पहिले बाजीराव पेशवे यांचे धाकटे बंधू चिमाजी बल्लाळ ऊर्फ चिमाजी अप्पा यांनी राज्यातील अनेक मंदिरांचा जीर्णोद्धार तसेच काही मंदिरांतील मूर्ती नव्याने घडवण्याचा संकल्प केला. ऐतिहासिक भिवंडीतील तीनशे वर्षांहूनही जुने असलेले प्रभू आळीतील गणपती मंदिर (चांद्रसेनीय कायस्थ प्रभू गणपती मंदिर) हे त्यापैकीच एक आहे. पूर्वी वाड्याचे स्वरूप असलेल्या या मंदिराच्या वास्तूला जीर्णोद्धारानंतर आधुनिक स्वरूप आले आहे. भक्तांच्या हाकेला धावून जाणारा, अशी या गणेशाची ख्याती आहे. त्यामुळे दररोज शेकडो भाविक या मंदिरात दर्शनासाठी येथे येतात.
प्रभू आळीतील मंडई गणेश म्हणून प्रसिद्ध असलेल्या येथील गणेशाची ओळख पूर्वी टेकडीवरचा गणपती अशी होती. अखंड काळ्या कातळातील गणेशाच्या मूर्तीला आतासारखे आखीवरेखीव रूप नव्हते. या दगडाला केवळ गणेशाचा आकार होता. हे मंदिर पूर्वी ताम्हणे नावाच्या कुटुंबाची खासगी मालमत्ता होती. परकी आक्रमणापासून देवस्थानांचा बचाव करण्याच्या हेतूने त्या काळात मंदिरांची उभारणी कौलारू वाड्याच्या स्वरूपात केली जात असे. या मंदिराची उभारणीही त्याच स्वरूपाची होती.
वसई मोहिमेवर असताना चिमाजी अप्पा यांनी भिवंडीनजीकच्या अणजूर (अंजूर) येथील सरदार गंगाजी नाईक अणजूरकर यांच्या नाईकवाड्यातील सिद्धिविनायकाचे दर्शन घेतले. त्यानंतर ते
फौजफाट्यासह भिवंडीत आले होते. शहरातील आंबेडकर ग्रंथालयाजवळ पूर्वी दुर्वे वाडा होता. संध्याकाळ झाल्याने चिमाजी अप्पा यांनी रात्रभर त्या वाड्यात मुक्काम केला. सकाळी टेकडीवरील गणपती मंदिराबाबत माहिती मिळाल्यानंतर ते दर्शनासाठी येथे आले. वसईची मोहीम यशस्वी झाल्यास येथील गणेशाच्या मूर्तीला योग्य आकार देऊन मंदिराचा जीर्णोद्धार करेन, असा नवस त्यांनी यावेळी केला. वसई मोहीम यशस्वी झाल्यानंतर ते पुण्याला गेले. त्यावेळी चिमाजी अप्पा यांनी आपल्या विश्वासू सहकाऱ्याला भिवंडीतील टेकडीवरच्या गणपतीला केलेल्या नवसाबाबत सांगितले. त्यानंतर त्या सहकाऱ्याने कुशल कारागीरांकरवी येथील मूर्तीला योग्य आकार देऊन मंदिराचा जीर्णोद्धार केला. वाडास्वरूप कौलारू वास्तू, पुढे आंगण आणि आत सभामंडप असे या मंदिराचे स्वरूप होते.
पुढे ताम्हणे कुटुंबातील एक सदस्य डॉक्टर झाल्यानंतर त्यांनी चांद्रसेनीय कायस्थ प्रभू समाजाला हे मंदिर दान केले. सर्व समाजातील भाविकांसाठी हे मंदिर खुले होते. वेळोवेळी येथील मूर्तीला शेंदूरलेपनही होत होते. ऑगस्ट १९३६ मध्ये गणेश मूर्तीवरील शेंदुराचे कवच गळून पडून मूळ पाषाणातील मूर्ती दिसू लागली. याबाबत माहिती मिळाल्यानंतर शेकडो भाविकांनी भर पावसात मध्यरात्री दोन वाजेपर्यंत रांगा लावून मूर्तीचे दर्शन घेतले होते. काही काळानंतर मूर्तीवर नव्याने शेंदूरलेपन करण्यात आले.
मंदिराच्या देखभालीसाठी १९५६ च्या सुमारास विश्वस्त मंडळाची स्थापना करण्यात आली. पुढे १९८७ मध्ये जुनी वाडास्वरूप वास्तू पाडून मंदिराची दुमजली इमारत बांधण्यात आली. ३० नोव्हेंबर १९८७ रोजी शिवसेनाप्रमुख बाळासाहेब ठाकरे यांच्या उपस्थितीत मंदिराच्या जीर्णोद्धार सोहळ्याची सांगता झाली.
