर अपार श्रद्धा असणाऱ्या स्थानिक भक्तांनी या मंदिराच्या उभारणीसाठी जमेल तशी आर्थिक मदत केली आणि मोठ्या प्रमाणावर श्रमदानही केले. पुढे या छोट्या मंदिराच्या जागी भव्य वास्तू उभारण्याचा संकल्प वर्तकनगर येथील श्री साईनाथ सेवा समितीच्या पदाधिकाऱ्यांनी केला आणि लोकसहभागातून सध्याचे नवे मंदिर साकारण्यात आले. आज हे भव्य मंदिर सुमारे पाच हजार चौरस फूट जागेत पसरलेले आहे.
या मंदिरात २७ नोव्हेंबर १९८६ रोजी रत्नाकर महाराज (बदलापूरकर) यांच्या हस्ते साईबाबांच्या मूर्तीची विधिपूर्वक प्राणप्रतिष्ठा करण्यात आली. ही मूर्ती शिर्डीच्या मंदिरात असलेल्या साईबाबांच्या मूर्तीचे प्रतिरूप आहे. मूर्तीच्या भोवती असलेली सजावट, पूजापद्धती आणि इतर बहुसंख्य गोष्टी शिर्डीच्या धर्तीवरच असाव्यात, असा भक्तांचा आग्रह होता. तो प्रत्यक्षात उतरल्यामुळेच या मंदिराला ‘प्रतिशिर्डी’ हे नामाभिधान प्राप्त झाले आहे.
हे मंदिर अगदी भरवस्तीत उंच इमारतींच्या मध्ये वसलेले असले, तरी मंदिराचा आतील परिसर मोठा आहे. या ठिकाणची मुख्य कमान पार केल्यानंतर मंदिराच्या प्रांगणात प्रवेश होतो. प्रांगणात डावीकडे शिर्डीप्रमाणेच सतत प्रज्वलित असणारी पवित्र धुनी आहे. या धुनीच्या शेजारी उंच दीपमाळ आहे. या दीपमाळेचे वेगळेपण म्हणजे तिच्या वरच्या टोकावर नंदादीपासारखी सुंदर रचना आहे. त्याच्यापुढे मंदिराच्या प्रवेशद्वाराच्या दोन्ही बाजूंना असलेले दोन गजराज भाविकांचे स्वागत करतात. या मंदिराची रचना प्रामुख्याने दर्शनमंडप, सभामंडप आणि गर्भगृह अशी आहे. दर्शनमंडपात एका चौथऱ्यावर नंदीची मूर्ती व त्यासमोर कासवशिल्प आहे. 
सभामंडपाच्या प्रवेशद्वाराच्या द्वारपट्टीवर आकर्षक नक्षीकाम आहे आणि खाली दोन्ही बाजूंना द्वारपाल कोरण्यात आलेले आहेत. या प्रवेशद्वाराच्या ललाटबिंबस्थानी गणेशाचे शिल्प आहे. सभामंडपात प्रवेश करण्यासाठी तीन दरवाजे आहेत.
प्रशस्त सभामंडपाच्या पुढील बाजूला प्रदक्षिणा मार्ग सोडून असलेल्या गर्भगृहासमोरील चौथऱ्यावर साईबाबांच्या पवित्र पादुका आहेत. मंदिराचे मुख्य गर्भगृह आणि साईबाबांचे सिंहासन कलाकुसर केलेल्या सोनेरी पत्र्याने मढवण्यात आलेले आहे. येथे साईबाबांची पाच फूट तीन इंच उंचीची सिंहासनाधिष्ठित मूर्ती विराजमान आहे. अलीकडेच एका श्रद्धाळू भाविकाने या मूर्तीला २५० ग्रॅम सोन्याचा मुकुट अर्पण केला आहे. मूर्तीच्या डाव्या बाजूला साईबाबांची एक मोठी प्रतिमा आहे. गर्भगृहाच्या मागच्या बाजूला काही पायऱ्या उतरून आल्यावर एका खोलीत साईबाबांचा पलंग आणि इतर वापरातील वस्तू ठेवलेल्या आहेत. येथील एकूण रचना शिर्डीतील ‘चावडी’ आणि ‘द्वारकामाई’प्रमाणे आहे. मुख्य मंदिराच्या डाव्या आणि उजव्या बाजूला नागदेवता, महापुरुष, दत्तपादुका, गणपती, महादेव, हनुमान, शनिदेव आणि दुर्गामाता या देवी-देवतांची स्वतंत्र स्थाने आहेत. 
मंदिराच्या शेजारी असलेल्या मंडपाच्या भिंतीवर साईबाबांच्या आयुष्यातील अनेक प्रसंग चित्रांच्या माध्यमातून दाखवण्यात आले आहेत. या परिसरातच सर्व सुविधांनी सज्ज असलेले एक सभागृह उभारण्यात आले आहे. हे सभागृह विविध सामाजिक आणि धार्मिक कार्यक्रमांसाठी उपलब्ध केले जाते.
या मंदिरात दररोज पहाटे ४.३० वाजल्यापासून रात्री १०.३० वाजेपर्यंत भाविकांना दर्शनासाठी प्रवेश दिला जातो. येथे दररोज काकडआरती, अभिषेक, मध्यान्ह आरती, धूपआरती, शेजारती, भजन, कीर्तन आणि साईचरित्र पठण यांसारखे कार्यक्रम नियमाने पार पडतात. दरवर्षी नोव्हेंबर महिन्यात मंदिराचा वर्धापनदिन सोहळा येथे भव्य स्वरूपात साजरा केला जातो. या दिवशी संपूर्ण परिसराला एखाद्या मोठ्या जत्रेचे स्वरूप प्राप्त होते. यावेळी मंदिर परिसर आकर्षक रोषणाईने उजळून निघतो. सोहळ्याच्या पहिल्या दिवशी सकाळी सव्वापाचच्या सुमारास काकडआरती झाल्यावर यजमानांच्या हस्ते साईबाबांची विशेष पूजा होते. या दिवशी विष्णुयाग, पूर्णाहुती, भजन आणि साईचरित्र पठण यांसारख्या विविध कार्यक्रमांचे आयोजन करण्यात येते. उत्सवाच्या निमित्ताने मंदिर परिसरातून साईबाबांची मिरवणूक काढली जाते. या मिरवणुकीत आकर्षक देखावे सादर केले जातात, तसेच लेझिम पथके आणि भजनी मंडळेही या मिरवणुकीत मोठ्या उत्साहाने सहभागी होतात. या वर्धापनदिन सोहळ्यानिमित्त हजारो भाविक रांगेत उभे राहून साईबाबांचे दर्शन घेतात. दर्शनासाठी येणाऱ्या प्रत्येक भाविकाला प्रसाद म्हणून लाडू दिले जातात. त्यासाठी मंदिराकडून सुमारे १५ टन लाडू बनवले जातात. याशिवाय विश्रांतीसाठी असलेल्या मोकळ्या जागेत भाविकांसाठी महाप्रसादाचेही भव्य आयोजन केले जाते. याशिवाय दर गुरुवारी सांजआरतीनंतर उपस्थित भाविकांना येथे झुणका भाकरीचा प्रसाद दिला जातो.
