पंढरपूरपासून जवळ गोपाळपूर येथील भीमा नदीच्या पात्रात एक प्राचीन मंदिर आहे. चारही बाजूंनी पाणी आसलेले हे मंदिर विष्णूपद मंदिर म्हणून ओळखले जाते. पंढरपूरमधील प्रसिद्ध नऊ तिर्थांमधील (लोहदंडतीर्थ, कुंडलतीर्थ, संगमतीर्थ, वेणूतीर्थ, गुंजातीर्थ, यमतीर्थ, पंचगंगातीर्थ, विष्णूपदतीर्थ आणि पद्मतीर्थ म्हणजेच पद्मावती देवीचे मंदिर) हे एक महत्त्वाचे तीर्थ आहे. या मंदिराबाबत अशी मान्यता आहे की अठ्ठावीस युगांपासून कर कटेवर ठेऊन पंढरपुरात उभा असलेला पांडुरंग, मार्गशीर्ष महिन्यात या मंदिरात मुक्कामासाठी येतो. या मंदिरातील एका मोठ्या शिळेवर देवाची पावले उमटलेली आहेत. त्यांचीच येथे पुजा केली जाते.
मंदिराची अख्यायिका अशी की रुक्मिणी श्रीकृष्णावर रूसून जेव्हा येथील दिंडीर वनात आली. तेव्हा तिचा शोध घेत श्रीकृष्ण पंढरपुरात सर्वात प्रथम ज्या ठिकाणी आले, ते ठिकाण म्हणजे भीमा नदीपात्रातील विष्णूपद मंदिरात असलेला मोठा खडक होय. याच खडकावर हे मंदिर बांधलेले आहे. अशी मान्यता आहे की श्रीकृष्णाने या ठिकाणी आपल्या सवंगड्यांसह क्रीडा केली होती. त्यावेळी देवाची आणि गाईची पावले या खडकावर उमटली होती. श्रीकृष्ण हे विष्णूचे अवतार असल्याने व येथे उमटलेल्या त्यांच्या पावलांमुळे या खडकावरील ठिकाणाला विष्णूपद असे नाव मिळाले आहे. येथील एका मोठ्या शिळेवर मध्यभागी श्रीकृष्णाची समचरण आणि देहुडाचरण पावले उमटलेली आहेत. त्यासोबत काठी ठेवल्याची आणि काल्याच्या भांड्याची (वाडगा) खूण असल्याची मान्यता आहे.
दुसऱ्या अख्यायिकेनुसार, आळंदी येथे ज्ञानेश्वर महाराजांनी समाधी घेतली तेव्हा पांडुरंग तेथे उपस्थित होते. ज्ञानेश्वरांची आता परत भेट होणे नाही, या विचाराने भगवान उदास झाले व त्यांनी आळंदीहून आल्यावर पंढरपूरऐवजी या ठिकाणी कित्येक दिवस वास्तव्य केले होते. तेव्हापासून दरवर्षी कार्तिक अमावास्येला पंढरपूरचा पांडुरंग येथे येतो व मार्गशीर्ष महिन्यात तब्बल महिनाभर येथेच असतो, अशी मान्यता आहे. मार्गशीर्ष अमावास्येला सायंकाळी पंढरपूरच्या विठ्ठल मंदिरातून विष्णूपदावर एक रथ आणला जातो. या रथाला ज्वारीची ताटं लावून तो सजवला जातो. विष्णुपदावर अभिषेक करून मग दिंडी काढली जाते आणि पांडुरंग पुन्हा पंढरपुरातील आपल्या मंदिरात विराजमान होतात.
शेकडो वर्षांपासून ही परंपरा आहे. या कालावधीत मोठ्या संख्येने भाविक येथे दर्शनासाठी व काला करण्यासाठी येतात. मार्गशीर्ष वारीला पंढरपुरात आलेल्या वारकऱ्यांच्या दिंड्याही बारस सोडण्यासाठी विष्णूपदावर येतात.
