पुणे शहरातील नाना पेठ भागात निवडुंगा विठोबा मंदिर वसलेले आहे. साधारण दोनशे वर्षांपूर्वी कन्हैयाजी नावाच्या एका गुजराती व्यापाऱ्याने या मंदिराची स्थापना केली. निवडुंगाच्या दाट झाडीमध्ये विठ्ठलाची प्राचीन मूर्ती सापडल्यामुळे या स्थानाला हे नाव मिळाले. पुणे महानगरपालिकेने या वास्तूला तिसऱ्या श्रेणीतील सांस्कृतिक वारसा स्थळाचा दर्जा दिलेला आहे. आषाढी वारीसाठी देहू येथून पंढरपूरकडे जाणाऱ्या संत तुकाराम महाराजांच्या पालखीचा मुक्काम या मंदिरात होतो. संदर्भामुळे वारकरी संप्रदायात या स्थानाला महत्त्व प्राप्त झाले आहे.
इ.स. १९२९ मध्ये पुरुषोत्तम शेठ नावाच्या गुजराती व्यापाऱ्याने या प्राचीन मंदिराचा मोठ्या प्रमाणावर जीर्णोद्धार केला. त्या वर्षापर्यंत हे मंदिर एका कुटुंबाच्या खासगी मालकीचे होते. जीर्णोद्धाराचे काम पूर्ण झाल्यावर हे मंदिर सर्वसामान्य भाविकांसाठी खुले करण्यात आले. त्यानंतर ते ‘पुण्याचे पंढरपूर’ म्हणून प्रसिद्ध झाले. वारीच्या काळात या मंदिराला संपूर्ण पुणे शहरात विशेष महत्त्व प्राप्त होते.
सुरुवातीच्या काळात आळंदीहून येणारी संत ज्ञानेश्वर महाराजांची पालखी व देहूहून निघणारी संत तुकाराम महाराजांची पालखी या ठिकाणी विसाव्यासाठी थांबत असत. पंढरपूरला जाण्यापूर्वी या दोन्ही पालख्या या मंदिरात मुक्काम करत असत. वारीत सहभागी होणाऱ्या वारकऱ्यांची संख्या वाढल्यामुळे दोन्ही पालख्या एकाच वेळी या लहान जागेत आणणे कठीण झाले. या परिस्थितीमुळे सध्या केवळ संत तुकाराम महाराजांची पालखी या ठिकाणी मुक्कामासाठी येते.
नाना पेठेत वर्दळीच्या रस्त्याला लागूनच हे मंदिर आहे. मुख्य प्रवेशद्वारासमोर प्रांगणात दोन चौथऱ्यांवर दोन-दोन सिंहशिल्पे आहेत. प्रवेशद्वाराच्या स्तंभशाखांवर दोन्ही बाजूला द्वारपाल शिल्पे, मंगल चिन्हे व दीपकोष्टके आहेत. या दोन्ही स्तंभशाखा महिरपी कलाकुसरीने एकमेकांशी जोडलेल्या आहेत. त्या महिरपीवर सूर्य व चंद्र यांची शिल्पे आहेत. या दुमजली प्रवेशद्वाराच्या वरच्या मजल्यावर तीन कमानी आहेत. मंदिराच्या आतील भागातून तेथे जाण्यासाठी मार्ग आहे. या प्रवेशद्वारातून मंदिराच्या सभामंडपात प्रवेश होतो. या सभामंडपाची रचना वैशिष्ट्यपूर्ण आहे.
ही वास्तू लाकडी कोरीव कामासाठी ओळखली जाते. मंडपाचे छत व त्याला आधार देणारे येथील खांब सागवानी लाकडापासून बनवलेले आहेत. या लाकडी खांबांवर नक्षीकाम आहे. सभामंडपात संगमरवरात कोरलेले गरुड शिल्प आहे. हे शिल्प संत ज्ञानेश्वर व संत चांगदेव महाराज यांच्या कथेवर आधारित आहे. गरुड हे विष्णूचे वाहन असल्यामुळे विठ्ठल मंदिरात त्याला अग्रमानाचे स्थान दिले जाते. त्यासोबतच येथे निरूपणकार शंकर वामन तथा सोनोपंत दांडेकर यांचा चांदीचा पुतळा आहे. सोनोपंत दांडेकर यांनी वारकरी संप्रदायातील अनेक ग्रंथांचे सोप्या भाषेत निरूपण करण्याचे कार्य केले होते. 
त्यांनी ज्ञानेश्वरीसारख्या ग्रंथाचा अर्थ सामान्य जनतेपर्यंत प्रभावीपणे पोहोचवला. त्यांच्या कार्याचा गौरव म्हणून मंदिरात हा पुतळा उभारला आहे.
सभामंडपात प्रदक्षिणा मार्ग सोडून गर्भगृहाची रचना आहे. गर्भगृहाच्या नक्षीदार द्वारशाखा चांदीच्या पत्र्याने मढवलेल्या आहेत. प्रवेशद्वाराच्या ललाटबिंबावर गणपतीचे शिल्प आहे. गर्भगृहात वज्रपिठावर विठोबा व रखुमाईची काळ्या पाषाणातील मूर्ती आहेत. मंदिराच्या शिखराची रचना उंच व टप्प्याटप्प्याने वर जाणारी आहे. या शिखरावर विविध देवदेवतांची शिल्पे आहेत. विटा व चुनखडीचा वापर करून या शिखराचे काम करण्यात आले आहे. त्याच्या शीर्षभागी सोन्याचा मुलामा दिलेला धातूचा कळस आहे. शिखराची ही शैली पेशवेकालीन मंदिरांच्या रचनेशी साधर्म्य दर्शवते.
आषाढी वारीच्या काळात या मंदिरात हजारो वारकरी जमतात. पंढरपूरला जाणाऱ्या दिंड्यांमध्ये सहभागी होण्यासाठी राज्यभरातून अनेक भाविक येथे येतात. वारीच्या दिवसात संपूर्ण मंदिर परिसर विठुनामाच्या गजराने दुमदुमतो. पालखी मुक्कामाच्या वेळी येथे चक्री भजनाचा कार्यक्रम आयोजित केला जातो. हे चक्री भजन पाहणे वारकऱ्यांसाठी व भाविकांसाठी एक महत्त्वाचा अनुभव असतो. वारकरी एका मोठ्या गोल फेऱ्यात उभे राहून भजनाच्या तालावर वेगात फिरतात. या भजनाच्या ठेक्यावर सर्वजण भान विसरून नाचतात. या सोहळ्यासाठी मंदिराच्या परिसरात आरास व विद्युत रोषणाई केली जाते.
आषाढी व कार्तिकी एकादशीला मंदिरात उत्सवाचे स्वरूप प्राप्त होते. गोकुळाष्टमीच्या दिवशी देखील येथे उत्साहात धार्मिक कार्यक्रम पार पडतात. या उत्सवांमध्ये स्थानिक नागरिक व व्यापारी मोठ्या संख्येने सहभागी होतात. संत तुकाराम महाराजांच्या पादुकांची पालखी वारीवरून परतताना देखील येथे मुक्कामासाठी थांबते. वारीच्या काळात भाविकांसाठी मंदिर परिसरात मोफत महाप्रसादाची व निवासाची व्यवस्था केली जाते. दररोज सकाळी साडेसहा वाजता देवाची काकड आरती होते. तसेच संध्याकाळी साडेसात वाजता सायंआरतीचा विधी पार पडतो. सकाळी सात ते दुपारी बारा व सायंकाळी चार ते रात्री आठ या वेळेत भाविक येथे दर्शन घेऊ शकतात.
