पंढरपूरपासून अगदी जवळ पखालपूर येथे प्राचीन गणेश मंदिर आहे. आता जिर्णोद्धार झाला असला तरी या मूळ मंदिराची पुरातन रचना, या मंदिरात असलेला दगडी रांजण आणि त्याचे काशी या तीर्थस्थानाशी असलेले नाते या मंदिराचे वेगळेपण ठरते. पाच गावांच्या सीमेवर असलेल्या या मंदिराचा उल्लेख गणेश कोषातही आढळतो. राज्यातील अनेक शहरांतून आषाढी वारीसाठी पंढरपूरकडे येणाऱ्या काही दिंड्या या गणेश मंदिर परिसरात मुक्कामाला असतात.
मंदिराची अख्यायिका अशी की पंढरपूर येथे राहणारे एक गणेशभक्त दरवर्षी काशीजवळ असलेल्या पखालपूर येथील गणपतीच्या दर्शनासाठी जात असत. आता जेथे मंदिर आहे तेथून पूर्वी काशी येथे जाण्यासाठीचा मार्ग होता. या मार्गानेच प्रत्येक वर्षी हा गणेशभक्त ये-जा करीत असे. त्याचे वय झाल्यानंतर मात्र त्याला हा लांबचा प्रवास करणे शक्य होत नव्हते. आपल्या पखालपूरच्या एका भेटीत त्याने तेथील गणपतीसमोर आपले गाऱ्हाणे मांडले. प्रकृती अस्वस्थ्यामुळे पुढच्या वर्षी मला येणे अशक्य आहे. त्यामुळे मी काय करू याबाबत तूच मार्ग सूचव, अशी गळ त्याने गणपतीला घातली. त्याच रात्री गणपतीने त्याला स्वप्नदृष्टांत देऊन सांगितले की तुला इकडे माझ्या दर्शनासाठी येणे शक्य होणार नसेल तर मीच तुझ्यासोबत पंढरपुरात येतो.
दुसऱ्या दिवशी तो भाविक पंढरपूरकडे येण्यासाठी निघाला. गणपतीने आपण त्याच्या मागे आहेत, असा संदेश त्याला दिला. परंतु त्यासोबत एक अटही घातली. या संपूर्ण प्रवासात मागे वळून पहायचे नाही. तसे पाहिले तर ज्या ठिकाणी मागे पाहिले त्या ठिकाणीच आपण स्थिर होऊ. प्रत्यक्ष गणपती आपल्यासोबत येतो आहे, या आनंदात या गणेशभक्ताने आपला परतीचा प्रवास सुरू केला. पंढरपूर जवळ आल्यावर त्याला शंका आली. आपण गावाजवळ पोचलो असतानाही मागे असलेल्या गणपतीची आपल्याला चाहूल का लागत नाही म्हणून त्याने अनावधानाने मागे वळून पाहिले. मागे गणपती होता. परंतु अटीप्रमाणे तो त्याच जागी स्थिर झाला. त्या ठिकाणीच मग गणपतीचे मंदिर उभारण्यात आले. काशीजवळच्या पखालपूरचा हा गणपती असल्याने या मंदिरालाही पखालपूर गणपती मंदिर असेच नामानिधान प्राप्त झाले.
पखालपूर गणेश मंदिर पंढरपूर शहरापासून सहा किलोमीटर अंतरावर कळतंभ, डुंबरे, मेटापूर, बाभुळगाव आणि गुरसाळे या पाच गावांच्या वेशीवर आहे. असे सांगितले जाते की पूर्वी येथे जकात नाका होता. त्याच जागेवर हे मंदिर उभारण्यात आले आहे. त्याच्या पुष्ठ्यर्थ मंदिरात असलेला एक दगडी रांजण दाखवण्यात येतो. जुन्नरजवळ असलेल्या नाणेघाटातही जकात जमा करण्यासाठी असाच दगडी रांजण ठेवण्यात आला होता. पखालपूरच्या या मंदिरात असलेला हा रांजण अर्ध्याहून जास्त जमिनीत पुरलेला आहे. या दगडी रांजणावर असलेले घुंगरमाळांचे नक्षीकामही वैशिष्ट्यपूर्ण आहे. काही पुरातत्व तज्ज्ञांकडून या रांजणाची तपासणी करण्यात आली असता तो किमान दोन हजार वर्षे प्राचीन असल्याचे त्यांचे मत आहे. जकात नाका जुना असावा आणि त्या ठिकाणी नंतरच्या काळात हे मंदिर उभारण्यात आले असावे, असाही कयास वर्तविण्यात येतो.
