भगवान शंकर प्रकाशमान ज्योतीच्या स्वरूपात प्रगट झाले होते. ते जेथे जेथे प्रगट झाले तेथे तेथे त्यांची ज्योतिर्लिंगे स्थापन करण्यात आली आहेत. देशभरात अशी १२ ज्योतिर्लिंगे असून, त्यातील तीन महाराष्ट्रात आहेत. पुणे जिल्ह्यातील श्री भीमाशंकर, छत्रपती संभाजीनगर जिल्ह्यातील श्री घृष्णेश्वर आणि तिसरे म्हणजे नाशिक जिल्ह्यातील श्री त्र्यंबकेश्वर! येथेच सिंहस्थ कुंभमेळा भरतो.
ब्रह्मगिरीच्या पायथ्याशी आणि गोदावरी नदीच्या किनाऱ्यावर वसलेल्या त्र्यंबकेश्वर ज्योतिर्लिंगाचे एक असाधारण वैशिष्ट्य आहे. ते म्हणजे येथील मंदिरात ब्रह्मा, विष्णू व महेश असे त्रिदेव स्वरूपातील लिंग. एकाच ज्योतिर्लिंगातून तीन देवांचे दर्शन येथे होते.
मंदिराची आख्यायिका अशी की महादेवांच्या जटांमधून वाहणाऱ्या गंगेचा पार्वतीला मत्सर वाटत होता. महादेवांनी आपल्या जटांमधून गंगेला दूर करावे, असे पार्वतीला वाटत होते, परंतु या जटांमधून गंगेला वेगळे करणे अवघड असल्याने पार्वतीने गणपतीला विश्वासात घेऊन त्याच्यावर ही जबाबदारी सोपविली. त्यानुसार गणपतीने गाईचे रूप घेतले. ब्रह्मगिरी पर्वतावर गौतम ऋषींच्या आश्रमाजवळील शेतामध्ये जाऊन ही गाय पीक खाऊ लागली. गाय पीक खात आहे हे पाहिल्यावर गौतम ऋषींनी एक दर्भाची काडी (गवताची काडी) अभिमंत्रित करून गाईकडे फेकली. त्या दर्भामुळे गाय तेथेच मृत पावली.
त्यामुळे गौतम ऋषींना गोहत्येचे पातक लागले. त्यानंतर गणपतीने आपले मूळ रूप ऋषींना दाखवून सांगितले की, आपण महादेवांना प्रसन्न करून गंगेस पृथ्वीवर बोलवावे.
ज्यामुळे त्यांना लागलेले गोहत्येचे पातकही धुतले जाईल. गणपतीच्या सांगण्यानुसार गौतम ऋषींनी कठोर तपस्या केली. त्यावर प्रसन्न होऊन शंकराने त्यांना दर्शन दिले. गौतम ऋषींच्या विनवणीनुसार महादेवांनी आपल्या जटेतील गंगा येथून प्रवाहीत केली व त्र्यंबकेश्वरी ज्योतिर्लिंग स्वरूपात वास्तव्य करण्याचे मान्य केले.
त्र्यंबकेश्वराची दुसरी अख्यायिका अशी की एकदा महादेव व ब्रह्मदेव यांच्यात वाद झाला. वाद विकोपाला गेल्याने महादेवाने ब्रह्मदेवाला शाप दिला, ‘तु पर्वत होऊन पृथ्वीवर पडशील आणि त्यामुळे कोणीही तुझी पुजा करणार नाही.’ ब्रह्मदेवानेही रागाच्या भरात शंकराला प्रतिशाप दिला, ‘तुलादेखील मी जिथे कुठे पर्वत होईन तेथे माझ्याबरोबर राहावे लागेल.’ त्यामुळे त्र्यंबकेश्वरमध्ये ब्रह्मगिरी पर्वताच्या पायथ्याशी त्र्यंबकेश्वर म्हणून महादेव वास्तव्य करू लागले.
‘हर हर महादेव’, ‘बमबम भोले’च्या गजराने भारलेल्या या परिसरातील प्रवेशद्वारातून आत शिरताच दर्शन होते काळ्या पाषाणात बांधलेल्या त्र्यंबकेश्वर मंदिराच्या सुवर्णकलशाचे, तसेच त्यावर झळकत असलेल्या त्रिशूळ आणि पंचधातूच्या शिवध्वजाचे.
वैशिष्ट्यपूर्ण नक्षीकाम, दगडात कोरलेल्या देव-देवतांच्या, यक्षगंधर्वांच्या मूर्ती, काळ्या पाषाणाचे खांब, विशाल घुमट, दगडी कमानी यांनी नटलेले हे मंदिर हेमाडपंती शैलीतील आहे. भारत सरकारने १९४१ मध्ये हे मंदिर राष्ट्रीय संरक्षित स्मारक म्हणून घोषित केले.
दहाव्या शतकातील शिवभक्त शिलाहार राजा झंझ याने या शिवालयाची निर्मिती केली होती. पुढे अठराव्या शतकात नानासाहेब पेशव्यांनी त्याचा जीर्णोद्धार केला. ऐतिहासिक नोंदींनुसार, मंदिराचे काम ३१ वर्षे चालले होते. नारायण भगवंत आणि त्यांचे पुत्र गणेश नारायण यांच्या देखरेखीखाली ७८६ कारागिरांनी मंदिराची उभारणी केली. मंदिरासाठी खास राजस्थानातील मकरानामधून संगमरवरी पाषाण मागविण्यात आला होता. ४८ उंट, ८५ हत्ती आणि ११२ घोड्यांनी तो येथे वाहून आणला. मंदिराच्या जीर्णोद्धारास त्या काळी ९ लाख रुपये खर्च झाल्याची नोंद आहे. १६ फेब्रुवारी १७५६ रोजी, महाशिवरात्रीच्या मुहूर्तावर सनई-चौघडे, भेरी, तुतारी आणि रणशिंगांच्या गजरामध्ये मंदिराचा उद्‌घाटन सोहळा पार पडला. 
