पुणे शहराच्या सदाशिव पेठ भागातील खुन्या मुरलीधर मंदिर ऐतिहासिक घटनांचे महत्त्वाचे केंद्र मानले जाते. पेशव्यांचे सावकार सदाशिव रघुनाथ ऊर्फ दादा गद्रे यांनी १७९७ मध्ये या मंदिराची उभारणी केली. जयपूरचे अनुभवी मूर्तिकार बखतराम यांनी घडवलेल्या श्रीकृष्ण आणि राधेच्या पांढऱ्या संगमरवरी मूर्ती या मंदिराच्या गर्भगृहात आहेत. या मंदिराच्या विशिष्ट नावामागे पेशवेकाळातील एक सशस्त्र संघर्ष कारणीभूत ठरला. मूर्तीच्या प्राणप्रतिष्ठेच्या वेळी सैनिकांमध्ये झालेल्या प्रत्यक्ष युद्धामुळे या वास्तूला ‘खुन्या मुरलीधर’ असे नाव प्राप्त झाले. हे मंदिर धार्मिक स्थळासह वासुदेव बळवंत फडके तसेच चाफेकर बंधू अशा क्रांतिकारकांचे गुप्त बैठकीचे ठिकाण होते.
ऐतिहासिक नोंदींनुसार, अठराव्या शतकाच्या उत्तरार्धात पेशवाईच्या काळात सदाशिव रघुनाथ ऊर्फ दादा गद्रे यांनी हे मंदिर बांधले. आज ज्या ठिकाणी अहिल्यादेवी प्रशाला आहे, त्या जागेवर गद्रे सावकारांचा मोठा वाडा होता. मुरलीधराच्या स्वप्नदृष्टांतानंतर वाड्याच्या समोरील विस्तीर्ण बागेत दादा गद्रे यांनी मंदिर बांधण्याचा निर्णय घेऊन या वास्तूचे बांधकाम केले. पेशवेकाळातील ही वास्तू आजही आपल्या मूळ स्वरूपात जतन केलेली आहे. दादा गद्रे यांनी मूर्ती घडवण्यासाठी जयपूरचे प्रसिद्ध मूर्तिकार बखतराम यांना पुण्यात बोलावले होते. बखतराम यांनी पांढऱ्या संगमरवरापासून श्रीकृष्ण व राधेच्या मूर्ती साकारल्या. या मुख्य मूर्तीसोबत दोन सवत्स धेनू आणि गरुडाच्या प्रतिमाही गद्रे वाड्यात तयार करण्यात आल्या. श्रीकृष्णाची ही मूर्ती एक फूट अकरा इंच तर राधेची मूर्ती एक फूट साडेआठ इंच उंचीची आहे. गद्रे यांनी या कामासाठी मूर्तिकाराला दहा हजार रुपये बिदागी म्हणून दिले होते.
या मूर्तीची ख्याती सर्वत्र पसरल्यावर दुसऱ्या बाजीराव पेशव्यांच्या मनात त्या मिळवण्याची इच्छा निर्माण झाली. दादा गद्रे यांनी हा प्रस्ताव नम्रपणे नाकारून तातडीने मूर्तीच्या प्राणप्रतिष्ठेची तयारी सुरू केली. १३ एप्रिल १७९७ रोजी सकाळी प्रतिष्ठापना विधी सुरू झाला. गद्रे यांनी मूर्ती वाड्यातून बागेत हलवल्याचे कळताच पेशव्यांनी मिस्टर बॉइड या इंग्रज अधिकाऱ्याला सैन्यासह पाठवले. गद्रे यांच्या पदरी असलेल्या अरब सैनिकांनी या फौजेचा जोरदार प्रतिकार केला. या सशस्त्र चकमकीत सुमारे दीडशे सैनिकांचा मृत्यू झाला. रक्ताचा सडा पडलेल्या या युद्धभूमीवर प्राणप्रतिष्ठा सोहळा पूर्ण झाला.
या रक्तरंजित इतिहासामुळे या मंदिराला ‘खुन्या मुरलीधर’ असे नाव पडले. मूर्ती देण्यास विरोध केल्यामुळे दुसऱ्या बाजीराव पेशव्यांचा दादा गद्रे यांच्यावर मोठा रोष निर्माण झाला. पेशव्यांनी गद्रे यांची सर्व मालमत्ता जप्त करून त्यांना अहमदनगरच्या कारागृहात २३ वर्षे कैदेत ठेवले. 
गद्रे यांच्या अनुपस्थितीत वेदमूर्ती नारायणभट्ट खरे यांनी मंदिराची व्यवस्था पाहिली. उत्पन्नाचे कोणतेही साधन नसताना खरे यांनी सर्व धार्मिक विधी अखंडपणे चालू ठेवले. १८२० मध्ये कारागृहातून सुटका झाल्यावर गद्रे पुण्यात परतले. त्यांनी नारायणभट्ट खरे यांची निःस्वार्थ भक्ती पाहून मंदिर व त्यालगतची मिळकत त्यांना दान केली आणि स्वतः संन्यास घेतला.
