मराठवाडा ही संतांच्या आणि देवदेवतांच्या वास्तव्याने पावन झालेली भूमी मानली जाते. जालना जिल्हा हा या थोर परंपरेचा एक महत्त्वाचा भाग असून या जिल्ह्याच्या उत्तर भागात असलेले राजूर येथील गणपती मंदिर प्रसिद्ध आहे. गावातील एका उंच टेकडीवर हे मंदिर वसलेले आहे. या मंदिराची ख्याती महाराष्ट्रातील गणपतीच्या साडेतीन शक्तिपीठांपैकी एक पूर्णपीठ म्हणून आहे. गणपतीच्या या पीठांपैकी राजूर हे नाभिस्थान म्हणजेच पोटाचा भाग असल्याने या स्थानाला विशेष धार्मिक महत्त्व प्राप्त झाले आहे. या क्षेत्राचा उल्लेख प्राचीन ग्रंथांमध्ये आढळतो, त्यामुळे या स्थानाला पौराणिक आणि ऐतिहासिक अशा दोन्ही पातळ्यांवर एक विशेष महत्त्व प्राप्त झालेले आहे.
या क्षेत्राचा प्राचीन संदर्भ पाहता, याचा उल्लेख महानुभाव पंथाचे प्रवर्तक चक्रधर स्वामी यांच्याशी जोडलेला आहे. महानुभाव पंथाच्या ‘स्थान पोथी’ या प्राचीन ग्रंथामध्ये राजौरी म्हणजेच आजच्या राजूर गावाचा स्पष्ट उल्लेख सापडतो. या ग्रंथामधील नोंदीनुसार, चक्रधर स्वामींनी राजूर गावाच्या पश्चिमेला असलेल्या एका मंदिरात मुक्काम केला होता. या नोंदीनुसार राजूर हे ठिकाण अनेक शतकांपासून एक महत्त्वाचे धार्मिक आणि सांस्कृतिक केंद्र राहिलेले आहे. तसेच राजूरजवळ असलेल्या आजच्या भोकरदन शहराचा उल्लेख प्राचीन भारतातील सोळा समृद्ध शहरांपैकी ‘भोगवर्धन’ म्हणून इतिहासात मिळतो. प्राचीन काळी हा प्रदेश दक्षिण भारताचे प्रवेशद्वार मानला जात असे. राष्ट्रकूट, सातवाहन आणि विशेषतः यादव राजवटीत या भागात अनेक भव्य मंदिरांची निर्मिती झाली. यादवांच्या काळात या मूळ मंदिराची उभारणी झाली असावी, असा अभ्यासकांचा अंदाज आहे.
राजूरेश्वर गणपतीच्या उत्पत्तीची कथा गणेश पुराणातील ‘गजानन’ अवताराशी आणि सिंदुरासुराच्या वधाच्या आख्यायिकेशी जोडलेली आहे. गणेश पुराणातील उपासनाकंडानुसार, प्राचीन काळी वरेण्य नावाचा एक राजा राज्य करत होता. त्याला अपत्य नसल्यामुळे तो अत्यंत दुःखी होता. त्याने ऋषीमुनींच्या सल्ल्यानुसार गणेशाची कठोर आराधना केली. त्याच्या भक्तीवर प्रसन्न होऊन गणपतीने त्याला पुत्रप्राप्तीचा आशीर्वाद दिला. राजाला पुत्र झाला खरा, परंतु तो मानवी बालकासारखा नव्हता. गणेशाने साक्षात वरेण्य राजाच्या पुत्राच्या रूपात ‘गजानन’ अवतार धारण केला होता. हे बालक हत्तीचे मस्तक असलेले आणि वेगळ्या रूपाचे असल्याने राजा आणि राणी घाबरले. समाजात आपली निंदा होईल आणि लोक या रूपाचा स्वीकार करणार नाहीत या भीतीने राजाने त्या बालकाला वनात नेऊन सोडून दिले.
या निराधार बालकाचा सांभाळ साक्षात अगस्त्य ऋषींनी केला. अगस्त्य ऋषींनी या बालकाचे दैवी स्वरूप ओळखले आणि त्याला सर्व शास्त्रे व विद्यांमध्ये पारंगत केले. 
