या मंदिराची अख्यायिका अशी की प्राचीन काळी या भागावर राज्य करणारा नळराजा येथील नळदुर्ग किल्ल्यात राहत होता. त्याची पट्टराणी दमयंती खंडोबाची भक्त होती. तिच्या भक्तीने प्रसन्न होऊन बिद्दर (कर्नाटक) येथील आदीमैलार मंदिरातून देव नळदुर्गला नदी किनारी असलेल्या मंदिरात आले. परंतु पुढील काळात त्या मंदिराचे पावित्र्य नष्ट झाल्याने देव अणदूर येथे आले. देवाने आपले नळदुर्ग सोडू नये, अशी भक्तांनी विनंती केल्यावर मी वर्षातील पावणे दोन महिने नळदुर्ग स्थानी निवासी असेन, असे देवाने वचन दिले व ती परंपरा आजही सुरू आहे.
महाराष्ट्राचे कुलदैवत म्हणून खंडोबाची ओळख आहे. महाराष्ट्र व आसपासच्या राज्यात खंडोबाची लहान मोठी ६०० हून अधिक मंदिरे आहेत. जेजुरीचा खंडोबा, पालीचा खंडोबा, मैलारपूरचा खंडोबा आदी खंडोबाची प्रसिद्ध मंदिरे आहेत. असेच एक प्रसिद्ध मंदिर तुळजापूर तालुक्यातील अणदूर येथे आहे. येथील खंडोबा वर्षातून पावणे दोन महिन्यांसाठी नळदुर्ग येथील मंदिरात जातो. तसा लिखित स्वरूपाचा करार दोन्ही गावातील ग्रामस्थांमध्ये झालेला आहे. शेकडो वर्षांपासून ही परंपरा आजही कायम आहे. मंदिरे बदलणारा हा जागृत खंडोबा नवसाला पावतो, अशी भाविकांची श्रद्धा आहे.
हेमाडपंती स्थापत्यशैलीचे दगडी बांधकाम असलेले हे मंदिर सोळाव्या शतकातील असल्याचे येथील शिलालेखावरून स्पष्ट होते. असे सांगितले जाते की छत्रपती शाहू महाराजांनी या मंदिरास व येथील पुजारी वर्गास इनामी जमिनी दिल्या होत्या. नळदुर्ग गावापासून दोन किलोमीटर अंतरावर असलेल्या अणदूर गावाच्या मध्यवर्ती ठिकाणी खंडोबाचे हे प्रसिद्ध मंदिर आहे. मंदिराकडे जाणाऱ्या रस्त्याच्या दोन्ही बाजूने प्रसाद व पुजा साहित्य विक्रीची दुकाने आहेत. मंदिराभोवती भक्कम तटबंदी आहे. या तटबंदीत मंदिराच्या दर्शनी भागात छत्रपती शाहू महाराज प्रवेशद्वार व मागील बाजूला राजमाता जिजामाता भोसले प्रवेशद्वार अशी दोन मोठी प्रवेशद्वारे आहेत. शाहू महाराज प्रवेशद्वाराच्या दोन्ही बाजूला पहारेकरी आसने व त्यावरील भिंतीवर दोन्ही बाजूला चौकोनांत कमळ फुलांच्या नक्षी आहेत.
प्रवेशद्वाराच्या भिंतीत वर दोन्ही बाजूला गरुड व मारूती शिल्पे आहेत. छतावरील कठड्यात चारही बाजूंना विविध नक्षी व कोपऱ्यांत लघू शिखरे आहेत.