पूर्व-पश्चिम २६५ फूट लांबी आणि उत्तर-दक्षिण २१८ फूट रुंदी आणि दगडी कोट असलेल्या या मंदिरास चारही दिशांना चार महाद्वारे आहेत. त्यातील उत्तर महाद्वारावर मंदिराच्या निर्मितीबाबतचा शिलालेख कोरलेला आहे.
भाविक उत्तर महाद्वाराच्या पायरीचे दर्शन घेऊन मंदिरात प्रवेश करतात. मंदिराच्या पश्चिम आणि दक्षिण प्रवेशद्वारांच्या दरम्यान प्रांगणामध्ये अमृत कुंड आहे. त्यातील पाणी पूजेसाठी वापरले जाते. या कुंडाचे वैशिष्ट्य म्हणजे त्याची खोली ही मंदिराच्या उंचीइतकी आहे.
मुख्य मंदिर पश्चिमाभिमुखी आहे. १६० फूट लांब आणि १३१ फूट रुंद अशा आकाराच्या या मंदिराची जमिनीपासूनची उंची ९६ फूट आहे. मुख्य मंदिराच्या प्रवेशद्वारासमोर नंदीची मूर्ती आहे. मंदिराच्या पूर्वेकडील दरवाजाने प्रवेश केल्यास आकर्षक कमानींनी सजलेले घुमटाकार दालन दिसते. तेथे १२ फुटी संगमरवरात तयार केलेली कासवाची प्रतिमा आहे. मंदिराच्या पश्चिम दिशेस पाच पायऱ्या उतरून मुख्य गर्भगृहात प्रवेश करावा लागतो. तेथेच महादेवाचे स्वयंभू ज्योतिर्लिंग आहे. या लिंगामध्ये ब्रह्मा, विष्णू आणि महेश या त्रिदेवांची तीन छोटी लिंगे आहेत. शिवशंकराच्या बाणलिंगातून सतत प्रवाहत असलेल्या गंगेचे दर्शन होते. ज्योतिर्लिंगाच्या पूर्वेस पार्वतीची संगमरवरी मूर्ती आहे.
मंदिरावरील सुवर्ण कळस आणि पंचधातूंचा ध्वज हे पेशव्यांचे सरदार अण्णासाहेब विंचुरकर यांनी अर्पण केल्याचे सांगण्यात येते. दिल्लीचा जामदारखाना पेशव्यांच्या हाताला लागला तेव्हा मोघलांनी म्हैसूरमधून लुटलेला रत्नजडित मुकुट त्यात होता. पेशव्यांनी हा मुकुट त्र्यंबकेश्वराला अर्पण केला. तेव्हापासून दर सोमवारी त्र्यंबकेश्वराचा हा मुकुट येथील कुशावर्त तीर्थावर स्नानासाठी मिरवणुकीने नेण्याची प्रथा आहे.
या मंदिरात दररोज सकाळी ७ ते ८.३० दरम्यान ब्रह्मदेवाची, १०.४५ ते १२.३० दरम्यान महादेवाची आणि रात्री ७ ते ८.३० दरम्यान विष्णूची पूजा केली जाते. या दैनंदिन पूजेप्रमाणेच येथे विविध धार्मिक उत्सवही साजरे केले जातात. श्रावणात नागपंचमी, तसेच नारळी पौर्णिमेस त्र्यंबकेश्वर मंदिरात खास सजावट केली जाते. भाद्रपदातील विनायक चतुर्थीच्या दिवशीही येथे उत्सव असतो. आश्विन महिन्याच्या अष्टमीस येथील परिसरात असलेल्या भुवनेश्वरी, कोलांबिका, निलांबिका या देवींना साडी-चोळी अर्पण केली जाते. विजयादशमीच्या दिवशी येथे शस्त्र आणि देवता पूजा केली जाते. सायंकाळी चार वाजता देवाची पालखी निघते. दिवाळीत नरकचतुर्थीच्या मुहूर्तावरही येथे पहाटे पूजाविधी केला जातो. लक्ष्मीपूजनाचा सणही येथे साजरा केला जातो. कार्तिकातील पाडव्याला सायंकाळी निघणारी त्र्यंबकेश्वराच्या रत्नजडित मुकुटाची पालखी हा सोहळा अनुभवण्यासारखा असतो. कार्तिकी त्रयोदशी, चतुर्दशी आणि पौर्णिमा असे तीन दिवस मंदिरात कीर्तन सोहळा असतो.
त्र्यंबकेश्वर देवस्थान ट्रस्टतर्फे भाविकांच्या निवासासाठी भक्तनिवास, तसेच भोजनालयाची व्यवस्था केली असून, ट्रस्टच्या संकेतस्थळावरून तेथे नोंदणी करता येते. याशिवाय त्र्यंबकेश्वरमध्ये अनेक धर्मशाळा आणि हॉटेल असून, तेथेही राहण्याची व्यवस्था होऊ शकते.
