मुठा नदीच्या काठावरील एका उंच दगडी जोत्यावर उभ्या असलेल्या विठ्ठल मंदिराची प्रतिपंढरपूर, अशी ख्याती आहे. सिंहगड रोडवरील विठ्ठलवाडीत स्थित असलेले हे मंदिर त्याच्या विशिष्ट रचनेमुळे पुणे शहरातील एक अनन्यसाधारण वास्तू मानली जाते.
या मंदिराची कथा अशी की, या परिसरातील एक शेतकरी संभाजी गोसावी हे विठ्ठलभक्त होते. शेती करून ते दरवर्षी न चुकता वारीला जात असत. पुढे म्हातारपणामुळे त्यांना वारीला जाणे जमत नव्हते. त्या विवंचनेत असतानाच एके दिवशी शेतात काम करताना त्यांच्या नांगराचा फाळ जमिनीत अडकून पडला. तो सोडविण्यासाठी आजूबाजूची माती खोदली असता, तेथे साक्षात विठ्ठलमूर्तीचे दर्शन झाले. मग तेथेच उभे राहिले स्वयंभू विठ्ठलाचे दर्शन घडविणारे हे मंदिर. विशेष म्हणजे गाभाऱ्यातील स्वयंभू विठ्ठलमूर्तीच्या कपाळावर नांगर लागल्याची खूण आजही पाहायला मिळते.
मंदिराच्या प्रवेशद्वारावर नगारखाना दृष्टीस पडतो. 
मंदिराभोवती लांबच लांब ओवऱ्या असलेली भक्कम दगडी तटबंदी आहे. आवारात एक बारमाही पाणी असलेली विहीर आहे. या मंदिरात प्रवेश केल्याबरोबर गणपतीचे व त्याच्या बाजूला दत्ताचे छोटे मंदिर आहे. पुढे गरुडमूर्ती प्रतिष्ठापित असून, तिच्या डाव्या बाजूला मारुती, तर उजवीकडे शनी देवाचे दर्शन होते. सभामंडपात संभाजी बाबा महाराज अर्थात संत संभाजी गोसावी यांची समाधी आहे. मंदिरात एकामागे एक अशा दोन सभामंडपांची वैशिष्ट्यपूर्ण रचना आढळते. येथेच असलेल्या गरुडखांबावरील नक्षीकाम लक्षवेधी आहे. मंदिराच्या भिंतीवर जयपुरी शैलीतील नक्षीकाम आहे. छोटेखानी गाभाऱ्यात चांदीच्या मखरात विठ्ठल-रुक्मिणीच्या सुंदर मूर्ती आहेत. येथील तटबंदीच्या भिंतींना चारही बाजूंना दरवाजे असल्याने मंदिराच्या आतील भाग हवेशीर राहण्याबरोबरच प्रशस्तही वाटतो.
इतिहासातील नोंदींनुसार छत्रपती शाहू महाराजांनी मंदिराची देखरेख योग्य रीतीने व्हावी यासाठी जमीन इनामरूपाने दिली होती. मंदिरातील भिंतीवर एका संगमरवरी फलकावर हे सनदपत्र पाहायला मिळते. मूळ सनदेच्या नकलेवरून ते तयार करण्यात आले आहे. त्यातील नोंदींवरून हे मंदिर इ.स. १७३२ सालाच्या पूर्वीपासून होते. अठराव्या शतकात पुण्यावर झालेल्या निजामाच्या हल्ल्यात या मंदिराचे खूप नुकसान झाले होते. त्यानंतर पेशवाईच्या काळात थोरले माधवराव पेशवे यांनी मंदिराच्या जीर्णोद्धाराचे काम हाती घेतले. त्यातूनच उभे राहिले आताचे पेशवाई पद्धतीचे भव्य गढी असलेले दगडी विठ्ठल मंदिर.
एका ताम्रपटानुसार या मंदिराची देखभाल गोसावी कुटुंबीयांकडे असून, अजूनही मंदिरातील पूजा-अर्चा गोसावी कुटुंबीयच करतात. त्यांनीच मंदिर परिसरात दशावतार, महादेव मंदिर व हरिदास वेस बांधल्याचे म्हटले जाते. मंदिराच्या प्रांगणात संभाजी गोसावी यांची प्रतिमा असलेले स्मारक आहे; ज्याला वृंदावन स्मारकही म्हटले जाते. आषाढी व कार्तिकी एकादशीला येथे हजारो भाविक दर्शनाला येत असतात.
