शांतादुर्गा ही देवी समस्त गोवेकरांचे श्रद्धास्थान आहे. गोव्यात तिची अनेक मंदिरे आहेत. या प्रत्येक मंदिरातील शांतादुर्गा तिच्या मूळ गावाच्या नावावरून ओळखली जाते. त्यामुळेच फातर्पा येथे मंदिर असलेली शांतादुर्गा कुंकळ्ळीकरीण म्हणूनच ओळखली जाते. सोळाव्या शतकात पोर्तुगीज आक्रमकांचा धोका टाळण्यासाठी या देवीची मूर्ती कुंकळ्ळी येथून फातर्पा येथे स्थलांतरित करण्यात आली. गोमंतकीय वास्तुशैलीची ओळख सांगणारा उंच असा ‘दीपमनोरा’ हे या मंदिराचे एक वैशिष्ट्य आहे. याचे आणखी एक वैशिष्ट्य म्हणजे येथे हिंदूंप्रमाणेच ख्रिश्चन लोकही नवस फेडण्यासाठी येतात.
शांतादुर्गा देवी गोमंतकात कशी आली याची कथा अशी की परशुरामाने गोमंतक वसवल्यानंतर आपल्या दिग्विजयार्थ एक यज्ञ केला. त्याच्या सिद्धीसाठी त्रिहोत्रपूर येथून (म्हणजे सध्याच्या बिहार राज्यातील गंगेच्या उत्तरेकडील भागातून) भारद्वाज, कौशिक, वत्स, कौंडिण्य, कश्यप, वसिष्ठ, जमदग्नी, विश्वामित्र, गौतम आणि अत्री अशा विद्वान सारस्वत ब्राह्मणांना गोमंतकात आणले. येथून आलेल्या या ब्राह्मणऋषींची ६६ कुळे होती. 
त्यांनी आपल्यासमवेत मंगेशी, महालक्ष्मी, महादेव, शांतादुर्गा, नागेश, सप्तकोटेश्वर आणि महालसा ही कुलदैवतेही येथे आणली. गोमंतकात प्रथम केळोशी येथे या देवतेची स्थापना करण्यात आली. ही देवी सातेरी देवीचे रूप मानण्यात येते. गोव्यात वारूळ रूपात पूजली जाणारी सातेरी ही सप्तमातृकांपैकी एक मानली जाते.
फातर्पा येथील शांतादुर्गा देवीच्या मंदिराचा मूळ इतिहास कुंकळ्ळी गावाशी जोडलेला आहे. कुंकळ्ळीतील कुळवडा येथे प्राचीन काळापासून देवीचे मंदिर होते. या गावात गांवकरांचे म्हणजे गावातील मातब्बर जमीनदारांचे १२ वांगोड (कुळे) होते. गावाच्या जमिनीची एकत्र मालकी त्यांच्याकडे होती. ते त्या-त्या सत्ताधीशास कर देत असत. गावातील मुख्य मंदिरांचा कारभारही हे गांवकर सांभाळत असत. त्या काळात ही मंदिरे म्हणजे गावातील प्रमुख केंद्रे असत. तेथील पारंपरिक यात्रा, उत्सव हा गावाच्या अर्थकारणाचा एक स्त्रोत असे. या मंदिरांवर आणि हिंदूंच्या धार्मिक परंपरांवर पोर्तुगीज ख्रिश्चन मिशनरी घाला घालत असल्याने गावामध्ये मोठा असंतोष निर्माण झाला होता. त्यातून गावकऱ्यांनी एकत्र येत पोर्तुगीज सरकारला कर न देण्याचा निर्णय घेतला. 
तसेच त्यांनी येथे बहामनी काळात पाडली गेलेली मंदिरे पुन्हा उभारली. साष्टी भागात हे बंडाचे बीज पडले होते. कुंकळ्ळी हा त्याचा केंद्रबिंदू होता. अशात १५ जून १५४३ मध्ये कुंकळ्ळीमध्ये काही जेसुइट मिशनरी त्यांच्या अनुयायांसह आले. येथे क्रॉस उभारून चर्चसाठी जागा निश्चित करण्याचा त्यांचा हेतू होता. ते समजल्यानंतर संतापलेले गावकरी शस्त्रास्त्रे घेऊन त्यांच्यावर चालून गेले. त्यांनी पाच जेसुइट धर्मगुरूंसह एक पोर्तुगीज नागरिक आणि १४ धर्मांतरित ख्रिश्चनांची हत्या केली. ही बातमी समजल्यानंतर पोर्तुगीजांच्या लष्कराने गावावर हल्ला करून मोठी जाळपोळ केली. अनेकांची हत्या केली. या बंडाचे प्रमुख असलेल्या सोळा प्रमुख लोकांना पोर्तुगीज सैन्याधिकारी गोमेज इआनेस डे फिग्युएरेडो याने पकडले आणि त्यांना राजद्रोहाच्या आरोपाखाली देहदंडाची शिक्षा दिली. यातील एक जण मात्र पोर्तुगीजांच्या हातावर तुरी देऊन कारवार भागात पळून गेला. गावासाठी बलिदान दिलेल्या या १६ वीरपुरुषांची स्मृती म्हणून आजही देवीच्या जत्रोत्सवाच्या पहिल्या दिवशी १६ दीप प्रज्वलीत करण्यात येतात.
कुंकळ्ळी बंड म्हणून इतिहासात या घटनेची नोंद झालेली आहे.