याच कालखंडात सिंदुरासुर नावाच्या एका अत्यंत सामर्थ्यवान आणि उन्मत्त राक्षसाने पृथ्वीवर आणि स्वर्गलोकात हाहाकार माजवला होता. त्याने ऋषीमुनींचा छळ सुरू केला होता आणि देवांनाही युद्धात पराभूत केले होते. सिंदुरासुराचा वध करण्यासाठी साक्षात गणेशाने अवतार घेतला होता. पुढे अगस्त्य ऋषींच्या आश्रमात वाढलेल्या या दिव्य बालकाने म्हणजे गजाननाने सिंदुरासुराशी भीषण युद्ध केले. या युद्धात गणपतीने सिंदुरासुराचा पराभव करून त्याचा वध केला. पौराणिक कथेनुसार, वध केल्यानंतर गणपतीने राक्षसाच्या रक्ताचा लेप आपल्या शरीराला लावला, त्यामुळे गणपतीची मूर्ती शेंदरी रंगाची दिसते. गणपतीने सिंदुरासुराचे अवशेष चारही दिशांना फेकून दिले. जिथे जिथे हे अवशेष पडले, तिथे गणपतीची साडेतीन शक्तिपीठे निर्माण झाली. त्यामध्ये राजूर हे गणपतीचे ‘नाभिस्थान’ बनले. उर्वरित पीठांमध्ये पुणे जिल्ह्यातील चिंचवड हे ‘शीर्षस्थान’, मोरगाव हे ‘हृदयस्थान’ आणि जळगाव जिल्ह्यातील पद्मालय हे ‘पदस्थान’ असल्याचे मानले जाते. सिंदुरासुराचा वध केल्यानंतर वरेण्य राजाला आपल्या पुत्राचे साक्षात परमेश्वरी रूप उमजले आणि त्याने या उंच टेकडीवर आपल्या पुत्राचा भव्य राज्याभिषेक केला, म्हणून या गावाला ‘राजूर’ हे नाव पडले.
निरोप घेण्यापूर्वी गणपतीने वरेण्य राजाला जो आध्यात्मिक बोध दिला, तोच पुढे ‘गणेश गीता’ म्हणून प्रसिद्ध झाला.
हे मंदिर मराठा साम्राज्याशी आणि विशेषतः पेशवे घराण्याशी खूप जवळचे राहिले आहे. गणपती हे पेशव्यांचे आराध्य दैवत होते आणि थोरले बाजीराव पेशवे यांच्या काळामध्ये या मंदिराचे महत्त्व अधिकच वाढले. राजूरेश्वर गणपतीच्या भक्तीपोटी पहिल्या बाजीराव पेशव्यांनी १७२२ मध्ये या मंदिराला नऊ क्विंटल वजनाची एक पंचधातूची महाकाय घंटा अर्पण केली होती. ही ऐतिहासिक घंटा आजही मंदिरात सुरक्षित ठेवलेली आहे. जेव्हा ही घंटा वाजवली जाते, तेव्हा तिचा नाद कित्येक किलोमीटरपर्यंत ऐकू जातो, अशी माहिती स्थानिक लोक देतात. आधुनिक काळात १९८५ मध्ये तत्कालीन जिल्हाधिकारी नानासाहेब पाटील यांनी या मंदिराच्या पुनरुज्जीवनासाठी मोठे प्रयत्न केले आणि बांधकामास सुरुवात केली. सुमारे तीन कोटी रुपये खर्चून पांढऱ्या शुभ्र राजस्थानी संगमरवरी दगडात हे भव्य मंदिर पूर्ण झाले असून ते अतिशय सुंदर आहे.