प्रवेशद्वाराच्या द्वारशाखांवर वेलबुट्टी, पर्णलता, पुष्पलता नक्षी व ललाटबिंबावर गणपतीची मूर्ती आहे. प्रवेशद्वाराच्या नक्षीदार मंडारकावर दोन्ही बाजूला कीर्तीमुखे व मध्यभागी चंद्रशिला आहे. उत्तरांगेवरील तोरणात छत्रनक्षी आहेत. या प्रवेशद्वाराच्या मागच्या बाजूला दोन व्याघ्र शिल्पे व त्यांच्यामध्ये यंत्र कोरलेला आहे. असे सांगितले जाते की भूतबाधा झालेल्या व्यक्तीस या यंत्राखाली उभे करून यंत्रावर पाणी सोडल्यास व्यक्तीची बाधा दूर होते. प्रवेशद्वाराच्या दोन्ही बाजूला पहारेकरी कक्ष आहेत. प्रवेशद्वाराच्या उजव्या बाजूला मारुतीचे मंदिर आहे. या मंदिराच्या दर्शनी भिंतीवरही यंत्र कोरलेले आहे. या भिंतीला पाठ टेकवल्यास पिडा नाहीशी होते, अशी भाविकांची श्रद्धा आहे.
मंदिराच्या फरसबंदी प्रांगणात नंदीमंडप आहे. सुमारे तीन फूट उंच चौथऱ्यावर चारही कोनांवर एकमेकांना कमानीने जोडलेले चार स्तंभ व त्यावर छत असे नंदीमंडपाचे स्वरूप आहे. नंदीमंडपाच्या समोरील बाजूच्या दोन स्तंभांवर गरुड व हनुमान यांची शिल्पे आहेत. नंदीमंडपात नंदीची काळ्या पाषाणातील मूर्ती आहे. नंदीच्या पाठीवर झुल व गळ्यात घुंगरमाळा कोरलेल्या आहेत. प्रांगणात पाषाण बांधणीच्या पाच दीपमाळा आहेत.
मंदिराचा सभामंडप अर्धखुल्या स्वरूपाचा आहे व त्याला तीन प्रवेशद्वारे आहेत. प्रवेशद्वाराच्या दोन्ही बाजूला कठड्यांवर बाह्य बाजूस व्याघ्रशिल्पे कोरलेली आहेत. संपूर्ण कठड्यावर विविध आकारातील कमळ फुलांच्या नक्षी आहेत. प्रवेशद्वाराच्या वरील तुळईवर विविध आकारातील नाग शिल्पे कोरलेली आहेत. सभामंडपात भाविकांना बसण्यासाठी कक्षासने आहेत. सभामंडपात एकूण २० स्तंभ आहेत. सर्व स्तंभ चौकोनी स्तंभपादावर उभे आहेत. स्तंभदंडाचा खालील सुमारे चार फूट भाग चौकोनी आहे व त्यावर विविध प्रकारच्या नक्षी आहेत. स्तंभदंडाच्या वरील सुमारे तीन फूट भागात षट्कोन, अष्टकोन, वर्तुळ असे विविध भौमितिक आकार आहेत. 
स्तंभांच्या शीर्षभागी चौकोनी कणी, त्यावर हस्त व हस्तांवर नाग शिल्पे कोरलेली आहेत. प्रत्येक चार स्तंभांच्या मध्ये अष्टकोनी वितानावर वेगवेगळ्या आकारातील कमळ फुलांच्या नक्षी आहेत.
पुढे अंतराळाचे प्रवेशद्वार आहे. द्वारशाखांवर उभ्या धारेची नक्षी व ललाटबिंबावर गणेशमूर्ती आहे. मंडारकास चंद्रशिला, त्यावर कीर्तीमुख व दोन्ही बाजूला चक्रनक्षी आहेत. प्रवेशद्वारास पितळी पत्र्याचे आच्छादन केलेले आहे. अंतराळात मध्यभागी चार नक्षीदार स्तंभ आहेत. या स्तंभांच्या हस्तांवर नाग नक्षी अशा प्रकारे कोरलेल्या आहेत की जणू छताचा सर्व भार नागफण्यावर तोललेला आहे, असे भासते. येथील छतातील अष्टकोनी वितानावर चक्राकार पद्मफुले कोरलेली आहेत. अंतराळात उजव्या बाजूला पलंग महाल हे देवाचे शयन कक्ष आहे. गर्भगृहापासून ते पलंग महालापर्यंत रोज रात्री पायघड्या घालून देवांना शयन कक्षातील पलंगावर झोपवले जाते. अंतराळात डाव्या बाजूला जमादारखाना कक्ष आहे. यामध्ये देवीची वस्त्रे व अलंकार ठेवले जातात.