या बंडानंतर पोर्तुगीजांनी गावावर अनन्वित अत्याचार केले. अनेकांचे धर्मांतर केले. याच काळात तेथील काही लोकांनी देवीची मूर्ती फातर्पा येथे सुरक्षित ठिकाणी हलवली. याबाबत आख्यायिका अशी की त्यावेळी देवीने आपल्या भक्तांना स्वप्नात दर्शन दिले व फातर्पा येथील डोंगराळ आणि शांत परिसरात आपले मंदिर बांधण्याचे आदेश दिले. त्यानुसार तिची मूर्ती फातर्प्यात नेत असताना अचानक खूप जड झाली. यावेळी तिथे असलेल्या देवीच्या ख्रिश्चन भक्तांनी देवीची मूर्ती हलविण्याचा मार्ग दाखवला. फातर्प्याच्या डोंगरात रात्रीच्या अंधारात मूर्ती हलविण्यात आली. जून १५४३ च्या बंडानंतर काही महिन्यांतच येथे देवीचे मंदिर उभारण्यात आले.
पुढे छत्रपती संभाजी महाराजांचे पुत्र छत्रपती शाहू महाराज यांच्या कारकीर्दीत पोर्तुगीजांवर पुन्हा एकदा मराठ्यांचा वचक बसला होता. या कालखंडात, इ.स. १७३८ मध्ये या मंदिराचे नूतनीकरण करण्यात आले. येथील सध्याचे मंदिर १९८४मध्ये बांधण्यात आले आहे. मंदिराची रचना पारंपरिक गोमंतकीय पद्धतीची आहे. मंदिरात मुख्य दरवाजातून तसेच सभामंडपाच्या दोन्ही दिशांना असणाऱ्या दरवाजातून प्रवेश करता येतो. 
मुखमंडप, सभामंडप, अंतराळ आणि गर्भगृह अशी मंदिराची रचना आहे. सभामंडपाच्या बाह्य भागावर वातायने आणि देवकोष्टकांत अनेक मूर्ती आहेत. त्यात आनंदतांडव करणाऱ्या शंकराच्या मूर्ती सोबत अर्धनारीनटेश्वरही आहे. सोबतच इतर देवी देवतांसह नवग्रहांच्या मूर्तीही आहेत. मंदिराच्या समोर गोमंतकीय वास्तुशैलीची ओळख सांगणारा उंच ‘दीपमनोरा’ आहे. वरवर विस्तारत गेलेली रचना असणाऱ्या या वास्तुचे बांधकाम लक्षणीय आहे. त्यावरही अनेक देवदेवतांच्या मूर्ती आहेत.
उंच जगतीवर असणाऱ्या या तीन मजली मंदिरात मुख्य दरवाजातून प्रवेश करण्यासाठी सुमारे दहा पायऱ्या चढाव्या लागतात. मुखमंडपानंतर मुख्य प्रशस्त सभामंडप आहे. या सभामंडपातून वरच्या मजल्यावर जाण्यासाठी डावीकडून व उजवीकडून असे दोन जिने आहेत. सज्जा असलेल्या या सभामंडपाच्या भिंतीवर वरच्या बाजुला देवकोष्टकासारख्या रचनेत अनेक देवदेवतांच्या मूर्ती आहेत. सभामंडपाचे छतही शिखरासारखे कोनाकृती आणि उंच आहे. अंतराळाच्या दरवाजावर एक चक्राकार आकार असून त्यावर १२ राशींचे चित्रण करण्यात आले आहे. 
त्यांच्या बाजुला हत्तींची उठावशिल्पे आहेत. दरवाजाच्या चौकटीवर चांदीचा पत्रा जडविण्यात आला आहे. दरवाजाच्या दोन्ही बाजुला देवकोष्टकांत द्वारपाल आहेत. पुढे गर्भगृहाचा दरवाजाही चांदीच्या पत्र्याने मढवलेला आहे. गर्भगृहात चांदीची महिरप असलेल्या वज्रपिठावर देवीची मोठी मूर्ती आहे. देवीच्या डावीकडे खंडोबाची मूर्ती आहे. खंडेरायानेच देवीला कुंकळ्ळीला आणले, अशी भक्तांची श्रद्धा आहे. मंदिरावर चौकोनी आकारातील वर उंच जाणारे कौलारू शिखर व त्यावर कळस आहे.
या देवस्थानात दर रविवारी देवीची पालखी मिरवणूक आणि महाप्रसाद होते. येथे भाविक भात अर्पण करतात आणि गुरगुट्या भात प्रसाद म्हणून सेवन करतात. पौष शुद्ध पंचमी ते दशमी असे पाच दिवस या मंदिरात वार्षिक जत्रोत्सव साजरा केला जातो. गोव्यातील मोठ्या उत्सवांत त्याची गणना होते. उत्सव काळात मिरवणुकीत पहिल्या दिवशी हत्ती अम्बारी, दुसऱ्या दिवशी फुलांचा रथ, तिसऱ्या दिवशी घोड्यांचा विजयरथ आणि शेवटच्या दिवशी मुख्य महारथ सहभागी होतात. या उत्सवासाठी हजारो भाविक येथे येतात. फाल्गुन महिन्यातील रंगपंचमीस येथे छत्रोत्सव साजरा होतो. यावेळी १२ कुळांच्या १२ छत्रांसह देवी कुंकळ्ळीच्या आपल्या मूळस्थानास भेट देते. भाविकांना राहण्यासाठी येथे सुसज्ज भक्तनिवासाची सुविधा आहे. यामध्ये सर्वसाधारण खोल्यांप्रमाणेच वातानुकुलीत खोल्यांचीही सुविधा आहे.