पंढरपूरहून गोपाळपुराकडे येण्याच्या मार्गावर भीमा नदीच्या पात्रात विष्णूपद मंदिर स्थित आहे. चंद्रभागा नदीत असलेल्या पुंडलिक मंदिराजवळून होडीनेही या मंदिरात येता येते. साधारणतः पाऊण किलोमीटर हे अंतर आहे. नदीला येणाऱ्या महापूराचा विचार करून या मंदिराचे बांधकाम करण्यात आलेले आहे. हे मंदिर १६४० मध्ये धामणगावकर बुवा यांनी बांधले व १७८५ मध्ये चिंतो नागेश बडवे यांनी या मंदिराचा जीर्णोद्धार केल्याची नोंद आहे. किनाऱ्यापासून नदीपात्रात असणाऱ्या या मंदिराकडे येण्यासाठी दगडी पूल आहे. सुमारे सात फूट उंचीच्या जोत्यावर बारा फूट उंचीचे व ३१ बाय ३१ फूट आकाराचे हे दगडी मंदिर आहे. या मंदिरात १६ दगडी खांब व त्यावर २४ कमानी आहेत. यांतील दोन खांबांवर विष्णू व श्रीकृष्णाच्या मूर्ती कोरलेल्या आहेत. एका खांबावर असलेल्या लहानशा देवकोष्टकात संगमरवरी विष्णूमूर्ती आहे. मंदिराच्या मध्यभागी असलेल्या खडकावर श्रीकृष्णाची पावले उमटलेली आहेत. यासोबतच या खडकावर श्रीकृष्णाची मुरली, गोप-गोपिका व गाईच्या पावलांच्याही खुणा आहेत.
अशी मान्यता आहे की हिंदु संस्कृतीत जेवढे महत्व गया येथील प्रसिद्ध विष्णूपद मंदिराला आहे तेवढेच, किंबहुना त्याहुन जास्त महत्त्व या स्थानाचे आहे. कारण गयेतील स्थानावर देवाने एकच पाय टेकविला होता. त्यामुळे तेथे देवाच्या एकाच पायाची खूण आहे. पंढरपुरातील विष्णूपद मंदिरात मात्र देहुडाचरण आणि दोन्ही पायाच्या समभुज अशा खुणा आहेत.
या मंदिरापासून जवळच नदीपात्रात नारद मुनींचे मंदिर आहे. या मंदिराबाबत अख्यायिका अशी की जेव्हा श्रीकृष्ण गोप-गोपिकांसोबत व गाई-वासरांसोबत सध्या जेथे विष्णूपद मंदिर आहे तेथे गोपालकाला करत असत. तेव्हा भगवंताची ही लिला पाहण्यासाठी नारदमुनी येथे येऊन बसत असत. याच स्थानावर नारद मुनींचे हे पाषाणी मंदिर आहे व त्यात ध्यानस्त नारदमुनींची मूर्ती आहे. अशी मान्यता आहे की आजही येथे देवदेवतांकडून गोपालकाला होत असतो व नारद मुनी ते येथून पाहतात.
या मंदिरात येण्यासाठी नदीकिनाऱ्यावरून जेथून पुल सुरू होतो. त्याठिकाणी संत जनाबाईचे मंदिर आहे. या मंदिराबाबतची अख्यायिका अशी की जनाबाईला मदत व्हावी म्हणून स्वतः पांडूरंग तिच्या घरी दळण दळण्यासाठी जात असत. एके दिवशी रात्री उशिरापर्यंत दळण दळून झाल्यावर पांडुरंगानी तेथेच आराम करण्याचे ठरविले. त्यानुसार आपल्या अंगावरील अलंकार त्यांनी बाजूला ठेवले व ते तेथेच झोपी गेले. इकडे पंढरपुरातील मंदिरात सकाळी काकड आरतीसाठी सर्व पुजारी आले. तेव्हा घाईघाईने देव दागिने परिधान न करताच मंदिरात गेले. देवाच्या अंगावर दागिने न दिसल्याने सर्वत्र शोधाशोध केली असता जनाबाईच्या घरी हे दागिने सापडले. त्यामुळे जनाबाईवर चोरीचा आळ घेऊन तिला सुळावर देण्यासाठी सध्या जेथे मंदिर आहे त्या ठिकाणी आणले गेले. परंतु जनाबाई समोर आल्यावर तिच्या भक्तीमुळे त्या सुळाचे पाणी झाले. ही घटना जेथे घडली ते जनाबाईचे मंदिर विष्णूपद मंदिराच्या शेजारीच आहे.