पुढे गर्भगृहाचे प्रवेशद्वार आहे. गर्भगृहात चांदीचा मखर आहे. मखरास नक्षीदार महिरपी कमानींनी जोडलेले चांदीचे चार स्तंभ व त्यावर घुमटाकार शिखर आहे. मखरात वज्रपिठावर पिंडी व त्यावर खंडोबा देवाचा चांदीचा मुखवटा आहे. देवाच्या पुढ्यात पितळी घोडा आहे. देवाच्या मागे असलेल्या चांदीच्या प्रभावळीवर मध्यभागी पाचफणी नाग व वर कीर्तीमुख आहे. मखराच्या डाव्या बाजूला वज्रपिठावर म्हाळसा देवीची उभ्या स्वरूपातील संगमरवरी मूर्ती आहे. देवाच्या उजव्या बाजूला देवाच्या प्रधानांची उभ्या स्वरूपातील संगमरवरी द्विभूज मूर्ती आहे. या मूर्तीच्या डोक्यावर मुकुट व उजव्या हातात तलवार आहे.
सभामंडपाच्या छतावर सभोवतीने कठडा आहे. कठड्यात तिन्ही प्रवेशद्वारांच्यावर देवकोष्टके आहेत. त्यातील दर्शनी देवकोष्टकात अश्वारुढ खंडोबा व म्हाळसा राक्षसांचा संहार करीत असलेले शिल्प आहे. उजव्या बाजूच्या देवकोष्टकात दत्तात्रयांची मूर्ती आहे. गर्भगृहाच्या छतावर चारही कोनांवर लघू शिखरे आहेत. मध्यभागी भूमीज शैलीतील तीन थरांचे चौकोनी शिखर आहे. शिखराच्या सर्व थरांत चारही बाजूंना देवकोष्टके आहेत. त्यांत खंडोबाची व इतर देवतांची विविध रूपातील शिल्पे आहेत. शिखरात शीर्षभागी आमलक व त्यावर कळस आहे. हे शिखर नव्याने बांधलेले आहे. असे सांगितले जाते की पूर्वी गर्भगृहाच्या छतावर चार मिनार होते. या मंदिराच्या बाजूला नृसिंह मंदिर आहे. येथील वज्रपिठावरील पाषाणी मखरात नृसिंह देवाची हिरण्यकश्यपूचा वध करत असलेली प्राचीन पाषाण मूर्ती आहे. मंदिराच्या प्रांगणात शाळेची इमारत आहे. राजमाता जिजामाता प्रवेशद्वाराच्या उजव्या बाजूला महादेवाचे मंदिर आहे.
पौष पौर्णिमा हा येथील मुख्य वार्षिक उत्सव मोठ्या उत्साहाने साजरा केला जातो. खंडोबा व म्हाळसा देवीच्या विवाहाची वरात म्हणून या दिवशी छबीना काढला जातो. या दिवशी अणदूर येथील मंदिरातून दोन अश्व ढोल ताशांच्या गजरात गुलाल उधळीत मानाच्या काठ्यांसहित मैलारपूर येथे जातात. तेथील जून्या व नव्या मंदिरांना प्रदक्षिणा घालून नवा करार केला जातो व तेथून देव पुन्हा सव्वा दहा महिन्यांसाठी अणदूर येथे येतात. सोमवती अमावस्या, सर्व पौर्णिमा, अमावस्या, सोमवार व रविवार या दिवशी मंदिरात भाविकांची गर्दी असते.