दादा गद्रे यांनी संन्यास घेतल्यापासून खरे कुटुंबीय या मंदिराचा कारभार सांभाळत आहेत. स्वातंत्र्यलढ्याच्या काळात हे मंदिर क्रांतिकारकांच्या गुप्त बैठकांचे मुख्य केंद्र बनले. आद्य क्रांतिकारक वासुदेव बळवंत फडके यांचा या वास्तूशी जवळचा संबंध होता. त्यांनी याच मंदिराच्या आवारात तरुणांना इंग्रजांविरुद्ध उठाव करण्याचे आवाहन केले. मुरलीधराच्या साक्षीने दहीपोहे देऊन ते अनेक क्रांतिकारकांना देशकार्याची शपथ देत असत. चाफेकर बंधूंचे मित्र असलेल्या विष्णुशास्त्री खरे यांनी या चळवळीत सहकार्य केले. रँडच्या वधानंतर इंग्रज सरकारने या मंदिरावर कडक पाळत ठेवली होती. ब्रिटिश अधिकारी ब्रुईन वेषांतर करून मंदिराच्या हालचालींवर लक्ष ठेवण्यासाठी येत असे. अनेक थोर क्रांतिकारकांच्या वास्तव्यामुळे ही भूमी स्वातंत्र्याचे स्फूर्तिस्थान मानली जाते.
मंदिराभोवती असलेल्या भक्कम चिरेबंदी तटबंदीत एक दुमजली प्रवेशद्वार आहे. लाकडी झडपा असलेल्या या प्रवेशद्वारात दोन्ही बाजूंना पहारेकऱ्यांसाठी दगडी आसने आहेत. वरच्या मजल्यावर असलेल्या ऐतिहासिक नगारखान्यात गणेशाची प्रतिमा आहे. या प्रवेशद्वारातून मंदिराच्या फरसबंदी प्रांगणात प्रवेश होतो. प्रांगणात एक तुलसी वृंदावन व काही प्राचीन वास्तू आहेत. सभामंडप, अंतराळ व गर्भगृह अशी या मंदिराची संरचना आहे. सभामंडप पूर्णपणे लाकडी स्वरूपाचा आहे. त्यामध्ये स्तंभांच्या चार रांगा आहेत. कोरीव स्तंभांवरील महिरप कमानी या वास्तूच्या वैशिष्ट्यात भर घालतात. सभामंडपाच्या छताच्या चारही कोपऱ्यांत फुलापानांचे नक्षीकाम केलेले आहे. येथे राजा रविवर्मा यांनी काढलेली पौराणिक चित्रे आजही पाहता येतात. १८५५ मध्ये बाळाजी नाईक केळकर यांनी मूळ मंदिरासमोरील या सभामंडपाचे व नगारखान्याचे बांधकाम पूर्ण केले. या सभामंडपात शंभर वर्षांपूर्वीचे एक जुने घड्याळ व झुंबर आहे.
सभामंडपाच्या पुढे पाषाणी बांधणीचे अंतराळ आणि गर्भगृह आहे. अंतराळाचा हा भाग सभामंडपापेक्षा थोडा उंचावर असून त्याला तीन पायऱ्या आहेत. अंतराळातील गोलाकार स्तंभांवर उभ्या धारेचे नक्षीकाम केलेले आहे. गर्भगृहाच्या मुख्य प्रवेशद्वारावरही कोरीव काम आहे. 
गर्भगृहात मध्यभागी काळ्या पाषाणाचे मोठे सिंहासन आहे. या सिंहासनावर शुभ्र संगमरवरातून घडविलेल्या मुरलीधर आणि राधेच्या मूर्ती आहेत. येथील सिंहासनाला आतून सोळा व बाहेरून वीस कोन तयार केलेले आहेत. ही विशिष्ट रचना एखाद्या सिद्धयंत्रासारखी भासते. मुरलीधराच्या मूर्तीचे वैशिष्ट्य म्हणजे ती फक्त एका पायाच्या अंगठ्यावर उभी आहे. या मूर्तीला मागूनही आधार किंवा प्रभावळ दिलेली नाही. मूर्तीच्या शेजारी दोन सवत्स धेनू असून त्या मान वर करून मुरलीधराकडे पाहत आहेत. समोरच्या बाजूला पितळी गरुडाची रेखीव मूर्ती हात जोडून उभी आहे.
गर्भगृहाच्या छतावर तीन थरांचे मोठे शिखर आहे. या शिखराचा खालचा थर चौकोनी आणि वरचे दोन थर गोलाकार स्वरूपाचे आहेत. शिखरावर असलेल्या अनेक देवकोष्टकांमध्ये विविध देवदेवतांच्या मूर्ती कोरलेल्या आहेत. शिखराच्या शीर्षस्थानी आमलक व त्यावर कळस आहे. १९२१ मध्ये गोपाळराव आपटे यांनी या शिखराचा जीर्णोद्धार केला होता. मंदिरात वर्षभर विविध धार्मिक कार्यक्रमांचे आयोजन केले जाते. रोज सकाळी येथे विष्णुसहस्त्रनाम व गीतापठण होते. कोजागिरी पौर्णिमेपासून ते त्रिपुरारी पौर्णिमेपर्यंत पहाटे काकड आरती होते. श्रावण महिन्यात दहा दिवस गोकुळाष्टमीचा उत्सव साजरा केला जातो. कृष्णजन्माच्या वेळी मुरलीधराची मूर्ती सभामंडपात आणून पाळणा सोहळा आयोजित केला जातो. यावेळी अनेक मान्यवर कीर्तनकारांची कीर्तने व प्रवचने येथे होतात. दररोज सकाळी साडेसहा ते दुपारी बारा आणि सायंकाळी चार ते रात्री आठ या वेळेत भाविकांना येथील मुरलीधराचे दर्शन घेता येते.