जीर्णोद्धारादरम्यान गणेश मूर्तीची मूळ स्थानापेक्षा थोड्या मागील बाजूस प्रतिष्ठापना करण्यात आली. मूळ मूर्तीच्या जागी समई ठेवली जात असे. जीर्णोद्धारानंतर काही महिन्यांनी अखिल भारतीय गणेश संशोधन मंडळाच्या पदाधिकाऱ्यांनी या मंदिराला भेट दिली. समईच्या जागी मूषकाची स्थापना करण्याची सूचना त्यांनी केली. त्यानुसार २०१४ मध्ये गुढीपाडव्याच्या मुहूर्तावर या पितळी मूषकाची येथे प्रतिष्ठापना तसेच मंदिराचा कळसारोहण सोहळा पार पडला.
प्रभू आळीतील मंडई रिक्षा स्टँडजवळच मंदिराची दुमजली वास्तू आहे. मंदिरासमोर छोटे कारंजे आहे. प्रवेशद्वाराच्या खांबांच्या खालील दोन्ही बाजूंना गजराज कोरण्यात आले आहेत. वरच्या बाजूंना वादकांच्या मूर्ती आहेत. दर्शनमंडप, सभामंडप, गर्भगृह आणि प्रदक्षिणा मार्ग असे या मंदिराचे स्वरूप आहे. सभामंडपातील भिंतींवरील देवकोष्ठकांमध्ये अष्टविनायकांच्या मूर्ती आहेत. सभामंडपात गर्भगृहासमोरील एका चौथऱ्यावर मूषकराज आहे. सभामंडपाच्या पुढील बाजूस प्रदक्षिणा मार्ग सोडून अर्धगोलाकार संगमरवरी वज्रपीठावर गणेशाची शेंदूरचर्चित आकर्षक मूर्ती आहे. 
मूर्तीमागील प्रभावळीवर आकर्षक नक्षीकामात गजराज कोरलेले आहेत. प्रभावळीच्या वरच्या भागात मध्यभागी कीर्तिमुख आहे. गणेशाची मूर्ती सुमारे साडेतीन फूट उंच आहे. शिरावर चांदीचा मुकुट व वरच्या बाजूस चांदीचे छत्र आहे. याशिवाय मूर्तीच्या पायाजवळ चांदीचा मोदक व चांदीचा नारळ आहे. मूर्तीजवळ गणेशाची छोटी मूर्ती तसेच छोटा मूषकही आहे. उत्सवांच्या वेळी मूर्तीला सोन्याच्या विविध दागिन्यांनी मढवण्यात येते.
सकाळी ६ ते दुपारी १ तसेच दुपारी ४ ते रात्री ९.३० या वेळेत हे मंदिर खुले असते. नवसाला पावणारा गणपती, अशी या गणेशाची ख्याती असल्याने दररोज अनेक भाविक येथे दर्शनासाठी येतात. रोज दुपारी १२.३०च्या सुमारास देवाला वरण-भात-पोळी-भाजीचा नैवेद्य दाखवण्यात येतो. सायंकाळी ७ वाजता सांजआरती होते. दर मंगळवारी सकाळी ११.३० वाजता मंदिराबाहेर अन्नदान होते. संकष्टी चतुर्थीला सकाळी ६ वाजता मूर्तीला अभिषेक झाल्यानंतर पूजा व आरती होते. या दिवशी मंदिरात फुलांची सजावट करण्यात येते. दर्शनासाठी येणाऱ्या भाविकांना साबुदाणा खिचडीचा प्रसाद देण्यात येतो. अंगारकी चतुर्थीच्या दिवशी येथे भाविकांची मोठी गर्दी असते.
भाद्रपद महिन्यात येथे दहा दिवस गणेशोत्सव साजरा करण्यात येतो. मंदिराच्या सभामंडपात गणेशाच्या मूर्तीची प्रतिष्ठापना करण्यात येते. मूर्तीजवळ सामाजिक संदेश देणारे देखावेही असतात. या वेळी भजनासारखे धार्मिक कार्यक्रम होतात. या काळात गरजू विद्यार्थ्यांना गणवेश वाटपासारखे सामाजिक उपक्रमही राबवण्यात येतात. येथे माघी गणेशोत्सवही मोठ्या उत्साहात साजरा होतो. माघ प्रतिपदा ते चतुर्थीदरम्यान होणाऱ्या या उत्सवादरम्यान काकड आरती, भजन, गणेश जप, आरती, कीर्तन होते. चतुर्थीच्या दिवशी श्री गणेश जन्माचे कीर्तन होते. याशिवाय या मंदिरात गुढीपाडवा, दीपावली आदी सणही उत्साहात साजरे होतात.
