पुणे शहरातील शनिवारवाडा पोलिस चौकीजवळील वरद गुपचूप गणपती मंदिर अनन्यसाधारण इतिहासाचे साक्षीदार ठरले आहे. लोकमान्य टिळक, न. चि. केळकर यांच्यासह अनेक महनीय व्यक्ती येथे नियमित येत असत, असे सांगितले जाते. १९ व्या शतकात बांधण्यात आलेल्या या देवस्थानाला वरदविनायक किंवा गुपचूप गणपती असेही म्हटले जाते.
१२ फेब्रुवारी १८९२ मध्ये चिंचवडजवळील ताथवडे गावात राहणाऱ्या रामचंद्र विष्णू गुपचूप यांनी हे मंदिर बांधले म्हणून गुपचूप हे नाव त्याला जोडले गेले आहे. याबाबतही मतभिन्नता आहे. काहींच्या मते १८९४ मध्ये या मंदिराची उभारणी करणाऱ्या व्यक्तीचे नाव वरद गुपचूप असे आहे. गुपचूप यांना मूलबाळ नव्हते. त्यांनी आपले गुरू मोरेश्वर शास्त्री दीक्षित यांना हे मंदिर समर्पित केले. मोरेश्वर शास्त्री आणि गुपचूप या गुरू-शिष्यद्वयींची गणरायावर अढळ श्रद्धा होती. मोरेश्वर शास्त्री हे प्रसिद्ध संस्कृत पंडित, कीर्तनकार, प्रवचनकार होतेच, पण उत्तम मूर्तिकारही होते. शेंदूर आणि जवसाचे तेल उकळून त्यापासून ते गणेशमूर्ती साकारत असत. पालीच्या बल्लाळेश्वराची मूर्तीही त्यांनीच साकारल्याचे सांगितले जाते. वरदविनायक गणपतीची मूर्तीही त्यांनीच साकारली आहे. हे मंदिर मोरेश्वर शास्त्रींना समर्पित केल्यानंतर या स्थानाला गुपचूप गणपती मंदिर, असे नावलौकिक प्राप्त झाले, अशी वदंता आहे. मोरेश्वर शास्त्री दीक्षित यांच्यानंतर त्यांचे कुटुंबीय सध्या मंदिराच्या देखभालीचे काम पाहत आहेत.
स्वातंत्र्यपूर्व काळात हिंदू आणि मुस्लिम अशा दोन्ही समाजासाठी मोरेश्वर शास्त्री आदरणीय व्यक्तिमत्त्व होते. त्यांच्या काळात मंदिरातील उत्सवांमध्ये प्रसिद्ध गायक उस्ताद अब्दुल करीम खाँसाहेब यांचे कार्यक्रम अनेकदा आयोजित केले जात असत. या कार्यक्रमाला पुणेकरांची गर्दी होत असे. 
त्यामुळेच त्या काळात हे मंदिर हिंदू-मुस्लिम ऐक्याचे प्रतीक झाले होते. पुण्यात प्लेगचे संकट आले असता मोरेश्वर शास्त्रींनी तांबडी जोगेश्वरी ग्रामदेवतेच्या मंदिरात मोठा यज्ञ केला. त्यावेळी काढलेल्या मिरवणुकीत हिंदूंप्रमाणेच मुस्लिम नागरिकही मोठ्या संख्येने सहभागी झाले होते. लोकमान्य टिळक आणि न. चि. केळकर यांच्यासह अनेक महनीय व्यक्ती मोरेश्वर शास्त्रींना भेटण्याच्या निमित्ताने नियमित मंदिरात येत असत, असेही सांगितले जाते.
मुठा नदीकाठी असलेल्या या मंदिराचे जुलै १९६१ मध्ये पानशेत धरणफुटीच्या वेळी खूप नुकसान झाले. त्यावेळी गर्भगृह आणि लाकडी सभा मंडपाचा काही भाग सुरक्षित राहिला. तीन ट्रकभरून चिखल आणि पाण्यातून वाहून आलेले सामान बाजूला केल्यानंतर गणपतीची मूर्ती सापडली. त्यानंतर या मंदिराचा जीर्णोद्धार करण्यात आला.
या मंदिराच्या प्रवेशद्वारावर दक्षिणाभिमुख नगारखाना आहे. प्रशस्त प्रांगणात डाव्या बाजूला उत्तराभिमुख सभामंडप आणि गर्भगृह आहे, तर उजव्या बाजूला मोठी ओसरी आणि त्याला लागूनच दीक्षित कुटुंबीयांचे निवासस्थान आहे.गर्भगृहातील गणपतीची मूर्ती मूळ काळ्या पाषाणाची आहे. त्याला शेंदूर लेपाने आकार देण्यात आला आहे. डाव्या सोंडीचे, चतुर्भुज आणि मांडी घातलेले गणेशाचे हे रूप तीन फूट उंच मूर्तीत प्रकट झाले आहे. गर्भगृहाच्या मागे शमीचे मोठे झाड असून तेही मंदिराएवढेच जुने असल्याची मान्यता आहे. येथील शंकूच्या आकाराचे ३० फूट उंचीचे शिखर सुंदर रंगवलेले आहे.
मंदिरातील सभामंडप आता दुमजली असून सागवानी लाकडी छताचा मधला भाग दुप्पट उंचीवर आहे. दुसऱ्या मजल्याला सागवानी लाकडी खांबांचाच आधार देण्यात आला आहे. लाकडी वास्तुशैलीने मंदिराच्या सौंदर्यात भर पडली आहे. येथील छताला अडकवलेल्या हंड्या व झुंबरदेखील मंदिराची शोभा वाढवतात. मंदिराच्या सभामंडपावर सध्या लोखंडी पत्रे टाकण्यात आलेले आहेत. येथील भिंतींवर पौराणिक धार्मिक कथांवर आधारलेली सुंदर चित्रे असून प्रसिद्ध चित्रकार राजा रवी वर्मा यांनी ही काढलेली असल्याचे सांगितले जाते. १९६१ च्या पुरात ही चित्रे सुरक्षित राहिली. पेशवेकालीन वास्तुशैलीतील इतर मंदिरांप्रमाणेच येथील भिंतीही मातीच्या विटांपासूनच बनवण्यात आल्या आहेत.
मंदिरात रोज सकाळी षोडषोपचार पंचामृत पूजा, मध्यान्ही आणि रात्री पंचोपचार पूजा करण्यात येते. षोडषोपचार पूजा ही दीक्षित बंधू करतात. दरवर्षी मंदिरात भाद्रपद शुद्ध प्रतिपदा ते पंचमी या काळात गणेश जन्मोत्सव आणि माघ शुद्ध त्रयोदशीला मंदिर स्थापना दिवस साजरा केला जातो. या गणपतीला गुळाचा खडा नैवेद्य म्हणून ठेवला की मनोकामना पूर्ण होते, अशी श्रद्धा आहे. सकाळी ६ ते रात्री ८ पर्यंत भाविकांना मंदिरात देवदर्शन करता येते.