मंदिराचा परिसर खूप प्रशस्त आहे. वाहनतळापासून मंदिराकडे जाण्याच्या मार्गावर पूजेचे साहित्य व प्रसादविक्रीची शेकडो दुकाने आहेत. याच परिसरात भक्तनिवास व संस्थान कार्यालयाची मोठी इमारत आहे. मंदिराच्या मुख्य कमानीजवळ उजवीकडे वरुणराज व डावीकडे महादेव यांची मंदिरे आहेत. नक्षीदार असलेल्या शुभ्र संगमरवरी अष्टकोनी कमानीतून मंदिराच्या प्रांगणात प्रवेश होतो. प्रांगणातून सुमारे ६० पायऱ्या चढून उंचावर असलेल्या मंदिराच्या दर्शनमंडपात प्रवेश होतो. अर्धखुली रचना असलेल्या या दर्शनमंडपातील दर्शनी स्तंभ हे नक्षीदार महिरपी कमानीने एकमेकांशी जोडलेले आहेत. या दर्शनमंडपाला एक मुख्य व चार उप अशी पाच शिखरे आहेत. येथून मंदिराच्या प्रशस्त सभामंडपात प्रवेश होतो. सभामंडपाचे छत उंच असून त्यावर रंगीत नक्षीकाम आणि आकर्षक झुंबरे लावण्यात आली आहेत. येथील संगमरवरी स्तंभ भव्य आहेत. येथून पुढे काही पायऱ्या उतरून अंतराळात प्रवेश होतो. अंतराळात पुढे गर्भगृहाची रचना आहे. गर्भगृहात वज्रपीठावर राजुरेश्वर महागणपतीची स्वयंभू आणि शेंदूरचर्चित मूर्ती आहे. मूर्तीच्या मागे सोन्या-चांदीच्या पत्र्याने मढवलेल्या प्रभावळीवर सूर्य, चंद्र आणि दोन्ही बाजूंना हत्तींची उठावदार नक्षी कोरलेली आहे. 
गणपतीच्या शिरावर चांदीचा नक्षीदार मुकूट आहे. मुख्य मंदिराच्या परिसरात शिव, विष्णू, सूर्य, अन्नपूर्णा आणि विठ्ठलाची मंदिरे आहेत. मंदिराचा शिखर भाग नागर आणि द्राविडी शैलीच्या मिश्रणातून तयार झालेला आहे. मंदिराच्या परिसरातून संपूर्ण गावाचे आणि आसपासच्या शेतशिवाराचे दृश्य दिसते.
दरवर्षी गणेश चतुर्थी आणि माघ शुद्ध चतुर्थीला गणेश जयंतीचा उत्सव मोठ्या उत्साहात साजरा केला जातो. गणेश चतुर्थीच्या काळात दहा दिवस येथे विविध धार्मिक कार्यक्रमांचे आयोजन केले जाते. गणेश जयंतीनिमित्त येथे मोठा यात्रोत्सव भरतो आणि सात दिवस गणेशपुराण वाचन, ज्ञानेश्वरी पारायण, कीर्तन व प्रवचने होतात. ही जत्रा मराठवाड्यातील सर्वात मोठ्या जत्रांपैकी एक मानली जाते. अंगारकी चतुर्थी हा दिवस या मंदिरासाठी सर्वात मोठा सोहळा असतो. या दिवशी जालना, संभाजीनगर, बुलढाणा आणि महाराष्ट्राच्या कानाकोपऱ्यातून लाखो भाविक दर्शनासाठी येतात. अनेक भाविक जालन्यावरून पायी दिंडी काढून दर्शनाला येतात. जालना जिल्ह्यातील सामाजिक जीवनात या मंदिराला महत्त्वाचे स्थान असून कोणत्याही मोठ्या कार्याची सुरुवात करताना अनेक जण राजूरच्या गणपतीचे दर्शन घेतात. दररोज सकाळी साडेपाच वाजता काकड आरतीच्या वेळी मंदिर भाविकांना दर्शनासाठी खुले होते. सकाळी सात ते अकरा वाजेपर्यंत विशेष अभिषेक आणि पूजा चालते. दुपारी साडेबारा ते दीडच्या दरम्यान महाआरती होऊन भोग अर्पण केला जातो. सायंकाळी साडेसहा ते सात या वेळेत सायंआरती होते आणि रात्री नऊ ते दहाच्या दरम्यान शेजआरती झाल्यानंतर मंदिराचे द्वार बंद केले जाते. उत्सवकाळात मंदिर चोवीस तास दर्शनासाठी खुले असते. भाविकांसाठी संस्थानतर्फे मोफत अन्नछत्र चालवले जाते. येथे दररोज शेकडो लोक महाप्रसादाचा लाभ घेतात. गणपतीची येथील मूर्ती स्वयंभू असल्याने तिच्या दर्शनाने सर्व संकटे दूर होतात, अशी भाविकांची श्रद्धा आहे.
