कन्हैयाजी नावाच्या एका गुजराती व्यापाऱ्याला विठ्ठलाने दृष्टांत दिला आणि आपण निवडुंगाच्या झुडपात असल्याचे सांगितले. तेव्हा सध्या जेथे मंदिर आहे, तेथील निवडुंगाच्या झुडपात व्यापाऱ्याने शोध घेतला असता, तेथे विठोबाची काळ्या दगडातील मूर्ती सापडली. या मूर्तीची प्राणप्रतिष्ठा करून गुजराती व्यापाऱ्याने तेथेच विठ्ठलाचे मोठे मंदिर बांधले. तेच नाना पेठेतील निवडुंगा विठोबा मंदिर.
या मंदिराला जेमतेम दोनशे वर्षेही पूर्ण झालेली नाहीत, पण या मंदिराचे महत्त्व महाराष्ट्राच्या इतिहासात अनन्यसाधारण आहे. फार पूर्वी आळंदी आणि देहूतून आलेल्या संत ज्ञानेश्वर माऊली आणि संत तुकाराम महाराज यांच्या पादुकांच्या पालख्या पंढरपूरला निघण्यापूर्वी याच मंदिरात विसाव्यासाठी थांबत असत. कालांतराने वारकरी संप्रदाय एवढा वाढत गेला की, या दोन्ही पालख्या मंदिरात एकाच वेळी आणणे अशक्य होऊ लागले. तेव्हापासून फक्त संत तुकाराम महाराजांची पालखी येथे थांबू लागली. १९२९ मध्ये पुरुषोत्तम शेठ नावाच्या गुजराती व्यापाऱ्याने या मंदिराचा जीर्णोद्धार करून खासगी मालकीचे हे मंदिर सर्वांसाठी खुले केले. आता या मंदिराला ‘पुण्याचे पंढरपूर’ म्हटले जाते.
निवडुंगा विठोबा मंदिराला पुणे महापालिकेने तिसऱ्या श्रेणीतील सांस्कृतिक वारसा स्थानाचा दर्जा दिला आहे. मंदिर दगड-विटांनी बांधण्यात आले असून त्याला उंच कळस आहे. गर्भगृहासमोर मोठे सभामंडप आहे, पण ही वास्तू विशेष ठरते ती मंडपातील लाकडी छत आणि खांबावरील कोरीव कामाने. सभामंडपाच्या बाजूने प्रदक्षिणेसाठी स्वतंत्र मार्ग आहे. येथे संगमरवरात कोरलेल्या गरुडाची मूर्ती आहे. हे गरूडशिल्प संत ज्ञानेश्वर आणि संत चांगदेव महाराजांच्या कथेवर आधारलेले असल्याचे सांगितले जाते. तेथेच प्रसिद्ध निरूपणकार शंकर वामन तथा सोनोपंत दांडेकर यांचा चांदीत तयार केलेला पुतळा आहे. विसाव्या शतकाच्या सुरुवातीला वारकरी संप्रदायातील सामान्यजनांसाठी सोप्या भाषेत ज्ञानेश्वरीसह इतर ग्रंथांचे सार्थ निरूपण करणारे सोनोपंत दांडेकर यांचा असा स्मृती सन्मान याच मंदिरात आहे.
आषाढी वारीदरम्यान हजारो वारकरी येथे जमतात. दिंडीत सहभागी होण्यासाठी लांबून लांबून आलेले लहान-थोर असे सर्व वारकरी मंदिरात भजन, कीर्तनात दंग झालेले असतात. तुकाराम महाराजांच्या पादुकांची पालखी वारीच्या परतीच्या वाटेवरही निवडुंगा विठोबा मंदिरातच विसावा घेते. त्यावेळी येथे होणारे चक्री भजन वारकऱ्यांसाठी एक आनंद सोहळा असतो. गोल फेरा धरलेले वारकरी भजनाच्या ठेक्याप्रमाणे वेगात गोल-गोल चालताना असे काही दंग होतात की, ते प्रत्यक्ष पाहणाऱ्यांसाठी एक अविस्मरणीय अनुभवच असतो.
वारीच्या काळात वारकऱ्यांसाठी मंदिराच्या मार्गावर आणि परिसरातही मोफत खानपानाच्या सुविधा असतात. या काळात मंदिरात सुंदर आरास व सजावट केली जाते. इतर वेळी मंदिरात दरदिवशी सकाळी ६.३० वाजता काकड आरती आणि संध्याकाळी ७.३० वाजता सायंआरती करण्यात येते. आषाढी व कार्तिकी एकादशी, गोकुळाष्टमी या दिवशी येथे उत्सव असतो. सकाळी ७ ते दुपारी १२ व सायंकाळी ४ ते रात्री ८ या वेळेत भाविकांना येथे देवदर्शन करता येते.