असे सांगितले जाते की हे मंदिर दहाव्या शतकात स्वातंत्र्य सेनानी तात्यासाहेब टिंगरे यांच्या पूर्वजांकडून उभारण्यात आले असावे. या कुटुंबाचे कुलदैवत असलेला गणपती काशीजवळ असलेल्या पखालपूर गावात होता. येथील मंदिरात असलेली ही मूर्तीही तिथूनच आणण्यात आलेली आहे, असा दावा केला जातो. काही वर्षांपूर्वी केलेल्या जिर्णोद्धारानंतर मंदिराला संध्याचे स्वरूप आलेले आहे.
मंदिरासमोर प्रांगणात असलेल्या मोठ्या पटांगणात भाविकांच्या सोयीसाठी लोखंडी खांब टाकून एक मोठा मंडप उभारलेला आहे. सभामंडप, अंतराळ व गर्भगृह अशी या मंदिराची संरचना आहे. लांबीने मोठा असलेल्या या सभामंडपात हवा व प्रकाश येण्यासाठी मोठ्या खिडक्यांची रचना आहे. सभामंडपाच्या पुढील बाजूस अंतराळ आहे. हे अंतराळ व गर्भगृह हेच पूर्वीचे मूळ मंदिर असावे, असे भासते. अंतराळात हेमाडपंती रचनेचे बांधकाम आहे. त्यात चार दगडी स्तंभ आहेत. त्यावर विविध भौमितिक आकार कोरलेले आहेत. या स्तंभांच्या शिर्षभागी भारवाहक उलटे नाग कोरलेले आहेत. जाणकारांच्या मते अशी प्रतिमा असलेली मंदिरे यादवकाळातील व भूमिज शैलीतील ठरतात. या मंदिराच्या जिर्णोद्धाराच्या वेळी केलेल्या उत्खननात एक शिलालेख सापडला होता. तो शिलालेख म्हणजे दानपत्र असावे. त्यात शके १३९१ आणि १४५९ अशा दोन तारखा वाचता येतात. त्यामुळे त्या पूर्वीचे हे मंदिर असल्याचे सिद्ध होते.
अंतराळातील लहान प्रवेशद्वारातून गर्भगृहात प्रवेश होतो. गर्भगृहातील वज्रपिठावर गणपतीची मूर्ती स्थित आहे. मूर्तीच्यामागे असलेल्या धातूच्या प्रभावळीवर वैशिष्ट्यपूर्ण नक्षीकाम आहे. याच प्रभावळीत गणपतीच्या दोन्ही बाजूला हंस व मयूर कोरलेले आहेत. मूर्तीच्या दोन्ही बाजूला असलेल्या दोन शेंदूरचर्चित शिळा या रिद्धी-सिद्धी असल्याचे सांगितले जाते. मंडपात काही देवकोष्टके आणि काही देवळ्या आहेत. गणपती मूर्तीच्या डावीकडील देवकोष्टकात मारुतीची मूर्ती व उजवीकडे अर्ध्याहून जास्त जमिनीत असलेला रांजण आहे. रांजणाला लागूनच एक शिवपिंडीही आहे. मंदिराच्या गर्भगृहावर असलेल्या शिखरावरही अनेक शिल्पे कोरलेली आहेत.
पंढरपूरला वारीसाठी येणाऱ्या काही दिंड्या येथे मुक्कामाला असतात. पंढरपूरच्या उत्तर दिशेला हे मंदिर आहे. त्यामुळे गहिनीनाथ गडाहून तसेच भगवानगडाहून येणाऱ्या दिंड्या आषाढ शुद्ध नवमीला येथे पोहचतात. या गणपतीचे दर्शन व येथील महाप्रसाद घेऊन त्या पंढरपूरकडे प्रयाण करतात. काही दिंड्यांचे येथे रिंगणही होते. या प्राचीन गणपतीच्या दर्शनासाठी प्रत्येक संकष्टी चतुर्दशीला भाविकांची येथे गर्दी होते. गणेशजन्माचा उत्सवही येथे मोठ्या प्रमाणात साजरा केला जातो. गणेश चतुर्थीपासून दहा दिवसांच्या गणेशोत्सवातही येथे अनेक कार्यक्रमांचे आयोजन केले जाते.